Geri Dön

COVİD-19 hastalarının nazofaringeal mikrobiyota profillerinin araştırılması

Investigation of nasopharyngeal microbiota profiles of COVİD-19 patients

PDF İndir

  1. Tez No: 814114
  2. Yazar: EKİN ERYILMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HATİCE TÜRK DAĞI
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Selçuk Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 114

Özet

Koronavirüs salgını 2019'da Çin'in Wuhan şehrinde etiyolojisi bilinmeyen pnömoni vakaları ile başlamıştır. Etken, Ocak 2020'de daha önce insanlarda tespit edilmemiş yeni bir koronavirüs olarak tanımlanmış ve hastalık Dünya Sağlık Örgütü tarafından Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) olarak adlandırılmıştır. Ülkemizde ise ilk vaka 11 Mart 2020'de saptanmış ve sonrasında vaka sayılarında hızla artış olmuştur. İnsan vücudunun farklı bölgelerinde bulunan mikroorganizmaların tamamı“mikrobiyota”, bu mikroorganizmaların genomları ise“mikrobiyom”olarak adlandırılmaktadır. Mikrobiyota immün yanıt ve inflamasyona aracılık eden başlıca oyuncular olup viral enfektiviteyi de etkileyebilmektedir. SARS-CoV-2 solunum yollarını enfekte etmesine rağmen, nazofarenks mikrobiyotasının enfeksiyona duyarlılık ve ciddiyetindeki rolleri hakkında çok az şey bilinmektedir. Bu çalışmada sağlıklı kişiler ile COVID-19 hastalarının mikrobiyota profilleri karşılaştırılarak nazofaringeal mikrobiyotadaki değişikliklerin analiz edilmesi amaçlanmıştır. Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'ne 1 Kasım 2020–1 Şubat 2021 tarihleri arasında başvuran hafif-orta (non-severe) ve ağır (severe) 32 hasta ile 16 sağlıklı kontrol çalışmaya dahil edilmiştir. Nazofaringeal sürüntü örneklerinde, 16S rDNA genlerinin V2, V4, V8,V3-6, V7-9 hiperdeğişken bölgeleri Ion Semi-conductor yöntemi ile Ion 5S (A27212, Ion Torrent™, TermoFisher, ABD) cihazında dizilenmiş olup elde edilen veriler Torrent süite (ThermoFisher, ABD) ve sonrasında Ion Reporter (ThermoFisher, ABD) programında işlenmiştir. COVID-19 hastalarının yaş ortalaması sağlıklı kontrollere göre anlamlı şekilde yüksekti (p=.034). Cinsiyetler açısından her iki grup arasında anlamlı fark yoktu (p=.473). Grupların nazofaringeal mikrobiyal alfa çeşitlilikleri arasında anlamlı fark saptanmadı (p>.05). COVID-19 hastalarında Firmicutes filumunun nispi bolluğu, kontrollere kıyasla anlamlı şekilde yüksekti (p=.037). Bacteriodetes ve Proteobacteria filumları ise kontrollere kıyasla anlamlı şekilde düşüktü (sırasıyla p=.006, p=.032). Hastalarda Prevotellaceae'nin nispi bolluğu sağlıklı kontrollere göre anlamlı şekilde düşüktü (p=.023). Neisseria hastalarda sağlıklı kontrollere göre yaklaşık %60 daha düşüktü (p

Özet (Çeviri)

The coronavirus epidemic started in 2019 in Wuhan, the city of China, with cases of pneumonia of unknown etiology. The causative agent was identified in January 2020 as a new coronavirus that has not been detected in humans before and the disease has been named as Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) by the World Health Organization. In our country, the first case was detected on March 11, 2020, and then the number of cases increased rapidly. All of the microorganisms found in different parts of the human body are called the“microbiota”, and the genomes of these microorganisms are called the“microbiome”. Microbiota is major player in mediating immune response and inflammation and can also affect viral infectivity. Although SARS-CoV-2 infects the respiratory tract, little is known about the roles of the nasopharyngeal microbiota in susceptibility and severity of infection. In this study, it was aimed to analyze the changes in the nasopharyngeal microbiota by comparing the microbiota profiles of healthy people and COVID-19 patients. The study included 32 mild-moderate (non-severe) and severe patients and 16 healthy controls applied to Selcuk University Medical Faculty Hospital between 1 November 2020 and 1 February 2021. In nasopharyngeal swab samples, the hypervariable regions of 16S rDNA genes V2, V4, V8, V3-6, V7-9 were sequenced using the Ion Semi-conductor method on the Ion 5S (A27212, Ion Torrent™, TermoFisher, USA) device, and the obtained data were transferred to the Torrent suite ( ThermoFisher, USA) and later Ion Reporter (ThermoFisher, USA). The mean age of COVID-19 patients was significantly higher than healthy controls (p=.034). There was no significant difference between the two groups in terms of genders (p=.473). There was no significant difference between the nasopharyngeal microbial alpha diversity of the groups (p>.05). The relative abundance of the Firmicutes phylum was significantly higher in COVID-19 patients compared to controls (p=.037). Bacteriodetes and Proteobacteria phyla were significantly lower compared to controls (p=.006, p=.032, respectively). The relative abundance of Prevotellaceae in patients was significantly lower than healthy controls (p=.023). Neisseria in patients were approximately 60% lower than healthy controls (p

Benzer Tezler

  1. Tez No

    907420

    Irak'ta bazı genetik ve bağışıklık sinyalleri kullanılarak SARS-CoV-2 hastalarının bakteriyolojik ve immünolojik çalışması

    Bacteriological and immunological study of SARS-CoV-2 patients in Iraq using some genetic and immune signals

    SAHAR ABDULWAHHAB ABDULWAHID ALSAMARAI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MELDA DÖLARSLAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ WAQAS SAADİ MAHMOOD

  2. Tez No

    810807

    COVİD-19 tanılı hastalarda SARS-COV-2 tam genom analizi ve klinik bulgular ile ilişkisi

    Relationship between SARS-COV-2 full genome analysis and clinical findings in patients diagnosed with covid-19

    FİRUZE SOYAK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıPamukkale Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Bakteriyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUĞBA SARI

  3. Tez No

    782758

    Kerkük şehrinde hafif-orta derecedeki COVID-19 hastalarından izole edilen Enterococcus faecalis'in vankomisin direncinin PCR ile araştırılması

    The investigation of vancomycin resistance in Enterococcus faecalis isolated from mild-moderate COVID-19 patients in Kirkuk city by PCR

    ALI HUSSEIN AHMED DABBAGH

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZGÜR KUZUKIRAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHANED ABDULALLA KHALAF ALAZAWY

  4. Tez No

    719059

    Бишкек шаарында COVID-19 инфекциясын пцр методу менен диагностикалоонун жыйынтыктарын талдоо

    PCR yöntemi ile bişkek şehrinde COVID-19 teşhisinin sonuçlarının araştırılması

    AYCAN SADIRBAEVA

    Yüksek Lisans

    Kırgızca

    Kırgızca

    2022

    BiyolojiKırgızistan-Türkiye Manas Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KADIRBAY CHEKİROV

  5. Tez No

    727022

    COVİD-19 hastalarında başvuru anındaki serum salusin- α ve salusin- β düzeylerinin prognostik değerinin incelenmesi

    Investigation of the prognostic value of serum salusin-α and salusin-β levels at the time of admission in COVİD-19 patients

    SAFİYE BİLGE GÜÇLÜ KAYTA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SEVİL ALKAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HAVVA YASEMİN ÇİNPOLAT

Geri Dön