Rekombinant olarak üretilecek Helicobacter pylori Fabl'nın ilaç hedefi olarak değerlendirilmesi
Evaluation of recombinant Helicobacter pylori Fabl as a drug target
- Tez No: 818396
- Danışmanlar: PROF. DR. DİLEK TURGUT BALIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Helicobacter pylori gram negatif bir bakteridir ve peptik ülser, kronik gastrit, gastrik marjinal bölge/mukoza ile ilişkili lenfoid doku lenfoması ve mide kanseri gibi hastalıklardan sorumludur. Dünya Sağlık Örgütü tarafından yeni antibiyotiklerin geliştirilmesi için öncelikli patojenler listesi yayınlanmıştır ve H. pylori bu listede yüksek risk kategorisinde yer almaktadır. Dolayısıyla H. pylori'nin tedavisi için yeni ilaçların geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Bakterilerde yağ asidi sentezi, FASII sisteminin enzimleri tarafından katalize edilir. FabI, FASII sisteminde hız sınırlayıcı bir enzimdir ve uzama döngüsünün son aşamasını katalize eder. FASII yolağı insan konakçıda mevcut olmadığından, bu yolaktaki enzimler ve bunların inhibitörleri, bakteriyel enfeksiyonlar için yeni ilaç adaylarının keşfi için popülerlik kazanmıştır. Bu tez kapsamında, H. pylori FabI'nın rekombinant olarak üretilmesi ve moleküler yanaştırma temelli sanal tarama çalışmaları ile yeni potansiyel inhibitör adaylarının belirlenmesi amaçlanmıştır. H. pylori ATCC 700824 soyundan genomik DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş ve bağlanma sıcaklığının değiştirilmesi, farklı enzim çeşitlerinin kullanılması ve reaksiyona katkı maddeleri eklenmesi gibi PCR optimizasyonları ile FabI geninin amplifikasyonu sağlanarak pGEM®-T Easy vektör sistemine klonlanmıştır. H. pylori için Klaritromisin ve AFN-1252 ile Minimum İnhibisyon Konsantrasyon (MİK) çalışmaları gerçekleştirilmiştir ve Klaritromisin için MİK değeri 64 μg/mL olarak belirlenmiştir. Eş zamanlı olarak moleküler yanaştırma çalışmaları ile en iyi sonuç gösteren L1, L2, L3, L4 ve L5 bileşikleri in silico olarak değerlendirilmiştir ve XP GScore'ları - 12.375 kcal/mol ile -11.691 kcal/mol arasında değişmektedir. Tez çalışması kapsamında elde edilen bütün bu sonuçlar, FabI'nın Helicobacter pylori için potansiyel ilaç hedefi olarak değerlendirilmesinin etkisini artırarak, HpFabI'nın rekombinant olarak üretilmesine ve in silico sonuçlar dahilinde elde edilen bileşiklerin in vitro çalışmalarının gerçekleştirilmesine yardımcı olacak ve FabI bu enfeksiyonun tedavisinde değerlendirilmek için kullanılabilecektir.
Özet (Çeviri)
Helicobacter pylori is a gram-negative bacterium responsible for diseases such as peptic ulcer, chronic gastritis, gastric marginal region/mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma, and gastric cancer. The list of priority pathogens for the development of new antibiotics has been published by the World Health Organization, and H. pylori is in the high-risk category in this list. Therefore, there is a need to develop new drugs for the treatment of H. pylori. Fatty acid synthesis in bacteria is catalyzed by the enzymes of the FASII system. FabI is a rate-limiting enzyme in the FASII system and catalyzes the final step of the elongation cycle. Since the FASII pathway is not present in the human host, enzymes in this pathway and their inhibitors have gained popularity for the discovery of new drug candidates for bacterial infections. This thesis aims to produce H. pylori FabI recombinantly and identify new potential inhibitor candidates by molecular docking-based virtual screening studies. Genomic DNA was isolated from the H. pylori ATCC 700824 strain and cloned into the pGEM®-T Easy vector system by amplifying the FabI gene with PCR optimizations such as changing the annealing temperature, using different enzyme types and adding additives to the reaction. Minimum Inhibition Concentration (MIC) studies were performed with Clarithromycin and AFN-1252 for H. pylori and the MIC value for Clarithromycin was determined as 64 µg/mL. L1, L2, L3, L4 and L5 compounds that showed the best results with simultaneous virtual screening-based molecular docking studies were evaluated as in silico and their XP GScores ranged from - 12.375 kcal/mol to -11.691 kcal/mol. All these results obtained within the scope of the thesis may increase the effect of evaluating FabI as a potential drug target for Helicobacter pylori, helping to produce HpFabI recombinantly and to perform in vitro studies of the compounds obtained within in silico results. FabI may be used for evaluation in the treatment of this infection.
Benzer Tezler
- Rekombinant olarak üretilecek çözünür halde glukagon reseptör proteininin glukagona olan ilgisinin araştırılması
Investigation of the affinity of recombinant soluble form of human glucagon receptor protein to glucagon
ŞULE İBİŞOĞLU
- Kontrollü biyoreaktör ortamında üretilecek eksozomlar ile rekombinant Hepatit B aşısının geliştirilmesi ve hepatoselüler karsinoma modelinde denenmesi
Improvement of recombinant Hepatitis B vaccine by exosomes that will be produced in a controlled bioreactor environment and testing in hepatocellular carcinoma model
ILGIN KIMIZ GEBOLOĞLU
Doktora
Türkçe
2023
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SUPHİ ŞURİŞVAN ÖNCEL
- Rekombinant antikor fragmentlerinin üretimi ve genetik modifikasyonuyla sitokin ölçümüne yönelik immünoassay geliştirilmesi
Production and genetic modification of antibody fragments for development of a cytokine detection immunoassay
DİLEK ŞAHİNBAŞ
Doktora
Türkçe
2024
BiyomühendislikHacettepe ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EDA ÇELİK AKDUR
- Development and structural determination of antiangiogenic recombinant antibody structures for cancer treatment
Kanser tedavisine yönelik antianjiogenik rekombinant antikor yapılarının geliştirilmesi ve yapısal tayini
MELİS DENİZCİ ÖNCÜ
Doktora
İngilizce
2022
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
DR. AYLİN ÖZDEMİR BAHADIR
- Polietilen tereftalat (PET) türü plastiği parçalayan petaz enziminin escherichia coli'de biyoteknolojik olarak üretimi
Biotechnologically production of polyethylene terephthalate (PET) type plastic degrading enzyme petase in escherichia coli
BEGÜM ESRA AYTAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞULE ARI