Ülsretif kolit ve crohn hastalıklarında metagenomik yaklaşmaların uygulanması
Application of metagenomics approaches in ulcerative colitis and crohn´s diseases
- Tez No: 820071
- Danışmanlar: PROF. DR. ERCAN ARICAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 117
Özet
İnflamatuar Bağırsak Hastalığı (IBH) olarak bilinen karmaşık, poligenik hastalık için resmi bir tedavi yoktur. Hastaların kanser ve yaşam boyu izleme, pahalı ilaçlar ve zor prosedürler gerektiren diğer hastalıkları geliştirme olasılığı daha yüksektir. Crohn hastalığı (CH) ve Ülseratif kolit (ÜK) her ikisi de IBH türleridir. IBH'nin spesifik kaynağı hakkında net değildir, ancak genetik yatkınlığı olan bireylerin bağırsak florasındaki (mikrobiyota gibi) çevresel tetikleyicilere anormal bir yanıt vermesi. Kolon kanserinin erken teşhisi zor olduğu için hastaların büyük çoğunluğuna geç teşhis konur. Buna rağmen kolonda ciddi hasarlar yaşayacaklar ve erken dönemde tedavi görmekte zorlanacaklar. Bu tezin amacı, hastalarda İBH risk düzeyini (özellikle Ülseratif kolit ve Crohn hastalıkları) değerlendirmek için kullanılabilecek biyobelirteçleri araştırmak ve hastalığın şiddetinin artması riski taşıyanları önceden belirlemekti. Başlangıçta, IBH'li insan hastalardaki mutasyonlar, NOD2, doğuştan gelen bağışıklık geni ve bağışıklık ile ilişkili IL-23R geni dahil olmak üzere prospektif konumlarda incelenmiştir. Daha sonra, hastanın mikrobiyomunun nasıl değiştiğini keşfetmek için NGS ve PCR kullanıldı. Mikrobiyotayı belirlemek ve hastalık durumları ile kontrol arasındaki farkları değerlendirmek için istatistiksel yöntemler kullanıldı, bu yöntemler daha sonra önceki çalışmalarla karşılaştırıldı. Bu araştırma, ülseratif kolit, Crohn Hastalığı ve bir kontrol grubunda bakteri çeşitliliğinde azalma olduğunu gösterdi. Cins düzeyinde, CH, ÜK ve kontrol gruplarındaki bakteriler (%100) Proteobacteria. Ek olarak, Alphapeoteobacteria, ÜK 8'deki seviyelerin (%17,4) en yüksek olduğu ve CH 3'ün (%0,7) en düşük toplam hacme (%3,6) sahip olduğu diğer önemli tutarsızlıklar gösterdi. Ek olarak CH 7, taksonomideki diğer sınıflarda belgelenmeyen Bacteroidia (%0.2), Clostridia (%0.1) ve Negativicutes'ta (%0.4) belgelenmiştir. Ek olarak, ÜK 8'deki varyasyon, diğer tüm gruplar arasında en büyüğüdür, ancak tüm bakteriler arasında en yüksek olan değildir. Gammaproteobacteria (Pseudomonadales) (%44,5), Betaproteobacteria (Burkholderiales) (%38,1), Alphaproteobacteria (Sphingomonadales) (%16,2) ve Alphaproteobacteria (Hyphomicrobiales) (%1,2) yüzdesini gösterir. Gammaproteobakterilerde (Pseudomonadales ) en fazla artış CH 3'te (%88,6), en düşük artış ise ÜK 8'de (%44,5) ve toplamda (%75,6) oldu. Sonuç olarak, önemli bulguları moleküler bir test kitine dönüştürmek, gastroenterologların IBH hastaları için bireyselleştirilmiş tedaviler planlamasına yardımcı olan moleküler bir çerçeve görevi görebilir.
Özet (Çeviri)
No official treatment exists for the complex, polygenic disease known as IBD. Patients are more likely to develop cancer and other diseases that require lifelong monitoring, expensive pharmaceuticals, and difficult procedures. Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis (UC) are both types of IBD. IBD is unclear about its specific origin, however, individuals with a genetic predisposition to have an anomalous response to environmental triggers in the intestinal flora (such as microbiota). Since the early detection of colon cancer is difficult, the majority of patients will receive their diagnosis later on. Despite this, they will experience serious damage to the colon and will have a hard time receiving treatment early on. The purpose of this thesis was to investigate biomarkers that could be used to assess the risk level of IBD (specifically Ulcerative colitis and Crohn's diseases) in patients, and identify those who are at risk of the disease's severity increasing in advance. Initially, mutations in human patients with IBD were studied at locations that were prospective, including the NOD2, the innate immunity gene, and the IL-23R gene that is associated with immunity. Next, NGS and PCR were employed to discover how patient's microbiome is altered. Statistical methods were employed to determine the microbiota as well as to assess the differences between the disease states and the control, these methods were then compared to previous studies. This research demonstrated a decrease in bacterial diversity in ulcerative colitis, Crohn's Disease, and a control group. At the genus level, the CD, UC and the control groups in the bacteria (100%) of Proteobacteria. Additionally, the Alphapeoteobacteria demonstrated other significant discrepancies with the levels in UC8 (17.4%) being the greatest and CD3 (0.7%) having the lowest total volume (3.6%). Additionally, CD7 was documented in Bacteroidia (0.2%), Clostridia (0.1%), and Negativicutes (0.4%) which were not documented in the other classes in the taxonomy. Additionally, the variation in UC8 is the greatest of any other group, but it isn't the highest of all bacteria. It demonstrates a percentage of Gammaproteobacteria ( Pseudomonadales ) (44.5%), Betaproteobacteria ( Burkholderiales ) (38.1%), Alphaproteobacteria (Sphingomonadales ) (16.2%), and Alphaproteobacteria (Hyphomicrobiales ) (1.2%). The higher increase in Gammaproteobacteria ( Pseudomonadales ) was in CD3 (88.6%), and the lowest was in UC8 (44.5%) and the total (75.6%). Ultimately, converting significant findings into a molecular test kit can serve as a molecular framework that helps gastroenterologists plan individualized treatments for IBD patients.
Benzer Tezler
- Yetişkin inflamatuvar bağırsak hastalarında diyet inflamatuvar indeksinin hastalık aktivitesi, depresif duygu durumu ve bazı biyokimyasal kan parametreleri ile ilişkisinin incelenmesi
nvestigation of the relationship of dietary inflammatory index with disease activity, depressive mood and some biochemical blood parameters in adult inflammatory bowel disease patients
BÜŞRA YÜKSEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Beslenme ve DiyetetikBaşkent ÜniversitesiBeslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SİNEM BAYRAM
- 5-amino salisilik asit'in CYP450 bağımlı metabolizmasının karakterize edilmesi
Characterization of CYP450-dependent metabolism of 5-amino salicylic acid
ELİF KALE