Geri Dön

miRCoop-v2: Detecting synergistic miRNA interactions in cancer

miRCoop-v2: Kanserde sinerjik miRNA etkileşimlerini saptama

PDF İndir

  1. Tez No: 823910
  2. Yazar: ÖYKÜ ZEYNEP ASLAN
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZNUR TAŞTAN OKAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Mühendislik ve Doğa Bilimleri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimi ve Mühendisliği Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 81

Özet

MiRNA'lar, hedef mesajcı RNA'ya (mRNA) bağlanarak mRNA bozunumu ve/veya translasyon inhibisyonu yoluyla hedef genin ifadesini post-transkripsiyonel olarak baskılar. Gen ifadesinin önemli düzenleyicileri oldukları için, kanser gibi farklı biyolojik süreçlerde ve patolojilerde rol oynarlar. Çoğu miRNA hedeflerini yalnızca az miktarda baskılayabilirken, bazı miRNA'ların aynı mRNA hedefin ifade düzeyini güçlü bir şekilde modüle etmek için sinerjik olarak hareket ettiği bilinmektedir. miRNA terapötiklerinde bu sinerjizmi kullanmak, tek bir miRNA tedavilerine kıyasla etkinliği artırma ve toksisiteyi en aza indirgeme potansiyeli sunar. Daha önce, miRNA'ların ve mRNA'ların eşleştirilmiş hasta gen ifade verileri üzerinde çekirdek etkileşim testleri kullanılarak potansiyel sinerjik miRNA çiftlerini ve paylaşılan hedef mRNA'larını belirlemek için miRCoop adı verilen bir yöntem geliştirilmiştir. Bu tezde, orijinal yöntemin birçok yönünü geliştiren, miRCoop'un geliştirilmiş bir versiyonu olan miRCoop-v2'yi sunuyoruz. miRCoop-v2, transkripsiyon faktörlerini içeren sinerjistik miRNA etkileşimlerini tanımlayabilir, açıkça miRNA arm bilgisini dahil edebilir, daha geniş bir miRNA-mRNA hedef etkileşim veri kümesini kullanabilir ve önceki sürümüne göre 30 kat daha hızlı çalışabilir. Bu hızlanma sinerjik miRNA çiftlerini ve ortak hedeflerini tahmin etmek için miRCoop-v2'yi 31 farklı kansere uygulamamıza olanak sağlar. miRCoop-v2'nin sonuçları, miRNA, TF (transkripsiyon faktörleri) ve hedef mRNA arasındaki kanserle ilişkili etkileşimlerin tespitinde değerli bir araç olabileceğini kanıtlamaktadır. Bazı önemli örnekler arasında MYC, STAT3, MKI67, miR-19a-3p ve miR-424-5p bulunmaktadır. Özellikle belirli bir kanser türü için doğrudan literatür kanıtları olmayabilecek durumlarda bile, bu miRNA'ların ve mRNA'ların diğer kanser türlerindeki önemi, çeşitli kanser bağlamlarında potansiyel ilgi çekiciliğini ve terapötik değerini göstermektedir. Ek olarak, sonuçları sunmak için bir web uygulaması geliştirdik, böylece kullanıcılar kanser özelinde üçlü ve sinerji modül sonuçlarına, seçilen kanserlerin pan-kanser analizlerine ve bulguların etkileşimli görselleştirmelerine erişebilirler. Umarız miRCoop-v2, sinerjik miRNA etkileşimlerini tespit etme konusundaki deneysel çabaları kolaylaştıracaktır. Uygulamaya aşağıdaki adresten erişilebilir: http://mircoop.sabanciuniv.edu

Özet (Çeviri)

MiRNAs bind to their target messenger RNA (mRNA) to post-transcriptionally repress the target gene's expression through mRNA degradation and/or translational inhibition. As they are important regulators of gene expression, they take roles in different biological processes and are associated with pathologies such as cancer. While most miRNAs can repress their target only minimally, some miRNAs are known to act synergistically to strongly modulate the expression level of a common mRNA target. Harnessing this synergism in miRNA therapeutics offers the potential to enhance potency and efficacy while minimizing toxicity compared to single miRNA therapies. Previously, a method called miRCoop was developed to identify potential synergistic miRNA pairs and their shared target mRNAs using kernel interaction tests on matched patient gene expression data of miRNAs and mRNAs. In this thesis, we present an improved version of this tool, called miRCoop-v2, which enhances several aspects of the original method. miRCoop-v2 can identify synergistic miRNA interactions involving transcription factors, explicitly incorporates miRNA arm information, utilizes a larger miRNA-mRNA target interaction dataset, and runs 30 times faster than its predecessor. This speed-up allows us to apply miRCoop-v2 to 31 different cancers to predict synergistic miRNA pairs and their shared targets. Results of the miRCoop v2 prove that it can be a valuable tool in the detection of cancer-related interactions between miRNA, TF (transcription factors), and target mRNA. Some significant examples include MYC, STAT3, MKI67, miR-19a-3p, and miR-424-5p. Even in situations where direct literature evidence for specific cancer may be lacking, the importance of these miRNAs and mRNAs in other cancer types suggests their potential relevance and therapeutic value across various cancer contexts. We also have developed a web application to present the results, allowing users to access cancer-specific triplet and synergy module results, pan-cancer analyses of selected cancers, and interactive visualizations of the findings. We hope miRCoop-v2 will facilitate experimental efforts in detecting synergistic miRNA interactions. The application is accessible at http://mircoop.sabanciuniv.edu

Benzer Tezler

  1. Tez No

    763405

    A shiny application for pancan survival analysis with paralog/miRNA pairs and in vitro validation of miRNA synergism in liver cancer

    Paralog/miRNA çiftleri ile pancan sağkalım analiz shiny aplikasyonu ve karaciğer kanserinde miRNA sinerjizminin in vitro doğrulanması

    MELİKE TOMBAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI

Geri Dön