A shiny application for pancan survival analysis with paralog/miRNA pairs and in vitro validation of miRNA synergism in liver cancer
Paralog/miRNA çiftleri ile pancan sağkalım analiz shiny aplikasyonu ve karaciğer kanserinde miRNA sinerjizminin in vitro doğrulanması
- Tez No: 763405
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 113
Özet
Geliştirilmekte olan kanser sağkalım araçları, hastalık riskini tahmin edebilir ve prognostik biyobelirteçleri tanımlayabilir. mRNA ve mikroRNA (miRNA) ifadeleri ile yapılan çok değişkenli Cox orantılı tehlike modeller, sağkalım sonuçlarını farklılaştırabilir. Önceki çalışmalar, aynı yolaklara/ailelere ait genlerin bağımsız olarak ve kansere özgü bir şekilde hareket ettiğini göstermiştir. Bu tezde, miRNA'ların paraloglarının ve sense-antisense iplikçiklerinin kansere bağlı risk oranları TCGA PANCAN için test edilmiştir. Sonuçlar, gen bazında hayatta kalma ağları da sağlayan bir R/Shiny web uygulamasında sunulmuştur. Gen bazında hayatta kalma ağı yaklaşımı plazma membranı-endoplazmik retikulum (PM-ER) kalsiyum kanallarına uygulanmıştır. Paraloglar arasında, kansere özgü prognostik imzalar ve fonksiyonel kompartmanlaşma gözlemlenmiştir. UVM, MESO gibi bazı kanserler PM-ER sinyali için merkez kanserler olarak ortaya çıkmıştır. Ayrıca, önerilen gen bazında hayatta kalma ağı hepatoselüler kanserde, miRNA-mRNA üçlüleri için genişletilmiştir. Ardından, miRCoop algoritması tarasından öne sürülen sinerjik bazı miRNA çiftlerinin hücre canlılığı ve hedef gen ifadesi üzerindeki etkisi test edilmiştir. Sonuçlar, kombinatoryal miRNA tedavilerinin RNAi terapötikleri için umut verici sonuçlar gösterse de farklı doz ve hedeflerle yeni çalışmalar yapılması gerektiğini de göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Emerging cancer survival tools can predict risk of disease and identify prognostic biomarkers. Multivariable Cox proportional hazards models with mRNA and microRNAs (miRNAs) expression can differentiate survival outcomes. Previous studies showed that genes that belong to the same pathways/families may act independently, and in a cancer-specific manner. In this thesis, cancer-dependent hazard ratios of paralog genes and sense-antisense strands of miRNAs were tested for TCGA PANCAN. The results were presented in a R/Shiny web application that provides gene-by-survival networks. The gene-by-survival network approach also was applied to the plasma membrane-endoplasmic reticulum (PM-ER) calcium channel geneset. Among paralogs, cancer-specific prognostic signatures and functional compartmentalization were observed. Some cancers like UVM, MESO emerged as hub cancers for PM-ER signalling. Further the proposed gene-by-survival network approach has been extended for miRNA-mRNA triplets that may act in synergy in hepatocellular carcinoma (HCC). Next, the effects of synergistic miRNA pairs provided by miRCoop algorithm were tested on cell viability and target gene expression for selected triplets. The results have revealed that the combinatorial miRNA treatments show promising results as RNAi therapeutics yet future studies with different doses and triplets are needed.
Benzer Tezler
- Survival analysis and its applications in identifying genes, signatures, and pathways in human cancers
Gen, im ve yolak saptanmasında sağkalım analizi ve uygulamaları
AYŞE ÖZHAN
Doktora
İngilizce
2021
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- SOX2 in focus: Association of SOX2 copy number variation with TP53 mutation in TCGA pancancer cohorts and codon optimized design for de novo SOX2 synthesis using novel shiny application
SOX2 odak noktasında: SOX2 gen kopya sayısı varyosyonunun TCGA pancancer kümelerinde TP53 mutasyonu ile ilişkisi ve shiny uygulaması kullanılarak de novo SOX2 sentezi için kodon optimize tasarım
SİBER GÜNEŞ ÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiNörobilim Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Development of a shiny application for comparative transcriptomics and differential gene expression
Karşılaştırmalı transkriptomik ve diferansiyel gen ekspresyonu için bir shiny uygulamasının geliştirilmesi
RONALDO LEKA
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Co-expression Pairs and Modules (CoEX-PM): A Shiny application and an example case study on chromogranins
Ko-ekspresyon çiftleri ve modülleri (CoEX-PM): Bir Shiny aplikasyonu ve kromograninler üzerinde bir örnek olay incelemesi
TUĞBERK KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyoistatistikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiNörobilim Ana Bilim Dalı
DOÇ. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Referans aralığı belirlemede kullanılan tek değişkenli ve çok değişkenli yöntemlerin karşılaştırılması
Comparison of univariate and multivariate methods used to determine reference ranges
ESRA KUTSAL KAYNAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyoistatistikHacettepe ÜniversitesiBiyoistatistik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEVİLAY KARAHAN