Geri Dön

Synthesis and antisense activites of DNA oligomers with hydrolytically active sites

Hidrolitik aktif birimler eklenmiş DNA oligomerlerin sentezi ve antisense aktiviteleri

PDF İndir

  1. Tez No: 82453
  2. Yazar: ÜLKÜ BAYKAL
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MAHİHUR S. AKKAYA, PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: yapay enzimler, fosfodiester hidrolizi, RNA hidrolizi, Lantanid kompleksi, lantan (III) kompleksi, seryum (IV) kompleksi. vı, artificial enzymes, phosphodiester hydrolysis, RNA hydrolysis, Lanthanide complexes, lanthanum (III) complex, cerium (IV) complex. IV
  7. Yıl: 1999
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 110

Özet

oz HİDROLITİK AKTİF BİRİMLER EKLENMİŞ DNA OLIGOMERLERİNİN SENTEZİ VE ANTİSENSE AKTİVİTELERİ Baykal, Ülkü Doktora, Biyoteknoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Mahinur S. Akkaya Ortak Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Temmuz 1999, 110 sayfa Bu çalışmada, RNA'yı sekans spesifik olarak hidroliz edebilecek yapay ribonukleazlar sentezlenmiştir. Birçok lantanid kompleksinin fosfodiester hidrolizi yaptığı gösterilmiştir. 1,4,7,10-tetrakis- (carbamoyl)-1,4,7,10- tetraazacyclododecane (TCMC) kompleksleri gibi enkapsüle edilmiş lanthanide kompleksleri fizyolojik koşullar altında oldukça kararlıdırlar. Mevcut lantanid koordinasyon bölgelerinin ligand ve su molekülleri arasındaki, dağılımı, kompleksin nötral pH'daki suda kararlılığı ve aktivitesinin belirlenmesinde kritik rol oynadığını kanıtlanmıştır. In vivo uygulamalarda en son amaç olarak, RNA ya da DNA'yı diziye özgün olarak kesebilen yapay RNaz ya da DNaz'ların kinetik kararlılıkları önemli bir avantajdır. Böylesi hidrolitik bakımdan aktif moleküllerin DNA oligomerlerine bağlanması amaçlandığından, dizayn mutlaka standart konjügasyonprotokollerinde aktive edebilecek bir fonksiyonel yapı içermelidir. Bu amaçla nitrofenil grubu eklenmiş TCMC-I_a3+ kompleksi sentezledi ve bu kompleksin modifikasyona uğratılmamış TCMC-La3+ kompleksi kadar model RNA substratlarının transesterifikasyonunda aktif oldukları gösteridi. Bu bileşiğin en önemli özelliği, bir DNA oligomerine bağlanmasına izin vererek, hedef bölgede sekans seçici hidroliz için bir potansiyel yaratmasıdır. Bir diğer lantanid kompleksi, 1,4,7-Tris (karbamoyil metil)-1,4,7- triazacyclononane hem nötral pH'daki sulu çözeltilerde hem de fosfodiester model bileşiğinin ve de maya tRNAPhe'sının hidrolizinin yürütülmesinde çok etkilidir. Molekül içi asit-baz işbirliğinden dolayı oligoaminlerin RNA'yı etkili olarak hidroliz ettiği bilindiğinden oligo DNA'ya konjüge edilmiş tris (2- aminoethyl)amine (TREN) molekülleri hazırlandı. Fizyolojik koşullar altında bu bileşimin HIVTat mRNA'sını etkili bir şekilde hidroliz ettiği gösterildi.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT SYNTHESIS AND ANTISENSE ACTIVITIES OF DNA OLIGOMERS WITH HYDROLYTICALLY ACTIVE SITES Baykal, Ülkü Ph.D., Department of Biotechnology Supervisor: Assoc. Prof. Dr. Mahinur S. Akkaya Co-Supervisor: Prof. Dr. Semra Kocabıyık June 1999, 110 pages Synthetic and sequence-specific ribonucleases, which hydrolze RNAs selectively at the target sites, have been synthesized. Various lanthanide complexes have been shown to promote phosphodiester hydrolysis. Encapsulated lanthanide complexes like 1,4,7,10-tetrakis- (carbamoyl)- 1,4,7,10-tetraazacyclododecane (TCMC) complexes are highly stable under physiological conditions. Distribution of the available coordination sites of the lanthanide between the ligand and the labile water molecules has proved to be critical in determining the activity and stability of the complex in water at neutral pH. The ultimate goal being an in vivo application as a sequence- selective RNA/DNA cleaving agent (artificial RNAse/DNase), where the kinetic stability is a distinct advantage. The final goal 111is to conjugate such hydrolytically active molecules to DNA oligomers, the design must include a functional group that can be made reactive in standard conjugation protocols. To that end, a nitrophenyl-derivatized TCMC-La3+ complex was synthesized, which is as active as the unmodified TCMC-La3+ in the transesterification of an RNA model substrate. The most important attribute of this compound is the nitrophenyl group, which would allow further derivatization and conjugation to a DNA oligomer, thus creating a potential for the sequence selective hydrolysis of its target. Later, this l_a3+-complex was appended to the 5'-end of an oligonucleotide and the hydrolytic activity of the conjugate was proved under physiological conditions. Another lanthanide complex, 1,4,7-Tris (carbamoyl methyl)-1,4,7- triazacyclononane complex of Ce(IV) is both stable in aqueous solutions at neutral pH and very efficient in promoting the hydrolysis of a phosphodiester model compound and yeast tRNAphe. Knowing that oligoamines efficiently hydrolyzes RNAs, due to intramolecular acid-base cooperation, conjugate of tris (2-aminoethyl)amine (TREN) and a DNA oligomer was prepared. It has been shown that this conjugate hydrolyzes the HIVTat mRNA at the target site under physiological conditions.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    542371

    Leıshmanıa ınfantum'un farklı antijen kombinasyonlarını içeren poli(laktik-ko-glikolik asit) nanopartiküllerinin sentezi, karakterizasyonu ve visseral leishmaniasis'e karşı aşı adayı olarak etkinliklerinin in vitro ve in vivo incelenmesi

    Synthesis, characterization and in vitro and in vivo investigation of effectiveness as vaccine candidate against visceral leishmaniasis of poly(lactic-co-glycolic acid) nanoparticles containing combination of different antigens of leishmania infantum

    ÖZLEM AYŞE TOSYALI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyomühendislikYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MELAHAT BAGIROVA

  2. Tez No

    883355

    Investigation of glucose metabolism on helicobacter-activated B cells

    Helicobacter-aktive B hücrelerinde glikoz metabolizmasının incelenmesi

    IŞILAY AKDAĞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYÇA SAYI YAZGAN

  3. Tez No

    894537

    Investigating the SARS-COV-2 specific antibody response in convalescent pediatric COVID-19 patients

    COVİD-19 tanısı alıp iyileşmiş pediatrik hastalarda SARS-COV-2'ye karşı spesifik antikor cevabının araştırılması

    FATMA ÖYKÜ ELASLAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYÇA SAYI YAZGAN

  4. Tez No

    617190

    İdiopatik parkinson hastalarında mikrobiyotanın hastalığın evresi ve günlük yaşam aktivitesi üzerine etkisi

    The effect of microbiota on the stage of the disease and daily life activity in idiopathic parkinson patients

    HANDAN KAYA ÇELİK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    NörolojiKocaeli Üniversitesi

    Nöroloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AYBALA NESLİHAN ALAGÖZ

  5. Tez No

    359462

    İnterlökin-33'ün makrofajlarda nitrik oksit üretimi ve kutuplaşma üzerine etkileri

    Effect of interleukine 33 on nitric oxide production and macrophage polarization

    HANDAN AKSOY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Allerji ve İmmünolojiGazi Üniversitesi

    İmmünoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. VEDAT BULUT

Geri Dön