Identification of similar patient groups in different cancer types
Benzer hasta gruplarının farklı kanser türleri içinde bulunması
- Tez No: 833231
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ZERRİN IŞIK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Biyolojik mekanizmalar hakkında fikir edinmek ve etkili hedefe yönelik tedaviler geliştirmek için farklı kanser türleri arasındaki ortak genetik özellikleri belirlemek önemlidir. Bununla birlikte, kanserin heterojen ve karmaşık doğasıyla uğraşmak, farklı katmanlardan omik verilerini entegre eden kapsamlı yöntemler gerektirir. Bu konuyla ilgili olarak, bu tez, çoklu omik verilerini birleştiren ve çeşitli kanser türlerinde prognostik biyobelirteçleri belirlemek için hesaplamalı yöntemleri kullanan bütüncül bir yaklaşım önermektedir. Akciğer, meme, kolorektal ve böbrek kanserlerine ait gen ekspresyonu ve DNA metilasyon verileri ağ yapısına entegre edilmiştir. Daha sonra, gen modülleri, kansere özgü ağlarda topluluk algılama algoritmaları çalıştırılarak belirlendi. Modüller, kanser için uyarlanmış biyolojik metrikler kullanılarak değerlendirildi. Potansiyel biyobelirteçler eğitim ve doğrulama veri kümelerinde aynı modülde olan ortak genler bulunarak tanımlandı. Ardından, biyobelirteçlerin gen ekspresyon, DNA metilasyon ve mutasyon durumu verileri ağırlıklandırılarak yeni bir prognostik puanlama tekniği geliştirildi. Geliştirilen prognostik puanlama yöntemi kullanılarak birçok sağkalım analizi yapıldı. Analiz sonuçlarına dayanarak, yedi potansiyel biyobelirtecin, farklı kanser türlerinde hasta sağkalımı ile istatistiksel olarak anlamlı bir ilişkiye sahip olduğu belirlendi. Bu tez, literatürde bilinen kansere özgü biyobelirteçleri tanımlamakta ve ayrıca yeni potansiyel biyobelirteçler önermektedir. Dolayısıyla bu tez, yeni gen hedefleri keşfetmek, paylaşılan genetik mekanizmalar hakkında değerli bilgiler elde etmek ve sonuç olarak kanser türleri arasında tedavi alternatiflerinin kapsamını genişletmek için bir gerekçe sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
It is essential to identify shared genetic characteristics among different types of cancer to gain insight into the biological mechanisms and develop effective targeted treatments. However, dealing with cancer's heterogeneous and complex nature requires comprehensive methods integrating omics data from different layers. Regarding this issue, this thesis suggests a holistic approach that combines multi-omics data and employs computational methods to identify prognostic biomarkers for various cancer types. Gene expression and DNA methylation data of lung, breast, colorectal, and kidney cancers are integrated into a network structure. Next, gene modules were determined by running community detection algorithms on cancer-specific networks. The modules were evaluated using cancer-adapted biological measures. Potential biomarkers were identified by finding common genes in the same module for both training and validation data. Subsequently, a novel prognostic scoring technique was developed by assigning weights to gene expression, DNA methylation, and mutation status of biomarkers. Several survival analyses were conducted using the developed prognostic scoring method to identify significant biomarkers. Based on the analysis results, it was determined that seven potential biomarkers genes had a statistically meaningful relationship with patient survival in different cancer types. The thesis identifies cancer-specific biomarkers known in the literature and also suggests new potential biomarkers. Hence, this thesis offers a rationale for exploring new gene targets, acquiring valuable knowledge on shared genetic mechanisms, and consequently broadening the scope of treatment alternatives across cancer types.
Benzer Tezler
- Hematolojik maligniteli olgularda glukoz metabolizması ve insülin direnci ile bazı adipokinler arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigating the relationship between glucose metabolism, insulin resistance and some adipokines in cases with hematologic malignancy
AYDIN KALENDER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıCelal Bayar Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MİNE MİSKİOĞLU
- Vascular function in chronic end-organ damage: pharmacological characterization of vasomotor function in systemic vasculature
Kronik uç-organ hasarında vasküler fonksiyon: Sistemik damarlarda vazomotor fonksiyonun farmakolojik karakterizasyonu
NADİR ULU
Doktora
İngilizce
2009
Eczacılık ve FarmakolojiUniversity of Groningen (Rijksuniversiteit Groningen)Tıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ROBERT HENK HENNING
- Kolorektal karsinoma ve öncü lezyonlarında mikrosatellit instabilitesinin immünhistokimyasal olarak değerlendirilmesi
Immunohistochemical evaluation of microsatellite instability in colorectal carcinoma and precursor lesions of colorectal carcinoma
SEHER YÜKSEL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
PatolojiAnkara ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BERNA SAVAŞ
- İnvaziv folliküler varyant papiller tiroid karsinomu (FVPTK), invaziv enkapsüle folliküler varyant papiller tiroid karsinomu (İEFVPTK) ve yeni bir antite olan papiller nükleer özellikli noninvaziv tiroid neoplazmlarında (NIFTP) morfolojik ve immunhistokimyasal analiz
Morphological and immunohistochemical analysis in encapsulate follicular variant papillary thyroid carcinoma (EFVPTC) , invasive follicular variant papillary thyroid carcinoma (FVPTC) and anew entity noninvaziv follicular thyroid neoplasm with papillary nuclear feature (NIFTP)
ZELİHA ÇELİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
PatolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PEMBE OLTULU
- Lösemi tanısı konan çocuklarda öz kuramının incelenmesi
Self concept in children diagnosed with leukemia
YEŞİM ALTUNCU