Geri Dön

Seçilmiş interlökin 1-beta inhibitörlerinin ADAMTS5 üzerine etkilerinin In Siliko analizleri

In Silico analysis of the effects of selected interleukin 1-beta inhibitors on ADAMTS5

  1. Tez No: 833263
  2. Yazar: TUĞRULHAN ÖZDEN
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SİNAN KANDIR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Osteoartrit, ADAMTS5, IL-1, In siliko, Autodock, Osteoarthritis, ADAMTS5, IL-1, In silico, Autodock
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Çukurova Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 68

Özet

Osteoartrit (OA) inflamatuar sürecinde içinde yer aldığı dejeneratif eklem hasarıdır. OA tedavisinde inflamatuar yanıtı azaltmak ve durdurmak için birçok küçük molekülden faydalanılmaya çalışılmaktadır. Sunulan çalışmada, seçilmiş IL-1β inhibitörlerinin ADAMTS5 üzerine etkilerinin in siliko analizlerinin yapılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, IL-1β inhibitör özelliği taşıyabilecek Apigenin, Bütein, Kurkumin, Gallik asit, Harpagosit, Oleuropein, Hiperforin, Quercetin, Wogonin, EGCG ve Resveratrol molekülleri ADAMTS5 inhibitörü olan Aldumastat ile affinite ve ADMET özellikleri yönünden karşılaştırılmıştır. Autodock Vina programı ile moleküler docking analizleri ve affinite değerleri hesaplanmış olup, seçilmiş moleküllerin ADAMTS5 ile 3B kompleks yapıları oluşturulmuştur. Moleküllerin ADAMTS5 bağlanma bölgeleri ve bağ türleri BIOVIA Discovery Studio yazılımı ile karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. Docking sonrası Swis-Pdb Viewer yazılımı ile ADAMTS5 protein-ligand toplam enerji hesaplamaları yapılmıştır. Seçilmiş moleküllerin Absorbsiyon, Dağılım, Metabolizma, Ekskresyon, Toksikolojik (ADMET) özellikleri admetSAR yazılımı ile değerlendirilmiştir. EGCG, Apigenin, Oleuropein ve Wogonin'in ADAMTS5 'in aktif bölgesine negatif affiniteleri en yüksek olarak hesaplanmış ve bu moleküllerden ADMET özellikleri bakımından oral biyoyararlanımı ve bağırsak emilimi en yüksek hepatotoksik ve nefrotoksik özellikleri en düşük olarak Oleuropein ve Wogonin molekülleri bulunmuştur. Elde edilen bulguların in vitro ve in vivo çalışmalar için bir kılavuz niteliğinde olduğu ve in siliko analiz sonucunda ADAMTS5 inhibitörü potansiyeline sahip bu moleküllerin in vitro ve in vivo şartlar altında daha detaylı moleküler analizlerle incelenmesi gerektiği kanaatindeyiz.

Özet (Çeviri)

Osteoarthritis (OA) is a degenerative joint damage involving the inflammatory process. Many small molecules are being used to reduce and stop the inflammatory response in the treatment of OA. In the presented study, it was aimed to perform in silico analyzes of the effects of selected IL-1β inhibitors on ADAMTS5. For this purpose, Apigenin, Butein, Curcumin, Gallic acid, Harpagocyte, Oleuropein, Hyperforin, Quercetin, Wogonin, EGCG and Resveratrol molecules, which may have IL-1β inhibitory properties, were compared with Aldumastat, an ADAMTS5 inhibitor, in terms of affinity and ADMET properties. Molecular docking analyzes and affinity values were calculated with the Autodock Vina program, and 3D complex structures of selected molecules were created with ADAMTS5. The ADAMTS5 binding sites and bond types of the molecules were comparatively examined with BIOVIA Discovery Studio software. After docking, ADAMTS5 protein-ligand total energy calculations were made with Swis-Pdb Viewer software. Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, Toxicological (ADMET) properties of selected molecules were evaluated with admetSAR software. The negative affinities of EGCG, Apigenin, Oleuropein and Wogonin to the active site of ADAMTS5 were calculated to be the highest, and among these molecules, Oleuropein and Wogonin were found to have the highest oral bioavailability and intestinal absorption in terms of ADMET properties, and the lowest hepatotoxic and nephrotoxic properties. We believe that the findings obtained are a guide for in vitro and in vivo studies, and as a result of in silico analysis, these molecules with ADAMTS5 inhibitor potential should be examined with more detailed molecular analyzes under in vitro and in vivo conditions.

Benzer Tezler

  1. Küçük hücreli dışı akciğer kanserli hastalarda serum leptin, ghrelin, tümör nekrozis faktör alfa ve interlökin 1 düzeyinin önemi

    The significance of the serum leptin, ghreline, tumor necrosis factor alpha and ınterleukine-1 levels in patients with non-small cell lung cancer

    FATİH KARATAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    OnkolojiAnkara Üniversitesi

    Dahiliye Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BÜLENT YALÇIN

  2. Gelişimsel kalça displazisi ile interlökin-6 -572G/C ve transforme edici büyüme faktörü beta 1 29C/T gen polimorfizmlerinin ilişkisi

    Association of tgfb1 29C/T and il6 -572g/c polymorphisms with developmental hip dysplasia

    SERVET İĞREK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Ortopedi ve TravmatolojiMarmara Üniversitesi

    Ortopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HASAN HİLMİ MURATLI

  3. Seçilmiş biyobelirteçlerin buzağıların fibrinli pnömoni olgularının tanısı ve prognozundaki önemi

    The importance of selected biomarkers in the diagnosis and prognosis of fibrinous pneumonia in calves

    MERVE İDER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Veteriner HekimliğiSelçuk Üniversitesi

    İç Hastalıkları (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET MADEN

  4. Kronik periodontitis hastalarında cerrahisiz periodontal tedaviye ilave atmosferik basınçlı soğuk plazma kullanımının klinik, biyokimyasal ve mikrobiyolojik parametreler üzerine etkileri

    Effect of adjunctive atmospheric pressure cold plasma application on clinical, biochemical and microbiologic parameters in non-surgical periodontal treatment of chronic periodontitis patients

    DİĞDEM KÜÇÜK

    Diş Hekimliği Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Diş Hekimliğiİzmir Katip Çelebi Üniversitesi

    Periodontoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SERHAT KÖSEOĞLU

  5. Gentamisinle nefrotoksisite oluşturulan sıçanlarda l-argininin koruyucu etkisinde antioksidan mekanizmaların rolü

    Role of antioxidant mechanism of L- arginine in gentamicine-induced nephropathy in rats

    ERCAN KARABULUT

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Eczacılık ve FarmakolojiÇukurova Üniversitesi

    Tıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ATA SEÇİLMİŞ