Bitkilerde ekspansin gen ailesinin biyoinformatik analizleri ve veritabanı oluşturulması
Bioinformatics analysis of the expansin gene family in plants and creating a database
- Tez No: 837249
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YASEMİN ÇELİK ALTUNOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kastamonu Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 292
Özet
Bitkiler yeryüzünde kendi besinini üreten ökaryotik canlılardır. Bitkiler aleminde çok fazla organizma bulunmaktadır ve canlıların yaşam kaynağı olan oksijenin üretilmesinden sorumludurlar. Bu da bitkileri solunum yapan canlılar için önemli kılmaktadır. Bitki hücrelerinde bulunan hücre duvarı, bitkiye destek sağlayan, turgor basıncına karşı hücreye esneklik katan ve en dış katmanda bulunan selülozik bir yapıdan oluşmaktadır. Hücre duvarı biyotik ve abiyotik birçok etmenden etkilenmektedir. Ekspansinler, hücre duvarına etki eden ve genişlemesini sağlayan bir protein ailesidir. Tüm bitkilerde ve hücre duvarının bulunduğu diğer canlılarda ifade edilmektedir. pH'a bağımlı olmak koşuluyla hücre duvarının genişlemesi yönünde etki göstermektedir. Bitkilerde; hücre büyümesi, meyve olgunlaşması, tohum çimlenmesi gibi gelişimsel süreçlerde görev aldığı bilinmektedir. Ekspansin gen ailesi dört alt aileye ayrılmaktadır. Bunlar; alfa expansin (EXPA), beta ekspansin (EXPB), alfa benzeri ekspansin (EXLA) ve beta benzeri ekspansindir (EXLB). Bu tez çalışması kapsamında toplam 70 adet bitkide bulunan ekspansin genlerine ait gen yapılarının, korunmuş motiflerin belirlenmesi, tahmini üç boyutlu yapılarının gösterilmesi gibi biyoinformatik analizler gerçekleştirilmiştir. Ayrıca ekspansinlerin hangi alt aileye ait olduğunun belirlenmesi amacıyla derin öğrenme yöntemi geliştirilmiştir. Yapılan analizlerin tamamı http://www.expansingenefamily.com/ adresinde veritabanı haline getirilmiştir. 'Expansin Gene Family' veri tabanı, çevrimiçi ücretsiz erişim sağlanabilen uluslararası bir veritabanıdır. Bu çalışma ile ekspansin gen ailesine yönelik çok geniş kapsamlı bir veri tabanı oluşturulmuş olup ekspansin genleri ile çalışmak isteyen bilim insanları için öncü bir çalışma niteliği taşımaktadır.
Özet (Çeviri)
Plants are eukaryotic organisms that produce their own food on earth. There are many living organisms in the plant kingdom and they are responsible for the production of oxygen, which is the source of life for living things. This makes plants important for living organisms that breathe. Plant cells, unlike other living cells, have a cell wall. The cell wall consists of a cellulosic structure that provides support to the plant, adds flexibility to the cell under turgor pressure, and is in the outermost layer. The cell wall is affected by many biotic and abiotic factors. Expansins are a family of proteins that act on the cell wall and allow it to expand. They are expressed in all plants and other organisms with a cell wall. It acts in the direction of expansion of the cell wall, provided that it is pH dependent. In plants; It is known to be involved in developmental processes such as cell growth, fruit ripening, and seed germination. The expansin gene family is divided into four subfamilies. These; alpha expansin (EXPA), beta expansin (EXPB), alpha-like expansin (EXLA) and beta-like expansin (EXLB). Within the scope of this thesis, bioinformatic analyzes such as determining the gene structures of the expansin genes, conserved motifs and showing the estimated three-dimensional structures of the expansin genes in a total of 70 plants were performed. In addition, a deep learning method was improved in order to determine which subfamily the expansins belong to. All of the analyzes were made into a database at http://www.expansingenefamily.com/. 'Expansin Gene Family' is an international database that can be accessed free of charge online. With this study, a very comprehensive database for the expansin gene family has been created and it is a pioneering study for scientists who want to work with expansin genes.
Benzer Tezler
- Kavun ve karpuz bitkilerinde ekspansin gen ailesinin incelenmesi ve farklı abiyotik stres şartlarında gen ifade profilleri
Examination of the expansin gene family in melon and watermelon plants and gene expression profiles under different abiotic stress conditions
ÇINAR YİĞİT İNCİLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiKastamonu ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YASEMİN ÇELİK ALTUNOĞLU
- Salatalık ve kabak genomlarında ekspansin genlerinin belirlenmesi ve abiyotik stres koşulları altında gen ifade profillerinin değerlendirilmesi
Determination of expansin genes in cucumber and zucchini genomes and evaluation of gene expression profiles under abiotic stress conditions
BÜŞRA ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiKastamonu ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YASEMİN ÇELİK ALTUNOĞLU
- Şeker pancarı genomunda ekspansin genlerinin biyoinformatik yöntemler ile karakterizasyonu
Characterization of expansin genes in sugar beet genome by bioinformatics analysis
DIMA FARIS ABDULKHADUM AL-MAMOORI
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyomühendislikKastamonu ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YASEMİN ÇELİK ALTUNOĞLU
- Expression patterns of the expansin gene family in barley under drought stress
Expansin gen ailesinin arpada kuraklık stresi altında ekspresyonu
BUĞRA GÜLER
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ANDREW JOHN HARVEY
- Buğdayda (Triticum aestivum L.) absisik asitle ilişkili gen anlatımı
Abscisic acid related gene expression in wheat (Triticum aestivum L.)
BİRSEN CEVHER KESKİN
Doktora
Türkçe
2006
Bilim ve Teknolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDÜLREZZAK MEMON
PROF. DR. AYŞEGÜL TOPAL SARIKAYA