Jiangella aurantiaca enkapsülin sisteminin klonlanması, ekspresyonu ve karakterizasyonu
Cloning, expression and characterization of the Jiangella aurantiaca encapsulin system
- Tez No: 839016
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 146
Özet
Enkapsülinler, kendilerine özgü kargo proteinleri bulunan, doğal, bakteri kaynaklı ve protein yapılı kapsüllerdir. Bu çalışmada, Jiangella aurantiaca 8K307'nın peroksidaz-enkapsülin sistemi karakterize edildi. Ayrıca, enkapsülinle ilişkisiz Anoxybacillus ayderensis A9'in oligo-1,6-α-glukosidazına, Dyp'ye ait olan kargo yükleme peptidi (CLP) eklenerek, enkapsülinin oligo-1,6-α-glukosidaz üzerindeki etkileri araştırıldı. Enkapsülin, Dyp, oligo-1,6-α-glukosidaz ve CLP etiketli oligo-1,6-α-glukosidaz genleri, rekombinant olarak üretildiler ve gen ekspresyonlarının ardından saf olarak elde edildiler. Enkapsülinin TEM ve DLS analizleri ile 24 nm'lik kapsül yapısı belirlendi. Kapsül formun stabil olduğu fizyolojik koşullar belirlendi. Enkapsülinin, Dyp ve CLP etiketli oligo-1,6-α-glukosidaz ile in vitro kapsülasyonları sağlandı. Zimogram ve Native PAGE analizleri ile kapsülasyonlar tespit edildi. Enkapsülinlenen ve serbest Dyp, enkapsülinlenen ve serbest oligo-1,6-α-glukosidaz ve CLP etiketi bulunmayan oligo-1,6-α-glukosidazın, optimum pH, optimum sıcaklık ve kinetik parametreleri belirlendi. Sürfaktanlar, metal şelatörler, indirgeyici ajanlar, organik çözücüler ve metallerin Dyp, oligo-1,6-α-glukosidaz ve CLP etiketi bulunan oligo-1,6-α-glukosidaz üzerindeki etkileri test edildi. Sonuçta, enkapsülinin özel kargo proteini olan Dyp ve ilişkisiz kargo proteini olan oligo-1,6-α-glukosidaz üzerindeki koruyucu etkileri ayrıntılı olarak karakterize edildi
Özet (Çeviri)
Encapsulins are natural, bacterial-derived, protein-structured capsules with specific cargo proteins. In this study, the peroxidase-encapsulin system of Jiangella aurantiaca 8K307 was characterized. In addition, the effects of encapsulin on oligo-1,6-α-glucosidase were investigated by adding the cargo loading peptide (CLP) belonging to Dyp to the oligo-1,6-α-glucosidase of Anoxybacillus ayderensis A9, which is unrelated to encapsulin. Encapsulin, Dyp, oligo-1,6-α-glucosidase and CLP-labeled oligo-1,6-α-glucosidase genes were produced recombinantly and obtained in pure form after gene expression. The 24 nm capsule structure of encapsulin was determined by TEM and DLS analyses. Physiological conditions under which the capsule form was stable were determined. In vitro encapsulation of encapsulin was achieved with Dyp and CLP labeled oligo-1,6-α-glucosidase. Encapsulations were detected by zymogram and Native PAGE analyses. Optimum pH, optimum temperature and kinetic parameters of encapsulinated and free Dyp, encapsulinated and free oligo-1,6-α-glucosidase, and oligo-1,6-α-glucosidase without CLP label were determined. The effects of surfactants, metal chelators, reducing agents, organic solvents, and metals on Dyp, oligo-1,6-α-glucosidase, and CLP-tagged oligo-1,6-α-glucosidase were tested. As a result, the protective effects of encapsulin on the specific cargo protein Dyp and the unrelated cargo protein oligo-1,6-α-glucosidase were characterized in detail
Benzer Tezler
- Jiangella alba tarafından üretilen beta-glukozidaz, beta-ksilozidaz ve alfa-L-arabinofuranozidaz enzimlerinin kısmi karakterizasyonu
Partial characterization of beta-glucosidase, beta-xylosidase and alpha-L-arabinofuranosidase enzymes produced by Jiangella alba
ZEYNEP GÜL AYTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ OSMAN ADIGÜZEL
- Cloning, expression, and characterization of the β-glucosidase from Jiangella ureilytice KC603
Cloning, expression, and characterization of the β-glucosidasefrom Jiangella ureilytica KC603
ARİFE KAÇIRAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyoteknolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
- Bazı toprak bakterilerinin transglutaminaz, levansukraz ve beta galaktozidaz üretim yeteneklerinin taranması ve elde edilen enzimin kısmi karakterizasyonu
Sacanning the transglutaminase, levansucrase and beta galactosidase production of some soil bacteria and partial characterization of enzymes
ELİF GÜLŞEN KARABACAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Gıda MühendisliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET HİLMİ ÇON
- Farklı krater gölleri sediment ve kıyı topraklarından aktinomisetlerin izolasyonu ve polifazik taksonomisi
Isolation and polyphasic taxonomy of actinomycetes from coastal sediment and soil samples of different crater lakes
HİLAL AY
- Avşa ve Marmara Adaları'ndan aktinobakterilerin izolasyonu, polifazik taksonomisi ve genom analizleri
Isolation, polyphasic taxonomy and genome analyses of actinobacteria from Avşa and Marmara Islands
AHMET RIDVAN TOPKARA