Geri Dön

Avşa ve Marmara Adaları'ndan aktinobakterilerin izolasyonu, polifazik taksonomisi ve genom analizleri

Isolation, polyphasic taxonomy and genome analyses of actinobacteria from Avşa and Marmara Islands

  1. Tez No: 851545
  2. Yazar: AHMET RIDVAN TOPKARA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. KAMİL IŞIK
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 280

Özet

Mikrobiyal doğal ürünlerin araştırılması, yeni terapötik ajanların geliştirilmesinde kullanılacak kimyasalların keşfi, tarımsal ve endüstriyel uygulamalar için de dünya çapında büyük önem taşımaktadır. Biyolojik olarak aktif bileşiklerin büyük bir kısmı aktinobakterilerden elde edilmektedir. Aktinobakteriler doğada yaygın olarak bulunan, ekonomik ve biyoteknolojik önemi olan mikroorganizma grubudur. Bu çalışmanın temel amacı,“ Avşa ”ve“ Marmara ”Adaları'ndaki topraklarda yaşayan Actinobacteria'nın mikrobiyal çeşitliliğini araştırmak ve 16S rRNA gen dizilerine dayanarak cins düzeyinde türleri tanımlamaktır. Bu adalar Marmara Denizi'nin güneybatısında yer almaktadır ve yapılan literatür taramasında Avşa ve Marmara Adaları ile ilgili herhangi bir Actinobacteria biyoçeşitlilik çalışmasına rastlanmamıştır. Bu tür keşfedilmemiş ekolojik habitatlar, yeni türlerin ve biyoaktif moleküllerin keşfi için potansiyel olarak zengin kaynaklardır. Aktinobakteriler, azot fiksasyonu ve bu prokaryotik mikroorganizmaların rolleri gibi birçok doğal olayda önemli bir rol oynamaktadır. Bu makalede, birden fazla örnekleme alanını inceleyerek ve farklı seçici izolasyon ortamları kullanarak Adalar'daki Actinobacteria varlığı ve çeşitliliğine odaklanılmıştır. Toplam 400 kültürlenebilir Aktinobakteri, on farklı izolasyon ortamı kullanılarak dilüsyon-plak yöntemiyle izole edilmiştir. Bu 400 izolat arasından 112 izolat farklı kültür ortamlarındaki morfolojilerine göre seçilmiştir. İzolatlar 16S ribozomal RNA gen dizilimi ve filogenetik analiz temelinde karakterize edilmiştir. Sonuçlar, 16 farklı cins ile yüksek düzeyde aktinobakteriyel çeşitlilik göstermiştir. Filogenetik analizler sonucunda elde edilen bu cinsler Actinomadura, Actinopolymorpha, Dactylosporangium Geodermatophilus, Kribbella, Jiangella, Microbispora, Micromonospora, Mycolicibacterium, Nonomuraea, Nocardia, Nocardioides, Pseudonocardia, Rhodococcus, Saccharopolyspora ve Streptomyces'tir. Mevcut araştırmamızda birçok izolat yeni türler olarak tanımlanmıştır. Bu çalışmadan elde edilen bulgular, Avşa ve Marmara Adaları topraklarının Actinobacteria için iyi bir izolasyon kaynağı olabileceğini göstermiştir.

Özet (Çeviri)

The research of microbial natural products is of great importance worldwide for the discovery of chemicals to be used in the development of new therapeutic agents, agricultural and industrial applications. Most of the biologically active compounds are obtained from actinobacteria. Actinobacteria are a group of microorganisms that are widely found in nature and have economic and biotechnological importance. The main purpose of this study is to investigate the microbial diversity of Actinobacteria, living in soils in the“Avşa”and“Marmara”Islands and to identify species at genus level based on 16S rRNA gene sequences. These islands are located in the southwest of the Sea of Marmara and in the literature review, no Actinobacteria biodiversity studies related to Avşa and Marmara Islands were found. Such unexplored ecological habitats are potentially rich source for discovery sources of novel species and bioactive molecule. Actinobacteria play an important role in many natural phenomena such as nitrogen fixation, roles of these prokaryotic microorganisms. In this article, we focused on the presence and the diversity of Actinobacteria on the Islands by examining multiple sampling sites and using different selective isolation media. A total of 400 culturable Actinobacteria were isolated using ten different isolation media by dilution-plating method. Among the 400 isolates, 112 isolates were selected according to their morphology in different culture media. The isolates were characterized on the basis of 16S ribosomal RNA gene sequencing and phylogenetic analysis. The results showed a high level of actinobacterial diversity with 16 different genera. These genera obtained as a result of phylogenetic analyzes are Actinomadura, Actinopolymorpha, Dactylosporangium Geodermatophilus, Kribbella, Jiangella, Microbispora, Micromonospora, Mycolicibacterium, Nonomuraea, Nocardia, Nocardioides, Pseudonocardia, Rhodococcus, Saccharopolyspora and Streptomyces. Many isolates are identified as new species by our current research. Findings from this study showed that the soil of Avşa and Marmara Islands can be a good source of isolation for Actinobacteria.

Benzer Tezler

  1. Kapıdağ Yarımadası ve Güney Marmara adalarının jeomorfolojisi ve kuaterner'deki evrimi

    Geomorphology of the Kapıdağ Peninsula and South Marmara Islands and its evolution in the quaternary

    ELÇİN KILIÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Coğrafyaİstanbul Üniversitesi

    Coğrafya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TOPÇU AHMET ERTEK

  2. Marmara Adaları'nın bitki örtüsü

    The Plant cover of Marmara islands

    ALPASLAN COŞKUN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Coğrafyaİstanbul Üniversitesi

    Türkiye Coğrafyası Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUTLU GÜNGÖRDÜ

  3. Marmara denizinde sualtında kalmış tarih öncesi yerleşimlere bir örnek: Avşa adası

    An example to the sunken prehistoric settlements of Marmara sea avşa island

    GÜNAY DÖNMEZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    ArkeolojiSelçuk Üniversitesi

    Arkeoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. HAKAN ÖNİZ

  4. Paşalimanı (Aloni) adası şaraphane yapıları için koruma ve yeniden kullanım önerileri

    Conservation and reuse proposals for Pasalimani (Aloni) island winery buildings

    TUĞÇE CANER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ UMUT ALMAÇ

  5. Erdek Körfezi sedimentlerinin jeokimyası

    Geochemistry of sediments in Erdek Bay

    NURAY BALKIS

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Kimyaİstanbul Üniversitesi

    Kimyasal Oşinografi Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. M. NAMIK ÇAĞATAY