Prevalence of virulence E. coli (Fim and pap) genes in enteric and paraenteric infection
Enterik ve paraenterik enfeksiyonda virülans E.coli (Fim ve Pap) genlerinin prevalansı
- Tez No: 854779
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ REMZİ ORKUN AKGÜN, DR. ÖĞR. ÜYESİ SAWSAN MOHAMMED KAREEM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 88
Özet
Escherichia coli (E. coli), insanları etkileyen, ishal ve idrar yolu enfeksiyonu (İYE) başta olmak üzere birçok hastalığa neden olan en önemli bakterilerden biridir. E. coli bakterisinin idrar yolu ve sindirim sistemi kolonilerine yerleşmesine yardımcı olan birçok virülans faktörü geliştirdiğinden antibiyotiklere karşı direnci yüksektir. Bu çalışmada E. coli'nin (Fim ve Pap) virülans genlerinin bağırsak ve idrar yolu enfeksiyonlarında yaygınlığınının tespit edilmesi ve bu genlerin E. coli patojenitesini artırıcı etkisinin belirlenmesi amaçlandı. Bağdat – Irak'taki hastane laboratuvarından 12 Aralık 2022 - 31 Ocak 2023 tarihleri arasında idrar yolu enfeksiyonu ve ishali olan 209 hastadan 209 örnek toplandı. Örnekler öncelikle MacConkey agar ve Eosin-Metilen Mavisi ile teşhis edildi ve biyokimyasal testler ile Vitek 2 sistemi ile doğrulandı. Örneklerin (94) erkek ve (115) kadın olmak üzere (131) idrar ve (78) dışkı örneği olduğu, (50) idrar örneğinde E. coli tanısı konulduğu ve tamamının patojen olduğu, (61) dışkı örneğinde E. coli tanısı konuldu ve bunların (50) örneğinin patojen olduğu belirlendi. 100 izolat (50 idrar ve 50 dışkı) örneğinde virülans genlerinin moleküler tespiti yapıldı. Patojenitede kritik rol oynayan adhesin genleri (Fim ve Pap), Polimeraz Zinciri Reaksiyonu (PCR) kullanılarak tespit edildi. Sonuçlar, her ikisinin de idrar örneklerinde dışkı örneklerine kıyasla daha yüksek prevalans gösterdiğini ortaya koydu. İdrar örneklerinde %90 Fim geni, %86 Pap geni; dışkı örneklerinde ise %74 Fim geni, %56 Pap geni belirlendi. Vitek 2 Sistemi ile yapılan duyarlılık testi, patojen bakterileri tespit etmek ve virülens genlerin enfeksiyonu arttırma etkisini görmek için kullanıldı. Ampisilin, Cefazolin, Ciftriaxone ve ESBL dışkı örneklerinde bakterilere karşı test edilen antibiyotikler arasında en dirençli iken Tigecycline, Ertapenem, Amikasin ve Imipenem en etkili antibiyotiklerdi. İdrar örneklerindeki bakterilere test edilen antibiyotikler arasında en dirençliler Ampisilin, Cefazolin, Siprofloksasin, Levofloksasin, Trimetoprim/Sulfametoksazol ve ESBL iken en etkililer ise Piperacillin/Tazobactam, Cefepim, Ertapenem, Imipenem, Amikasin ve Tigecycline oldu. Bu çalışmada, örnekler yüksek çoklu ilaca direnç ve genişletilmiş spektrumlu beta-laktamaz (ESBL) direnci göstermiştir. Dışkı örneklerinde toplam gen varlığı %77 çoklu ilaca direnç, %70 ESBL direnci; idrar örneklerinde ise toplam gen varlığı %98 çoklu ilaca direnç, %72 ESBL direnci olarak tespit edilmiştir. Ek olarak, Fim geni ile Trimetoprim/Sülfametoksazol arasında anlamlı p değeri (0.006) ve Pap geni ile ESBL, Levofloksasin, Siprofloksasin ve Trimetoprim/Sülfametoksazol arasında sırasıyla (0.000, 0.000, 0.001, 0.013) anlamlı p değeri saptanmıştır. Bu bulgular, Fim ve Pap genlerinin E. coli'nin bu antibiyotiklere direncini artırma üzerindeki etkisini işaret etmektedir. Bu çalışmanın sonuçları, E. coli patojenitesinin arttırılmasında, E. coli enfeksiyonu tedavilerinin ve önleme stratejilerinin geliştirilmesinde ve uygunsuz antibiyotik kullanımının azaltılmasında bu virülans faktörlerinin önemini göstermektedir
Özet (Çeviri)
Escherichia coli (E. coli) are one of the most important bacteria that effect on people and cause several disease specially diarrhea and urinary tract infection. It have high resistant to the antibiotics because E. coli develop many virulence factor that help the bacteria to colonies urinary tract and digestive system. In this study, it was aimed to detect the prevalence of (Fim and Pap) virulence genes of E. coli in intestinal and urinary tract infection, and to determine the enhancement effect of these genes on E. coli pathogenicity. Two hundred and nine samples were collected from 209 patients have urinary tract infection and diarrhea from hospital laboratory in Bagdad – Iraq during the period of the 12th of December 2022 to the 31st of January 2023. The samples diagnosed primarily by MacConkey agar and Eosin-Methylene Blue and confirmed by the biochemical tests and Vitek 2 System. The patients include (94) males and (115) females, and the sample include (131) urine samples and (78) stool samples, the E. coli were diagnosed in (50) urine samples and all of them were pathogenic, while (61) stool samples were diagnosed with E. coli and (50) samples of them were pathogenic. Molecular detection of virulence genes was performed on 100 isolates (50 urine and 50 stool) sample. The adhesion genes (Fim and Pap) that play a crucial role in pathogenicity were detected using Polymerase chain reaction. Results showed high prevelance of both in urine than in stool samples as; (90%) Fim gene, (86%) Pap gene in urine samples, and (74%) Fim gene, (56%) Pap gene in stool samples. Susceptibility test was done by Vitek 2 System to detect the pathogenic bacteria and saw the effect of virulence genes to increase the infection, (Ampicillin, Cefazolin, Ciftriaxone, and ESBL) were the most resisted antibiotics tested while (Tigecycline, Ertapenem, Amikacin and Imipenem) was the most effective antibiotic tested on bacteria in stool sample. Ampicillin, Cefazolin, Ciprofloxacin, Levofloxacin, Trimethoprim/ Sulfamethoxazole, and ESBL were the most resisted antibiotics tested while Piperacillin/Tazobactam, Cefepime, Ertapenem, Imipenem, Amikacin, and Tigecycline was the most effective antibiotic tested on bacteria in urine sample. On other hand samples showed high multi drug resistance and ESBL resistance as; stool total gene presence (77% MDR, 70% ESBL resistance) and urine total gene presence (98% MDR, 72% ESBL resistance), in addition the samples showed relation of both virulence factors with few antibiotic as significant P value of (0.006 ) for Fim gene with Trimethoprim/Sulfamethoxazole and significant P value for pap gene was (0.000, 0.000, 0.001, 0.013) for ESBL, Levofloxacin, Ciprofloxacin, and Trimethoprim/Sulfamethoxazole respectively, that refer to the effect of both Fim and Pap genes in increasing E. coli ability to resist these antibiotics. The results of this study show the importance of these virulence factors in E. coli pathogenicity enhancing, to develop E. coli infection treatments and prevention strategies, and decreasing the improper use of antibiotics.
Benzer Tezler
- Klinik örneklerden izole edilen escherichia coli izolatlarının moleküler epidemiyolojik karakterizasyonuve yüksek riskli ST131 klonunun araştırılması
Molecular epidemiological characterization of escherichia coli isolates isolated from clinical samples and investigation of HİGH-risk ST131 clone
ELİF AYDIN
Doktora
Türkçe
2022
MikrobiyolojiAtatürk ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELAHATTİN ÇELEBİ
- Investigation of cytokines changes associated with genotype of Escherichia coli strains and Cytomegalovirus isolated from in women with vaginitis in Misan province, Iraq
Irak'ın, Misan ilindeki vajinitli kadınlardan izole edilen Esherichia coli suşları ve Sitomegalovirus genotipi ile ilişili sitokin değişikliklerinin araştırılması
HIBA JAWAD BAQER AL -LAMI
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. IRMAK POLAT
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZAHRAA ADNAN AL-SHAMMARI
- Hastalardan izole edilen üropatojenik Escherichia coli (UPEC) suşlarında bazı virulans genlerin ve mcr-1 geninin prevelansı
The prevalence of some virulence genes and mcr-1 gene in uropathogenic Escherichia coli (UPEC) isolated from patients
HALIMA SADEQY
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
MikrobiyolojiSelçuk ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİNE ARSLAN
- Broylerlerde escherichia coli o157'nin prevalansı ve pulsed field gel electrophoresis (PFGE) yöntemi ile tiplendirilmesi
The prevalence of escherichia coli o157 in broilers and molecular typing by pulsed field gel electrophoresis (PFGE)
RECEP KALIN
Doktora
Türkçe
2011
MikrobiyolojiFırat ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN ÖNGÖR
- Üriner sistem enfeksiyonu olan ıraklı hastalardan üropatojenik escherichia coli'de (UPEC) sitotoksik nekrotizan faktör, kolibaktin, sitoletal distansiyon toksinin moleküler analizi
Molecular analysis of citotoxic necrotizing factor, colibactin, cytoletal distension toxin in uropatogenic escheri̇chia coli (UPEC) from iraqi patients with urinary system infection
HIBA NASER ALI ALSAHO
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKER ŞİMŞEK