Xyloglucan endotransglycosylases/hydrolases (XTH) genefamily in tomato (Solanum lycopersicum)
Domates (Solanum lycopersıcum)' de xyloglucan endotransglycosylases (XTH) gen ailesi
- Tez No: 855217
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ANDREW JOHN HARVEY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 83
Özet
Domates (Solanum Lycopersicum), en yaygın yetiştirilen ve tüketilen sebzelerden biridir. Büyük besinsel ve ekonomik değeri, birçok çalışmayı ilham kaynağı yapmıştır. Ksiloglukanlar (XyGs), domatesin karmaşık hücre yapısı içinde önemli bileşenlerdir. Hücre büyümesini düzenleyerek bitki gelişiminin vazgeçilmez bir parçası olmuştur. Ksiloglukan endotransglukosilaz/hidrolazları (XTH'ler), XyG'yi değiştiren etken maddelerin koordine eylemi, hücre duvarlarının yeniden şekillendirilmesinde vazgeçilmez olarak görülmüştür. XyG'lerin üretimi ve dönüşümünde birçok enzim rol almakta olup, XTH genlerinin domateslerde ve diğer bitkilerdeki kesin işlevi henüz belirsiz kalmaktadır. Bu çalışma, in- silico keşif yoluyla, Solanum lycopersicum'daki XTH genlerinin gizemlerini açıklamaya ve XyG değişimindeki rollerini araştırmaya odaklanmıştır. Domates veritabanlarında domatesteki XTH genlerinin kapsamlı bir analizi gerçekleştirilmiştir. XTH ailesi içindeki ilişkiler, filogenetik analiz ve protein dizilimi hizalamaları kullanılarak incelenmiştir. Gen ifade seviyeleri, kamuoyuna açık RNA-seq verileri kullanılarak ortaya konmuş ve bu desenler RPKM değerlerinin kullanımı ile analiz edilmiştir. Domateste 38 XTH geni tanımlanabilmiştir. Bunlar, boyut ve genomik konumlar gibi diğer özellikler kullanılarak tanımlanmıştır. Tanımlanan genler, benzersizliklerini kontrol etmek için mevcut veritabanı ile karşılaştırılmıştır. Ve son olarak, çeşitli koşullar altında domates bitkisinin çeşitli bölümlerinde XTH genlerinin ifade seviyeleri incelenmiştir. Bu araştırma, XyG değişiminde domateslerdeki XTH gen ailesinin ne yaptığına dair daha derin araştırmalar yapma şansı sunar, bu da bitki büyümesini anlamak için hayati önem taşır ve tarım yöntemleri ile Solanum lycopersicum mahsulünün geliştirilmesi üzerinde önemli etkileri olabilir.
Özet (Çeviri)
Tomato (Solanum Lycopersicum) is one of the most widely grown and consumed vegetables. Many studies have been inspired by its great nutritional and economic value. Xyloglucans (XyGs) are important components within the complex cell structure of the tomato. They are an essential part of the plant development, helping regulate the growth of cells. The coordinated action of xyloglucan endotransglucosylase/hydrolases (XTHs), change agents that alter the XyG, is indispensable in remodeling the cell walls. Although many enzymes are involved in the generation and transformation of XyGs, the exact function of the XTH genes in tomatoes and other plants is yet unclear. Through an in-silico exploration, this work attempted to clarify the mysteries of the XTH genes in Solanum lycopersicum while investigating their part in the modification of XyG. We conducted a thorough analysis of the XTH genes in tomatoes in the tomato databases. Phylogenetic analysis and protein sequence alignments were used to investigate the relationships within the XTH family. Gene expression levels were revealed using publicly available RNA-seq data, and these patterns were analyzed with the use of RPKM values. We were able to identify 38 genes of XTH in tomatoes. These were identified using size and genomic locations among other characteristics. We compared the identified genes with the existing database to check their uniqueness. And, finally, we examined the expression levels of XTH genes in various parts of the tomato plant under different conditions. This research offers a chance to conduct deeper research into what the XTH gene family in tomatoes does for the XyG modification, which is essential for comprehending plant growth and may have significant impacts on methods of agriculture and the enhancement of the Solanum lycopersicum crop.
Benzer Tezler
- Analysis of xyloglucan endotransglycosylase/hydrolases enzymes to seek their evolutionary origins
Ksiloglukan endotransglikozilaz/hirolaz enzimlerinin evrim orijinlerini incelemek için analizi
TUĞÇE BAYRAKDAR TURGUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ANDREW JOHN HARVEY
- Substrate characterization of putative ancestral xyloglucan endotransglycosylase/hydrolases
Atasal ksıloglukan endotransglikozilaz/hidrolazların substrat karakterizasyonu
DİLARA TÜZÜN
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Bilim ve TeknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ANDREW JOHN HARVEY
- Multi-omics approach to investigate the roles of xyloglucan endotransglycosylase/hydrolases (XTHs) in agriculturally important plants
Tarımsal açıdan önemli bitkilerde ksiloglukan endotransglikozilaz/hidrolaz enzimlerinin rollerinin araştırılması için multi-omiks yaklaşımı
BURCU GÜR
Doktora
İngilizce
2018
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ANDREW JOHN HARVEY
- Cloning, expression, and in silico analyses of selected xth enzymes from different plant species
Farkli bitki türlerinden seçilmiş xth enzimlerinin klonlama, ekspresyon ve in siliko analizleri
SELİN MUMCU
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ANDREW JOHN HARVEY
- Characterization of xyloglucan endotransglycosylase (XET) enzymes from different plant species
Farklı bitki türlerinden ksiloglukan endotransglikozilaz (XET) enzimlerinin karakterizasyonu
MERVE SEVEN
Doktora
İngilizce
2017
BiyokimyaYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ANDREW JOHN HARVEY