Analysis of xyloglucan endotransglycosylase/hydrolases enzymes to seek their evolutionary origins
Ksiloglukan endotransglikozilaz/hirolaz enzimlerinin evrim orijinlerini incelemek için analizi
- Tez No: 472602
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ANDREW JOHN HARVEY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Genetik, Biology, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 96
Özet
Xyloglucan önemli bir polisakkarittir ve aynı zamanda hem monokot hem de ödikot türünün hücre duvarı güçlendirilmesinde görev almaktadır. Ksiloglukan endotransglikozilaz/hidrolaz (XTH) enzimi, hücre duvarları içindeki ksiloglukanı parçalayabilir veya yeniden şekillendirebilir. Ksiloglukan substratlarının karakterizasyonu, hücre duvarı bileşenleri ve hücre duvarı özellikleri ile ilgili olduğundan büyük önem taşımaktadır. XTH enziminin aktivite gösterdiği hücre duvarı kısmı, bitkileri dış elementlerden korur ve çevre ile etkileşime girer. Verimi arttırmak ve bitkiyi dış streslerden korumak ve hücre duvar özelliklerini manipüle edebilmek için karbonhidrat matrisini modifıye eden enzimlerin işlevlerini anlamak önemlidir. XTH, glikozid hidrolazlar 16 (GH16) enzim ailesinin üyelerinden biridir ve ksiloglukanın parçalanmasını ve yeniden bağlanmasını veya geri dönüşümü olmadan hidrolize edilmesini sağlar. Bu çalışmanın amacı, OsXTH30, OsEG16-31 (Oryza sativa), BdXTH2 (Brachypodium distachyon) ve HvEG16-10 (Hordeum vulgare) dahil olmak üzere atalasal ve EG16 grubu XTH enzim üyelerini araştırmaktır. Enzimlerin karakterize edilmesi ve kinetik çalışmalarının analiz edilmesi için enzimlerin heterolog ifadeleri, üretimi ve saflaştırılması gerçekleştirilmiştir. OsEG16-31 ve HvEG16-10 enzimleri heterolog olarak eksprese edilememiştir. Ancak XHT aktivitesi, OsXTH30 ve BdXTH2 enzimlerinde tespit edilmiştir. BdXTH2 enziminin karakterizasyonunda hint hurması tohumu ksiloglukanına donör substratı olarak daha yüksek afinite gösterdiği görülmüştür. XTH genleri, tohum çimlenmesi, stres toleransı, organogenez, hücre genleşmesi ve meyve olgunlaşması gibi görevlerde rol aldığından dolayı, bu gen ürünlerinin atasal formlarının karakterizasyonu ve enzimatik faaliyetlerinin incelenmesi amaçlanmıştır.
Özet (Çeviri)
Xyloglucan is an important polysaccharide and is involved in strengthening the cell wall in both monocot and eudicot species. The xyloglucan endotransglycosylase/hydrolase (XTH) enzymes can degrade or remodel xyloglucan within the cell walls. The characterization of the xyloglucan substrates have a great importance since their involvements in the process of cell wall components and properties of the cell wall. The part of the cell wall where XTH enzyme shows activity, protects the plants from the outer elements and interacts with the environment. To be able to manipulate cell wall properties in order to enhance the yield and protect the plant from outer stresses, it is important to understand the functions of the enzymes that are modifying the carbohydrate matrix. XTH is one of the members of glycoside hydrolases 16 (GH16) enzyme family and it cleaves and re-ligate or irreversibly hydrolyzes xyloglucan. The aim of this study is investigating ancestral and EG16 group XTH enzyme members including OsXTH30, OsEG16-31 (Oryza sativa), BdXTH2 (Brachypodium distachyon), and HvEG16-10 (Hordeum vulgare). Heterologous expression, production and purification of the enzymes was performed as well as characterizing the enzymes and analyzing their kinetic studies. OsEG16-31, and HvEG16-10 enzymes could not be heterologously expressed during the period of this study, but XTH activity levels were detected from OsXTH30 and BdXTH2. The characterization of BdXTH2 enzyme showed higher affinity for tamarind seed xyloglucan as a donor substrate. The characterization and enzymatic activities of ancestral forms of XTH gene products is aimed since these genes have a role in seed germination, stress tolerance, organogenesis, cell expansion, and fruit ripening.
Benzer Tezler
- Multi-omics approach to investigate the roles of xyloglucan endotransglycosylase/hydrolases (XTHs) in agriculturally important plants
Tarımsal açıdan önemli bitkilerde ksiloglukan endotransglikozilaz/hidrolaz enzimlerinin rollerinin araştırılması için multi-omiks yaklaşımı
BURCU GÜR
Doktora
İngilizce
2018
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ANDREW JOHN HARVEY
- Xyloglucan endotransglycosylases/hydrolases (XTH) genefamily in tomato (Solanum lycopersicum)
Domates (Solanum lycopersıcum)' de xyloglucan endotransglycosylases (XTH) gen ailesi
AYCHA MOSO
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ANDREW JOHN HARVEY
- Cloning, expression, and in silico analyses of selected xth enzymes from different plant species
Farkli bitki türlerinden seçilmiş xth enzimlerinin klonlama, ekspresyon ve in siliko analizleri
SELİN MUMCU
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ANDREW JOHN HARVEY
- A study of abiotic stress protecting xyloglucan endotransglycosylase (XTH) genes in plants
Bitkilerde abiyotik strese karşı koruma sağlayan ksiloglukan endotransglikosilaz (XTH) genleri üzerine bir çalışma
EZGİ TÜRKSEVER
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ANDREW JOHN HARVEY
- Bor ve 24-epibrassinolid uygulamalarının Arabidopsis thaliana (L.) Heynh'da hücre çeperi ile ilgili bazı genlerin ekspresyon seviyeleri üzerine etkileri
The effects of boron and 24- epibrassinolid treatments on expression levels of some genes related to cell wall in Arabidopsis thaliana (L.) Heynh
RABİA İŞKİL
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiBartın ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YONCA SURGUN ACAR