Isolation of bacterial secondary metabolites from the new actinomycetes producing bioactive peptides and in silico studies
Bakteriyel ikincil metabolitlerin biyoaktif peptit üreten yeni aktinomisitlerden izolasyonu ve in siliko çalışmaları
- Tez No: 856572
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖMER ANDAÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Nanobilim ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 110
Özet
Biyofarmasötiklerin en önemli sınıflarından biri terapötik peptidlerdir. Bu peptitler, bakteri kaynaklı ilaç keşfi alanında çalışan özellikle de dünyanın bir sonraki sefer karşı karşıya kalabileceği pandemi olarak kabul edilen evrensel sorunun (antimikrobiyal direnç) üstesinden gelmelerini sağlayan bilim adamlarının ana motivasyon kaynağı haline geldi. Son 80 yılda bu peptidleri üreten ve bilim adamlarının patojen mikropları yenmesini sağlayan muhteşem bakterilerden biri de Streptomyces'tir. Bu çalışmada patojenik bakteri ve mantarlara karşı biyoaktivite sergileyen yeni Streptomyces MK37H suşunu rapor edilmektedir. Tüm genom dizilimi NCBI Referans Dizisi altında NCBI veri tabanında gerçekleştirilmiş ve kaydedilmiştir: NZ_JAAAYH000000000.1. Biyoaktif özelliklerden sorumlu olabilecek yeni bileşikleri bulmak için genom verileri bazı biyoenformatik programlarla analiz edildi. Ham ekstraktın ESI-QTOF-MS/MS ile moleküler ağ oluşturma ile hedeflenmemiş metabolomik profilinin çıkarılması, metanolik ekstraktının siklik peptitler, lipopeptitler, oligopeptitler ve depsipeptitler gibi farklı peptitlerle zenginliğini ortaya koydu. MS2 ve NMR spektroskopisi ile izolasyon, saflaştırma ve yapı aydınlatması gerçekleştirildi. Yeni antibakteriyel ve antiviral peptitler tanımlandı. Bilgisayar platformlarına dayalı moleküler modelleme çalışmaları, bileşik 1'in (oligopeptit; makrolid) ve bileşik 2'nin (depsipeptitler; makrolid laktamlar) sırasıyla bakteriyel membran proteini/transferazı ve viral protein hidrolazı hedeflediğini ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
One of the most interesting class of biopharmaceuticals is therapeutic peptides. These peptides have become the main motive of scientists' interest in the field of bacteria-derived drug discovery, especially those that enable them to overcome the universal issue (antimicrobial resistance) which is considered the pandemic that the world may face next time. One of among amazing bacteria that produce these peptides and enable the scientists to defeat pathogenic microbes over last 80 years is Streptomyces. Here we report novel Streptomyces MK37H strain which exhibited bioactivity against pathogenic bacteria and fungi. Whole genome sequencing has been performed and registered at NCBI database under NCBI Reference Sequence: NZ_JAAAYH000000000.1. Whole genome data subjected to some bioinformatic tools to find out novel compounds that could be responsible for bioactive property. Untargeted metabolomics profiling of the crude extract by ESI-QTOF-MS/MS with molecular networking exhibited the richness of its methanolic extract with different peptides like cyclic peptides, lipopeptides, oligopeptides and depsipeptides. Isolation, purification and structure elucidation by MS2 and NMR spectroscopy were performed. Novel antibacterial and antiviral peptides were identified. In silico platforms-based molecular modeling studies manifest that compound 1 (oligopeptide; macrolide) and compound 2 (depsipeptides; macrolide lactams) targeted bacterial membrane protein/transferase and viral protein hydrolase respectively.
Benzer Tezler
- Bitki büyüme düzenleyici aktinomisetler: İzolasyon, tanı ve kullanım özellikleri
Plant growth stimulating actinomycetes: Isolation,identification and varies of usage
ALPER DEDE
Doktora
Türkçe
2020
BiyoteknolojiEskişehir Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KIYMET GÜVEN
PROF. DR. NEVZAT ŞAHİN
- Lokal Streptomyces türlerinin sekonder metabolitlerinin izolasyonu, yapılarının aydınlatılması ve biyolojik aktivitelerinin araştırılması
The isolation and structure elucidation of secondary metabolites from local Streptomyces species and investigation on their biological activities
MURAT YAVUZ
Doktora
Türkçe
2010
BiyokimyaDicle ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EBRU İNCE YILMAZ
DOÇ. DR. MURAT KIZIL
- Molecular phylogenetic analysis of actinomycetes isolated from sediments of Aegean Sea
Ege Denizi sedimanlarından izole edilen aktinomisetlerin moleküler filogenetik analizi
İLKNUR TUNÇER
Doktora
İngilizce
2014
Deniz BilimleriDokuz Eylül ÜniversitesiDeniz Bilimleri ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİHAYET BİZSEL
- Deniz ortamlarından izole edilen Actinomycetes'lerin antibakteriyel karakterizasyonu
Antibacterial characterization of Actinomycetes isolated from sea enviroments
GÜLNİHAN SELİM
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF ÖZLEM ARSLAN AYDOĞDU
- Bazaltik ana materyal ve üzerinde oluşmuş topraklardan aktinomiset izolasyonları ve polifazik taksonomisi
Isolation of actinomycetes from basaltic parent material and formed on it surface soils and polyphasic taxonomy
SALİH SARICAOĞLU