Geri Dön

Isolation of bacterial secondary metabolites from the new actinomycetes producing bioactive peptides and in silico studies

Bakteriyel ikincil metabolitlerin biyoaktif peptit üreten yeni aktinomisitlerden izolasyonu ve in siliko çalışmaları

  1. Tez No: 856572
  2. Yazar: MOHAMMED ALSAMARAI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ÖMER ANDAÇ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Nanobilim ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 110

Özet

Biyofarmasötiklerin en önemli sınıflarından biri terapötik peptidlerdir. Bu peptitler, bakteri kaynaklı ilaç keşfi alanında çalışan özellikle de dünyanın bir sonraki sefer karşı karşıya kalabileceği pandemi olarak kabul edilen evrensel sorunun (antimikrobiyal direnç) üstesinden gelmelerini sağlayan bilim adamlarının ana motivasyon kaynağı haline geldi. Son 80 yılda bu peptidleri üreten ve bilim adamlarının patojen mikropları yenmesini sağlayan muhteşem bakterilerden biri de Streptomyces'tir. Bu çalışmada patojenik bakteri ve mantarlara karşı biyoaktivite sergileyen yeni Streptomyces MK37H suşunu rapor edilmektedir. Tüm genom dizilimi NCBI Referans Dizisi altında NCBI veri tabanında gerçekleştirilmiş ve kaydedilmiştir: NZ_JAAAYH000000000.1. Biyoaktif özelliklerden sorumlu olabilecek yeni bileşikleri bulmak için genom verileri bazı biyoenformatik programlarla analiz edildi. Ham ekstraktın ESI-QTOF-MS/MS ile moleküler ağ oluşturma ile hedeflenmemiş metabolomik profilinin çıkarılması, metanolik ekstraktının siklik peptitler, lipopeptitler, oligopeptitler ve depsipeptitler gibi farklı peptitlerle zenginliğini ortaya koydu. MS2 ve NMR spektroskopisi ile izolasyon, saflaştırma ve yapı aydınlatması gerçekleştirildi. Yeni antibakteriyel ve antiviral peptitler tanımlandı. Bilgisayar platformlarına dayalı moleküler modelleme çalışmaları, bileşik 1'in (oligopeptit; makrolid) ve bileşik 2'nin (depsipeptitler; makrolid laktamlar) sırasıyla bakteriyel membran proteini/transferazı ve viral protein hidrolazı hedeflediğini ortaya koymaktadır.

Özet (Çeviri)

One of the most interesting class of biopharmaceuticals is therapeutic peptides. These peptides have become the main motive of scientists' interest in the field of bacteria-derived drug discovery, especially those that enable them to overcome the universal issue (antimicrobial resistance) which is considered the pandemic that the world may face next time. One of among amazing bacteria that produce these peptides and enable the scientists to defeat pathogenic microbes over last 80 years is Streptomyces. Here we report novel Streptomyces MK37H strain which exhibited bioactivity against pathogenic bacteria and fungi. Whole genome sequencing has been performed and registered at NCBI database under NCBI Reference Sequence: NZ_JAAAYH000000000.1. Whole genome data subjected to some bioinformatic tools to find out novel compounds that could be responsible for bioactive property. Untargeted metabolomics profiling of the crude extract by ESI-QTOF-MS/MS with molecular networking exhibited the richness of its methanolic extract with different peptides like cyclic peptides, lipopeptides, oligopeptides and depsipeptides. Isolation, purification and structure elucidation by MS2 and NMR spectroscopy were performed. Novel antibacterial and antiviral peptides were identified. In silico platforms-based molecular modeling studies manifest that compound 1 (oligopeptide; macrolide) and compound 2 (depsipeptides; macrolide lactams) targeted bacterial membrane protein/transferase and viral protein hydrolase respectively.

Benzer Tezler

  1. Bitki büyüme düzenleyici aktinomisetler: İzolasyon, tanı ve kullanım özellikleri

    Plant growth stimulating actinomycetes: Isolation,identification and varies of usage

    ALPER DEDE

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyoteknolojiEskişehir Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KIYMET GÜVEN

    PROF. DR. NEVZAT ŞAHİN

  2. Lokal Streptomyces türlerinin sekonder metabolitlerinin izolasyonu, yapılarının aydınlatılması ve biyolojik aktivitelerinin araştırılması

    The isolation and structure elucidation of secondary metabolites from local Streptomyces species and investigation on their biological activities

    MURAT YAVUZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    BiyokimyaDicle Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EBRU İNCE YILMAZ

    DOÇ. DR. MURAT KIZIL

  3. Molecular phylogenetic analysis of actinomycetes isolated from sediments of Aegean Sea

    Ege Denizi sedimanlarından izole edilen aktinomisetlerin moleküler filogenetik analizi

    İLKNUR TUNÇER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Deniz BilimleriDokuz Eylül Üniversitesi

    Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİHAYET BİZSEL

  4. Deniz ortamlarından izole edilen Actinomycetes'lerin antibakteriyel karakterizasyonu

    Antibacterial characterization of Actinomycetes isolated from sea enviroments

    GÜLNİHAN SELİM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF ÖZLEM ARSLAN AYDOĞDU

  5. Bazaltik ana materyal ve üzerinde oluşmuş topraklardan aktinomiset izolasyonları ve polifazik taksonomisi

    Isolation of actinomycetes from basaltic parent material and formed on it surface soils and polyphasic taxonomy

    SALİH SARICAOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KAMİL IŞIK