Geri Dön

Bölgesel kaynaklı Brucella izolatların moleküler tanımlanması ve karakterizasyonu, Eric-PCR profilleri ve virülans ilişkili genlerin belirlenmesi

Molecular identification and characterisation of Brucella isolates of regional origin, determination of Eric-PCR profiles and virulence related genes

PDF İndir

  1. Tez No: 873414
  2. Yazar: SEVDA ATEŞLİ
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ BÜLENT KAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Munzur Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 78

Özet

Bruselloz, Türkiye gibi gelişmekte olan ülkelerde önemli bir sektör olan hayvancılık alanında yaygın görülen bir hastalık olmaya devam etmektedir. Bunun bir sonucu olarak da önemli bir halk sağlığı sorunu oluşturmaktadır. Bu tez çalışmasında, 72 Coombs serum örneğinden oluşan bir koleksiyon kullanılarak Tunceli ve Elazığ'daki Brucella izolatlarının moleküler karakterizasyonuna odaklanılmıştır. Bu doğrultuda, bu bölgelerdeki baskın Brucella türlerini tanımlamak ve bunların özellikle virB, znuA, manA ve CBG gibi virülans gen profillerini analiz etmeyi amaçladık. Bunun için ilk basamakta Brucella sp. örneklerinin izolasyonu yapılmıştır. Daha sonrasında 16S rRNA gen dizilimi ve ERIC-PZR teknikleri kullanılarak tanımlamaları yapıldı. İzolatlar arasındaki filogenetik ilişkiler belirlenerek, farklı bölgesel modeller ortaya çıkartılmaya çalışıldı. Ayrıca virülans genlerinin varlığı gerek konvensiyonel gerekse multipleks PZR kullanılarak değerlendirildi. Sonuç olarak, 72 izolatın kültürlenmesinde 1 adet B. melitensis ve 1 adet B. abortus elde edilmiştir. Kültürlenmesi zor olan Brucella sp. örnekleri yerine, diğer çalışmalarda serum örnekleri kullanılarak bu sayı 10 adete çıkartılmıştır. Özellikle serum örneklerinden elde edilen tüm izolatların B. melitensis olarak moleküler tanımlanması gerçekleştirilmiştir. Tez kapsamında elde edilen bakteri dizilerinin Uluslararası gen bankası (NCBI) Blast analizleri bu bulguları doğrular niteliktedir. Virülans gen taraması açısından elde edilen sonuçlar incelendiğin, çalışmadaki B. melitensis suşlarının %100'ünün virB genini barındırdığı, %62,5 'ünün manA ve %50'sinin CBG içerdiğini göstermektedir. Buna karşılık B. abortus suşunun yalnızca virB genini içerdiği bulunmuştur. Daha da önemlisi znuA geni izolatların hiçbirinde tespit edilmemiştir. Sonuç olarak bu çalışma, Tunceli ve Elazığ bölgesinde yaygın olan Brucella türlerinin moleküler karakterizasyonu, brusellozun epidemiyolojisi ve patojenitesi hakkında değerli bilgiler sağlamaktadır. Aynı zamanda bu türlerin daha iyi teşhis ve tedavi stratejileri için hedeflenebilecek spesifik virülans faktörlerini ortaya çıkarmaktadır. Elde edilen verilerin moleküler tanıyı entegre edilmesiyle birlikte, bu önemli zoonotik hastalığın daha etkili kontrolünü ve önlenmesini sağlamak mümkün olabilir.

Özet (Çeviri)

Brucellosis continues to be a common disease in animal husbandry, which is an important sector in developing countries such as Turkey. As a result, it constitutes an important public health problem. In this thesis, we focused on the molecular characterization of Brucella isolates in Tunceli and Elazığ using a collection of 72 Coombs serum samples. Accordingly, we aimed to identify the dominant Brucella species in these regions and analyze their virulence gene profiles, especially virB, znuA, manA, and CBG. For this purpose, Brucella sp. samples were isolated in the first step. Then, they were identified by 16S rRNA gene sequencing and ERIC-PCR techniques. Phylogenetic relationships between the isolates were determined and different regional models were tried to be revealed. In addition, the presence of virulence genes was evaluated using both conventional and multiplex PCR. As a result, 1 B. melitensis and 1 B. abortus were obtained by culturing 72 isolates. This number was increased to 10 by using serum samples in other studies instead of Brucella sp. samples which are difficult to culture. In particular, molecular identification of all isolates obtained from serum samples as B. melitensis was performed. International gene bank (NCBI) Blast analyses of the bacterial sequences obtained within the scope of the thesis confirm these findings. The results obtained in terms of virulence gene screening show that 100% of the B. melitensis strains in the study contain virB gene, 62.5% contain manA and 50% contain CBG. In contrast, the B. abortus strain was found to contain only the virB gene. More importantly, the znuA gene was not detected in any of the isolates. In conclusion, this study provides valuable information on the molecular characterization of Brucella species common in Tunceli and Elazığ regions, epidemiology, and pathogenicity of brucellosis. It also reveals specific virulence factors of these species that can be targeted for better diagnosis and treatment strategies. By integrating the obtained data with molecular diagnostics, it may be possible to achieve more effective control and prevention of this important zoonotic disease.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    409635

    Klinik örneklerden izole edilen brucella izolatlarının epidemiyolojik özelliklerinin multi-locus variable number tandem repeat analysis ve pulsed field gel electrophoresis yöntemleri ile tespiti

    Determining of epidemiological characteristics of brucella strains isolated from clinical samples by multi-locus variable number tandem repeat analysis and pulsed field gel electrophoresis methods

    SÜLEYMAN ASLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    MikrobiyolojiÇukurova Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. TOĞRUL NAĞIYEV

  2. Tez No

    814915

    Bakteriyel tanı paneli tasarımı SARS-CoV-2 mutasyon analizi için yüksek başarımlı nükleotit hizalama ve SNP tespit yazılımı geliştirilmesi

    Development of high performance nucleotide alignment and SNP detection software for bacterial diagnostic panel design and SARS-CoV-2 mutation analysis

    OSMAN MUTLUHAN UĞUREL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DİLEK BALIK

    DOÇ. DR. OĞUZ ATA

  3. Tez No

    445125

    Erzurum'un hava kalitesi değerlendirilmesi ve modellenmesi

    Air quality investigation and modelling of Erzurum

    PELİN CANSU ÇAVUŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Meteorolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Meteoroloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HÜSEYİN TOROS

  4. Tez No

    865837

    Environmental, economic and social sustainability of food chains based on life cycle approach and multi-criteria decision analysis applied to novel tomato products

    Çok kriterli karar verme ve yaşam döngüsü yaklaşımına göre gıda zincirlerinin çevresel, ekonomik ve sosyal sürdürülebilirliğinin yenilikçi domates ürünlerinde değerlendirilmesi

    DİLBER AYHAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Yer Sistem Bilimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAMİ ALPAS

    PROF. DR. HALİL MECİT ÖZTOP

  5. Tez No

    563168

    Güneş kaynaklı bölgesel ısıtma sistemlerinin incelenmesi ve bir üniversite kampüsündeki belirli bölge için modellenerek değerlendirilmesi

    A research on solar thermal district heating systems and reviewing of these systems with a model in spesific area of a university campus

    OKAN KARAOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Enerjiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Enerji Bilim ve Teknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YAKUP ERHAN BÖKE

Geri Dön