Geri Dön

Gastroenterit semptomu olan hastaların dışkılarında koronavirüslerin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu

Detection and molecular characterization of coronaviruses in the stools of patients with gastroenteritis symptom

  1. Tez No: 893349
  2. Yazar: ŞEYMA AKBULUT
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEDA TEZCAN ÜLGER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Mersin Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 74

Özet

Koronavirüsler (CoV'ler), enfekte ettikleri canlılarda; solunum, gastrointestinal, nörolojik ve sistemik hastalıklar gibi çeşitli enfeksiyonlara neden olabilen önemli patojenlerdir. Başlıca solunum kanalı etkeni olan HCoV'lerinden olan OC43, HKU1, 229E ve NL63'ün gastrointestinal kanal örneklerinde saptandığı yapılan çalışmalarla ortaya çıkarılmıştır. SARS-CoV ve MERS-CoV'a benzer şekilde, SARS-CoV-2 enfeksiyonunun da gastrointestinal kanalı etkilediğine dair artan kanıtlar bulunmaktadır. Bununla birlikte, CoV'ler çeşitli hayvan türlerinde ishal hastalığı ile ilişkilidir. CoV'lerin son derece bulaşıcı doğası göz önünde bulundurulduğunda, mevcut ve olası salgınların önlenmesi ve kontrolü için özellikle yeni vakaların sürveyansına ihtiyaç duyulmaktadır. Bu tez çalışmasında; gastrointestinal sistem semptomu olan hastalardan toplanan dışkı örneklerinde, tüm CoV'leri hedefleyen pan-CoVprimerlerinin kullanıldığı RT-PCR temelli bir yaklaşım ile CoV'lerinsaçılımı ve sirkülasyonunun değerlendirilmesi amaçlandı. Çalışmaya Kasım 2021-Ekim 2022 tarih aralığında Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarı'na gelen ishalli hastalara ait 152 sulu dışkı örneği dahil edildi. Dışkı örneklerinden nükleik asit saflaştırılması; innuPREPVirus DNA/RNA Kit (IST InnuscreenGmbH, Almanya) kullanılarak üretici firma önerileri doğrultusunda gerçekleştirildi. SARS-CoV-2 dahil olmak üzere Orthocoronavirinae ailesinin tüm üyeleri için ortak olan korunmuş RNA'ya bağımlı RNA polimeraz (RdRp) genom bölgesini hedefleyen semi-nested RT-PCR tekniği uygulandı. Elde edilen PCR ürünleri, işaretli dideoksinükleotidleri içeren“BigdyeTerminator v3.1 CycleSequencing kit”(AppliedBiosystems, ABD) kullanarak, sense ve antisense zinciri“CycleSequence”PCR'ı yapıldı. Reaksiyon ürünlerinin elektroforez işlemi“ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer”(AppliedBiosystems, ABD) otomatize DNA dizi analizi cihazında gerçekleştirildi. Dizisi çıkarılan örnekler, NCBI (National Center forBiotechnology Information)-BLAST (the Basic LocalAlignmentSearchTool) programına yüklendi ve Gen-Bankası veri tabanında yayınlanmış referans dizi verileri ile karşılaştırılarak olası CoVtiplendirilmesi yapıldı. RT-PCR sonucunda toplam 152 örneğin 18'inde (%11,8) pozitif kontrol hizasında bant elde edildi. Düzenlemesi yapılan dizi analizi verilerinin BLAST, NCBI veritabanında karşılaştırılması ile 4 örneğin (%2,6, 4/152) SARS-CoV-2 olduğu belirlendi. Çalışmada, gaitada lökosit varlığı, gastrointestinal semptomlar (bulantı, karın ağrısı, ishal, kusma), diğer semptomlar (halsizlik, ateş, dispne, öksürük, üst solunum yolu enfeksiyonu) ve altta yatan hastalıklar (ülseratif kolit, Crohn hastalığı, kronik ishal, kanser, hematolojik malignite, akut veya kronik böbrek yetmezliği) ile kemoterapi ve immünsüpresif tedavi alma durumu ile CoV RT-PCR pozitifliği arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmamıştır (p>0,05). Elde edilen veriler ile gastrointestinal semptomu olan hastaların dışkı örneğinde SARS-CoV-2 sirkülasyonu gösterildi. Enterik kanalda da hastalık yapma özelliği olan CoV'lerin araştırılması, rutin laboratuvar tanılarını iyileştirmek, toplumda ve hastane ortamlarında bu virüslerin dolaşımı hakkında epidemiyolojik veriler sağlamak için büyük önem arz etmektedir.

Özet (Çeviri)

Coronaviruses (CoVs) are significant pathogens that can cause a variety of infections in infected organisms, including respiratory, gastrointestinal, neurological, and systemic diseases. Studies have revealed that HCoVs, primarily respiratory pathogens such as OC43, HKU1, 229E, and NL63, have also been detected in gastrointestinal tract samples. Similar to SARS-CoV and MERS-CoV, there is increasing evidence that SARS-CoV-2 infection also affects the gastrointestinal tract. Additionally, CoVs are associated with diarrheal disease in various animal species. Given the highly contagious nature of CoVs, surveillance of new cases is essential for the prevention and control of current and potential outbreaks. This thesis aims to evaluate the shedding and circulation of endemic HCoVs and potential SARS-CoV-2 in stool samples collected from patients with gastrointestinal symptoms, using an RT-PCR-based approach with pan-CoV primers targeting all CoVs. The study included 152 watery stool samples from patients with diarrhea who visited the Laboratory of the Department of Medical Microbiology at Mersin University Faculty of Medicine Hospital between November 2021 and October 2022. Nucleic acid purification from stool samples was performed using the innuPREP Virus DNA/RNA Kit (IST Innuscreen GmbH, Germany) according to the manufacturer's recommendations. A semi-nested RT-PCR technique targeting the conserved RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) genomic region common to all members of the Orthocoronavirinae family, including SARS-CoV-2, was applied. The obtained PCR products underwent“Cycle Sequence”PCR for both sense and antisense strands using the“Bigdye Terminator v3.1 Cycle Sequencing kit”(Applied Biosystems, USA), which contains labeled dideoxynucleotides. The electrophoresis of reaction products was performed using an automated DNA sequencing device, the“ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer”(Applied Biosystems, USA). The sequenced samples were uploaded to the NCBI (National Center for Biotechnology Information)-BLAST (the Basic Local Alignment Search Tool) program and compared with published reference sequence data in the GenBank database for potential CoV typing. RT-PCR results showed that 18 out of 152 samples (11.8%) exhibited bands at the positive control position. Comparison of the processed sequencing data with the BLAST and NCBI databases revealed that 4 samples (2.6%, 4/152) were identified as SARS-CoV-2. The study found no statistically significant association between RT-PCR positivity for CoV and the presence of leukocytes in feces, gastrointestinal symptoms (nausea, abdominal pain, diarrhea, vomiting), other symptoms (weakness, fever, dyspnea, cough, upper respiratory tract infection), underlying conditions (ulcerative colitis, Crohn's disease, chronic diarrhea, cancer, hematologic malignancy, acute or chronic kidney failure), or the receipt of chemotherapy and immunosuppressive therapy (p>0.05).With the obtained data, the circulation of SARS-CoV-2 in the stool samples of patients with gastrointestinal symptoms was demonstrated. Investigating CoVs capable of causing disease in the enteric canal is of great importance for improving routine laboratory diagnoses and providing epidemiological data on the circulation of these viruses in community and hospital environments.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    702231

    Gebeliğin intrahepatik kolestazında ursodeoksikolik asit tedavisinin maternal serumdaki inflamasyon parametreleri üzerine etkisi

    The effect of ursodeoxycholic acid treatment on inflammation parameters in maternal serum in intrahepatic cholestasis of pregnancy

    MELİS ECE MEN PEKER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Kadın Hastalıkları ve DoğumSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DİLEK ŞAHİN

  2. Tez No

    797577

    Kliniğimizde takip edilen intrahepatik kolestazlı gebelerin ve sağlıklı gebelerin ilk trimester hemogram parametrelerinden inflamatuar belirteçlerin karşılaştırılması

    A comparison of inflammatory markers from the first trimester hemogram parameters of pregnancy with intrahepatic cholestas and healthy pregnancy followed in our clinic

    OKTAY ŞAHİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Kadın Hastalıkları ve DoğumSağlık Bakanlığı

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ARZU YAVUZ

  3. Tez No

    539198

    Ultrasonografide mezenterik lenfadenit saptanan hastaların değerlendirilmesi

    Evaluation of patients determined to have mesenteric lymphadenitis by ultrasonography

    OĞUZHAN DOĞAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    ÖĞR. GÖR. MELAHAT MELEK OĞUZ

  4. Tez No

    761878

    Miyokardit tanılı hastaların retrospektif incelenmesi

    Retrospective analysis of patients diagnosed with myocarditis

    ÇİĞDEM ÇINAR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ İRFAN OĞUZ ŞAHİN

  5. Tez No

    879818

    Eozinofilik gastrointestinal sistem hastalıklarında klinik izlem

    Clinical follow-up in eosinophilic gastrointestinal system diseases

    BETÜLHAN SÖNMEZ BÜYÜKSAYIN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGazi Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖDÜL EĞRİTAŞ GÜRKAN

Geri Dön