Geri Dön

Bazı endemik Sideritis L. türlerinin matK ve rcbL sekans dizilerine dayalı filogenetik analizi

Phylogenetic analysis of some endemic Sideritis L. species based on matK and rbcL sequences

PDF İndir

  1. Tez No: 895923
  2. Yazar: ERENGÜL SOFYALIOĞLU
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. EMRE SEVİNDİK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Ziraat, Biotechnology, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Aydın Adnan Menderes Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Bitkisel Biyoteknoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 58

Özet

Bu çalışma da endemik Sideritis brevidens, Sideritis congesta, Sideritis erythrantha var. cedretorum, Sideritis libanotica subsp. violascens, Sideritis rubriflora ve Sideritis vuralii türlerinin filogenetik analizi ve DNA barkod analizleri kloroplast matK ve rbcL sekansları ile gerçekleştirilmiştir. Sideritis türleri laboratuvara getirilip genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. PZR reaksiyonu matK ve rbcL primerleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. PZR ürünleri %1 lik jel elektroforezinde görüntülendikten sonra dizileme analizi gerçekleştirilmiştir. Hem forward hem de reverse diziler Sequencher 5.4 programı ile elle düzeltilmiş ve kontig diziler oluşturulmuştur. Kontig diziler NCBI'da blast yapılmış ve benzerlik oranları tespit edilmiştir. NCBI'dan Stachys, Salvia, Lamium, Nepeta ve Satureja türlerinin matK ve rbcL dizileri alınarak NJ filogenetik ağacı oluşturulup, türler arasındaki ilişkiler ortaya çıkarılmıştır. Çalışma sonucunda, matK analizleri Sideritis türlerinin kendi içinde çözümlenmesin de etkili olmamıştır. Diğer türler ile olan filogenetik ilişkide, Stachys türleri ile aynı grup içinde çıkmıştır. rbcL analizlerinde Sideritis rubriflora ve Sideritis vuralli türleri bir arada çıkarken diğer Sideritis türleri politomi çıkmıştır. Diğer türler ile olan filogenetik ilişkide, Stachys türleri ile aynı grup içinde çıkmıştır. Hem matK hem de rbcL sonuçları birbiri ile uyumlu çıkmıştır.

Özet (Çeviri)

In this study, phylogenetic analyses and DNA barcode analyses of the endemic species Sideritis brevidens, Sideritis congesta, Sideritis erythrantha var. cedretorum, Sideritis libanotica subsp. violascens, Sideritis rubriflora and Sideritis vuralii with chloroplast matK and rbcL sequences were carried out. Sideritis species were brought to the laboratory and genomic DNA was isolated. PCR was performed using matK and rbcL primers. Sequencing analysis was performed after visualisation of PCR products on 1% gel electrophoresis. Both forward and reverse sequences were corrected manually using Sequencher 5.4 and contig sequences were generated. Contig sequences were blasted at NCBI and similarity ratios were determined. The NJ phylogenetic tree was constructed using the matK and rbcL sequences of Stachys, Salvia, Lamium, Nepeta and Satureja species from NCBI and the relationships between species were revealed. As a result of the study, matK analyses were not effective in analysing Sideritis species within themselves. In its phylogenetic relationship with other species, it appeared in the same group as Stachys species. In rbcL analysis, Sideritis rubriflora and Sideritis vuralli species were found together, while other Sideritis species were found in a polytomy. In its phylogenetic relationship with other species it appeared in the same group as Stachys species. Both matK and rbcL results were compatible.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    815815

    Bazı Sideritis L. türleri üzerinde biyolojik aktivite çalışmaları

    Biological activity studies on some Sideritis L. species

    İPEK ÖZEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Eczacılık ve FarmakolojiAnadolu Üniversitesi

    Farmasötik Botanik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA PINAR KAFA

  2. Tez No

    28215

    Cytotaxonomical, anatomical and morphological researches on some Sideritis L. species

    Başlık çevirisi yok

    HALİL AYDIN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1993

    BotanikDokuz Eylül Üniversitesi

    Biyoloji Eğitimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TEOMAN KESERCİOĞLU

  3. Tez No

    316088

    Antalya ilinde yayılış gösteren Sideritis L. (Lamiaceae) taksonlarında genetik ilişkilerin DNA dizi analizi yöntemiyle belirlenmesi

    Assignment of genetic diversity based on DNA sequencing methods in some Sideritis L. (Lamiaceae) species, growing in natural flora of Antalya

    AHU ÇINAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    BotanikAkdeniz Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KENAN TURGUT

  4. Tez No

    620580

    Bazı Sideritis türlerinin tirozinaz inhibisyon aktivitesi, antioksidan etkisi ile toplam fenol ve flavonoit içeriklerinin belirlenmesi

    Investigation of tyrosinase inhibition activity, antioxidant effect and contents of total phenol and flavonoid of some Sideritis species

    HEDİYENUR ŞERİFENUR İNCİMAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyolojiSelçuk Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YAVUZ BAĞCI

  5. Tez No

    332256

    Niğde yöresindeki bazı endemik bitki türlerinin antimikrobiyal aktiviteleri

    Antimicrobial activities of some endemic plant species from Nigde region

    ÖMER ÇOPUROĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiNiğde Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. TUBA ARTAN ONAT

Geri Dön