Filamentöz mantarların üç farklı ekstraksiyon yöntemi kullanılarak matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyonu uçuş zamanı kütle spektrometresi ('MALDI-TOF MS') yöntemi ile tanımlanması
Comparative evaluation of three extraction methods for the identification of filamentous fungi using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (maldi-tof ms)
- Tez No: 920684
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE AYDAN ÖZKÜTÜK
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 76
Özet
Amaç: Filamentöz mantarların neden olduğu invaziv mantar enfeksiyonları yüksek mortaliteyle seyreden önemli bir halk sağlığı sorunudur. Uygun antifungal tedavinin planlanması ve mortalitede düşüşün sağlanması için hızlı ve doğru sonuç veren tanımlama yöntemlerine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada 2018-2024 yılları arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Araştırma Uygulama Hastanesi Merkez Laboratuvarı Mikoloji birimine gönderilen steril örneklerden elde edilen filamentöz mantarların MALDI-TOF MS ile üç farklı ekstraksiyon yöntemi kullanılarak tanımlama başarılarının karşılaştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Bronkoalveolar lavaj (BAL), bronş lavaj, plevra sıvısı, korneal kazıntı, vitreus sıvısı, doku, yara, abse, kan kültürü, katater ucu örneklerinden izole edilen 60 filamentöz mantar izolatı ile 20 dış kalite kontrol (DKK) örneği dahil edilmiştir. Genişletilmiş ekstraksiyon yöntemi, miselyum transfer (MyT) yöntemi ile Luethy ve Zelazny'nin geliştirdiği tek basamaklı zirkonyum boncuk yöntemi kullanılarak izolatlar MALDI-TOF MS yöntemiyle tanımlanmıştır. Bulgular: Çalışmamıza dahil edilen 80 izolatın tamamı (%100) MyT yöntemiyle 80 izolatın 78'i (%97,5) genişletilmiş transfer yöntemiyle ve zirkonyum boncuk yöntemiyle doğru tanımlanmıştır. Genişletilmiş transfer protokolü, zirkonyum boncuk protokolü ve MyT protokolününün ortalama tanımlama skorları sırasıyla 1.90, 2.02 ve 2.22 olarak hesaplanmıştır. Sonuç: Karşılaştırılan üç ekstraksiyon yönteminden en basit, hızlı ve doğru sonuç vereni MyT yöntemi olarak tespit edildi. MyT yöntemi rutinde kullanılan genişletilmiş transfer yönteminden bir basamak eksik olmasına rağmen çok daha yüksek tanımlama performansı sergiledi. Daha yüksek sayıda ve farklı filamentöz mantar cinsleriyle yapılacak çalışmalar sonucu rutin laboratuvar kullanımına kolayca uyarlanabileceğini öngörmekteyiz. Bu çalışmaların yanında MALDI-TOF MS kütüphanesinde yapılacak iyileştirmeler ve güncellemelerin de tanımlama performansını etkileyeceğini düşünmekteyiz.
Özet (Çeviri)
Aim: Invasive fungal infections caused by filamentous fungi constitute a significant public health concern due to their association with high mortality rates. Rapid and accurate identification methods are crucial for guiding appropriate antifungal therapy and improving patient outcomes. This study aims to evaluate the performance of three different extraction methods for the identification of filamentous fungi isolated from sterile clinical samples sent to the Mycology Unit of the Central Laboratory at Dokuz Eylül University Research and Application Hospital between 2018 and 2024, using the MALDI-TOF MS technique. Materials and Methods: The study included 60 filamentous fungal isolates obtained from bronchoalveolar lavage (BAL), bronchial lavage, pleural fluid, corneal scrapings, vitreous fluid, tissue, wound, abscess, blood cultures, and catheter tips, alongside 20 external quality control (EQC) samples. The isolates were identified using MALDI-TOF MS through three extraction methods: the extended extraction protocol, the mycelium transfer (MyT) method, and one-step zirconium bead protocol developed by Luethy and Zelazny. Results: The MyT method achieved 100% accurate identification for all 80 isolates, while the extended extraction and zirconium bead methods correctly identified 97.5% (78/80) of the isolates. The mean identification scores for the extended extraction, zirconium bead, and MyT protocols were 1.90, 2.02, and 2.22, respectively. Conclusion: Among the three extraction methods compared, the MyT method was determined to be the most efficient, providing the highest accuracy and requiring less time and procedural complexity. Despite its simplified workflow, the MyT method outperformed the routine extended extraction method in terms of identification success. We anticipate that the MyT method can be readily adopted into routine laboratory workflows, subject to further validation involving a broader range of filamentous fungal species. Furthermore, enhancements and updates to the MALDI-TOF MS database are expected to contribute to improved identification accuracy.
Benzer Tezler
- Development of 3D food printer and use of mushrooms in 3D food printer within the scope of new plant-based food production
3D gıda yazıcısı geliştirme ve mantarların bitkisel bazlı yeni ürün geliştirme çalışmaları kapsamında 3D yazıcıda kullanımı
EVREN DEMİRCAN
Doktora
İngilizce
2023
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BERAAT ÖZÇELİK
- Kan kültürü örneklerinden izole edilen candıda türlerinde antifungal duyarlılığın saptanmasında iki farklı ticari sistemin standart sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile karşılaştırılması
Comparison of two different commercial systems with the standard broth microdilusion method in determining antifungal susceptibility in candida species isolated from blood culture samples
NİHAN YILDIZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. RIZA ADALETİ
UZMAN DENİZ TURAN
- Mycoremediation of heavy metal contaminated soil using oyster mushroom: Pleurotus ostreatus
İstiridye mantarı: Pleurotus ostreatus kullanılarak mikoremediasyon yöntemi ile topraktan ağır metal giderimi
DİCLE ÜRÜNAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
PROF. DR. MUSTAFA SAİT YAZĞAN
- Sistemik mikozlularla genel hasta gruplarından ve doğadan ayırıp tanımladığımız mantarların antifungallere duyarlılıklarının karşılaştırılması
Comparison of antifungal susceptibility of fungi isolated from systemic mycosis, common patient groups and natural sources
AYŞE SERDA KANTARCIOĞLU
- Fusarium graminearum izolatlarının mitokondriyal DNA varyasyon analizi
Mitochondrial DNA variation analysis of fusarium graminearum isolates
AYLİN GAZDAĞLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜLRUH ALBAYRAK