Geri Dön

G342E mutasyonunun ADAM10 enzimi üzerindeki etkilerinin ve notch proteinleri ile etkileşimlerinin modellenmesi ve biyolojik görselleştirme teknikleriyle sunulması

Modeling the effects of the G342E mutation on the ADAM10 enzyme and its interactions with notch proteins and communicating these findings through biological visualization techniques

PDF İndir

  1. Tez No: 930438
  2. Yazar: ASIM NİYAZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. EMEL ERGENE
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyofizik, Tıbbi Biyoloji, Biophysics, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Eskişehir Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 110

Özet

Notch sinyal iletimi, embriyo ve doku gelişimi, hücre kaderi kararları, doku fonksiyonları ve onarımını gibi biyolojik süreçleri modüle eden bir mekanizmadır. Bu mekanizma içerisinde yer alan herhangi bir proteinde meydana gelebilecek mutasyonlar, gelişimsel problemlere, vasküler ve nörodejeneratif hastalıklara ve çeşitli kanserlere neden olabilmektedir. Burada kilit rol oynayan ADAM10 enziminde meydana gelen mutasyonlarının bu mekanizma açısından ne gibi sonuçlar doğuracağı yeterince bilinmemektedir. Bu çalışmada, ADAM10'daki kanserle ilişkili bir mutasyon olan G342E incelenerek, bu mekanizma açısından etkisi araştırılması hedeflenmiştir. Bu amaçla, hesaplamalı yöntemler ve görsel iletişim araçları kullanılmıştır. Mutasyon analizleri, COSMIC veri tabanından elde edilen verilerle yapılmış ve enerji değişimleri, evrimsel korunmuşluk düzeyleri değerlendirilmiştir. G342E mutasyonu özelinde hem tam uzunluktaki ADAM10 için hem ADAM10-Notch1 etkileşimleri üzerinden moleküler dinamik simülasyonları çalıştırılmıştır. İncelenen mutasyonlar arasından en patojenik olma ihtimaline sahip G342E olarak tespit edilmiştir. Tam uzunluktaki ADAM10 modelinin konformasyonları tartışılarak, G342E'nin ADAM10-Notch1 etkileşimlerine olan etkisi ortaya konulmuştur. Buna göre G342E'nin Notch sinyal iletimini inhibe edebildiğini, tespit edildiği düşük seviyeli gliom gelişiminde ise rol alma ihtimali olabileceği neticesine varılmıştır. Ek olarak, ADAM10-Notch1 etkileşimlerini ve mutasyonların etkilerini görselleştiren simülasyon çıktıları ve kısa üç boyutlu animasyon hazırlanarak, ilgili moleküler sürecin daha iyi anlaşılmasına katkı sağlanmaya çalışılmıştır.

Özet (Çeviri)

Notch signaling is a mechanism that modulates biological processes such as embryo and tissue development, cell fate decisions, tissue functions, and repair. Mutations in any protein involved in this mechanism can lead to developmental problems, vascular and neurodegenerative diseases, and various cancers. The consequences of mutations in the ADAM10 enzyme, which plays a key role in this mechanism, are not well understood. This study aims to investigate the effect of a cancer-associated mutation, G342E, in ADAM10. To achieve this, computational methods and visual communication tools were used. Mutation analyses were conducted using data obtained from the COSMIC database, and energy changes and evolutionary conservation levels were evaluated. Molecular dynamics simulations were performed both for full-length ADAM10 and the ADAM10-Notch1 interactions specifically for the G342E mutation. Among the mutations studied, G342E was found to have the highest likelihood of being pathogenic. By discussing the conformations of the full-length ADAM10 model, the effect of G342E on the ADAM10-Notch1 interactions was revealed. It was concluded that G342E may inhibit Notch signaling and could potentially play a role in the development of low-grade gliomas where it was detected. Additionally, simulation outputs and a short three-dimensional animation visualizing the ADAM10-Notch1 interactions and the effects of mutations were prepared, aiming to contribute to a better understanding of the molecular process involved.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    928243

    Ankara ili kesimhanelerinden toplanan Musca domestica popülasyonlarında bazı insektisitlere karşı direnç durumunun incelenmesi

    Determination of insecticide resistance status of Musca domestica population collected from slaughterhouses in ankara

    NESLİHAN AKKAYA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    Veteriner HekimliğiAnkara Üniversitesi

    Farmakoloji ve Toksikoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. LEVENT ALTINTAŞ

Geri Dön