Isolation and characterization of KG type yeast killer toxins
KG tipi maya toksik proteinlerinin izolasyonu ve karakterizasyonu
- Tez No: 93273
- Danışmanlar: DOÇ. DR. FATİH İZGÜ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Maya Toksik Proteinleri, Jel Geçirgenlik Kromatografîsi, Kromatofokusing, MALDI-TOF Kütle Spektrometrisi, Aminoasit Sekans Dizilimi, iyon-değişim Kromatografîsi. vı, Yeast Killer Toxins, Size Exclusion Chromotography, Ion Exchange Chromatography, Chromatofocusing, Protein Sequencing, MALDI-TOF Mass Spectrometry. IV
- Yıl: 2000
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 115
Özet
öz K6 TİPİ MAYA TOKSİK PROTEİNLERİNİN İZOLASYONU VE KARAKTERİZASYONU Koçer Sağıroğlu, Armağan Doktora Tezi, Biyoloji Ana Bilim Dalı Tez Yöneticisi: Doç.Dr. Fatih İzgü Eylül 2000, 100 sayfa Kluyveromyces marxianus mayasının toksik aktivitesinden sorumlu proteinleri incelendi. Aktivitede rol alan proteinler besi ortamından ayrıştırıldı. Bunlar, polyakrilamid jeller, molekül büyüklüğü ve pH gradiant jelleri, jel geçirgenlik kromatografileri, kromatofokusing, ultrafiltrasyon, jel içinde tripsin ile parçalanma ve MALDI-TOF mass spektrometri, N terminal ve internal sekans dizilimi belirlenmesi yöntemleri kullanılarak karakterize edildi. Ortamdaki ana protein, parçalayıcı olmayan jellerden izole edildi ve toksik aktiviteyi gösterdi. 42 kDa büyüklüğünde, şeker içermeyen, pl noktasi 5.02 olduğu bulunan bu proteinin, internal amino asit sekansdizilimi, bu proteinin, yine aynı organizmanın polygalacturonase precursor proteini ile yüksek homolojisi olduğunu gösterdi. Ana proteinin ortamdan uzaklaştırılmasından sonra geriye kalan fraksiyonda hala aktivite bulunmasi nedeniyle, bu fraksiyondaki proteinler de incelendi. Jel geçirgenlik, kromatofokusing ve ultrafiltrasyon deneyleri, bu fraksiyonun toksik karakterinden, birleşip ayrışabilen ve üç proteinden oluşan bir sistemin sorumlu olduğunu gösterdi. Bu proteinlerin şeker içerdiği ve pl noktalarının 4.6 olduğu bulundu. Amino asit sekans dizilimi sonuçları bu proteinlerden birinin Sacharomyces cerevisia'nın proteasome component SUN4, diğerininse yine aynı mayanın teorik ve fonksiyonu bilinmeyen bir proteini ile yüksek homolojisi olduğunu gösterdi. Üçüncü protein bilinen proteinlerin herhangi biriyle önemli bir benzerlik göstermedi. Sonuç olarak bu çalışmada K6 tipi maya toksik sisteminin toksik aktivitesinden dört tane proteinin sorumlu olduğu gösterildi. Bu proteinlerin büyük ölçekli izolasyonu ve daha ileri karakterizasyonu için gerekli karakterleri bulundu.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT ISOLATION AND CHARACTERIZATION OF K6 TYPE YEAST KILLER TOXIN Koçer Sağıroğlu, Armağan Ph.D. in Biology Supervisor: Assoc. Prof. Dr. Fatih Izgü September, 2000, 100 pages The proteins responsible for the killer activity of the yeast Kluyveromyces marxianus were investigated. Proteins involved in the killer activity were isolated from the growth culture. They were analysed by native and denaturing gels, size and pH gradient gels, size exclusion chromatographies, chromatofocusing, differential ultrafiltration, in-gel trypsin digestion and MALDI-TOF mass spectrometry, N-terminal and internal sequencing. The main protein was isolated from preparative nondenaturing native gels, and it showed the killer activity. It was shown to be a 42 kDa, nonglycosylated, single protein having a pi value of 5.02. By sequence manalysis it was shown to have a high homology with a protein called polygalacturonase precursor protein from the same species. Since after removal of 42 kDa protein the remaining proteins of the culture filtrate still showed the killer activity, they were also investigated. Size exclusion, chromatofocusing and differential ultrafiltration experiments indicated a reversibly associating system including three proteins responsible for the killer activity of this fraction. They were shown to be glycosylated proteins having a pi value around 4.6. The result of sequence analysis showed that one of them has a very high homology with a protein called proteasome component SUN4, the other has homology with a hypothetical protein with an unknown function. The third one didn't show a significant homology to the known proteins. In conclusion, K6 type killer system was identified to have four proteins for its killer activity. The major characteristics of the proteins for the large scale production and further characterization were identified.
Benzer Tezler
- Detection and characterization of plant genes involved in various biotic and abiotic stress conditions using ddrt-pcr and isolation of interacting proteins
Çeşitli biyotik ve abiyotik stres koşullarında bitkilerde rol alan genlerin farklılık gösterim yöntemiyle bulunması, fonksiyonlarının belirlenmesi ve ilişkide bulunan proteinlerin belirlenilmesi
TURGAY ÜNVER
Doktora
İngilizce
2008
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
DOÇ. DR. CANDAN GÜRAKAN
PROF. DR. MAHİNUR S. AKKAYA
- Spontane fermente et ürünleri: Laktik asit bakterilerinin muhtemel starter kültür olarak izolasyonu ve karakterizasyonu
Spontaneously fermented meats: Isolation and characterization of lactic acid bacteria as possible starter cultures
MERVE ECE ARABACI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP DİLEK HEPERKAN
- Bor ve mineral katkılı selülozik yalıtım malzemesi üretimi ve karakterizasyonu
Production of boron and mineral reinforced cellulosic insulation material and its characterization
İBRAHİM ETHEM KARAAĞAÇLIOĞLU
Doktora
Türkçe
2012
Maden Mühendisliği ve Madencilikİstanbul Teknik ÜniversitesiMaden Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SABRİ ÇELİK
- Kars yöresine ait ata buğdayı Kavılca ve modern ekmeklik buğdaydan hazırlanan un ve ekmeğin fonksiyonel özelliklerinin ve sağlık etkilerinin incelenmesi
Investigation of the functional properties and health effects of flour and bread prepared from Kavılca wheat grown in Kars and modern bread wheat
ELİF FEYZA AYDAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BERAAT ÖZÇELİK
- Yalıtım uygulamaları için toz esaslı malzemelerin geliştirilmesi ve karakterizasyonu
Development and characterization of powder based materials for insulation applications
OZAN KOVANCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞAFAK YILMAZ