Prens tüyü (amaranthus hypochondriacus) bitkisinde genom çaplı TCP genlerinin tanımlanması, karakterizasyonu ve tuz stresi koşullarında ifade seviyelerinin belirlenmesi
Genome-wide identification, characterization, and expression analysis of TCP genes under salt stress conditions in prince's feather (amaranthus hypochondriacus) plant
- Tez No: 933126
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MURTAZA HACIZADE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Şırnak Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 61
Özet
İklim değişiklikleri ve stres faktörlerine karşı, gıda talebini karşılamak, gıda güvenliğini sağlamak ve yeterli üretimi sürdürmek için streslere dayanıklı çeşitlerden veya alternatif ürünlerden yararlanmak büyük önem taşımaktadır. Prens Tüyü (Amaranthus hypochondriacus) bitkisi, yüksek protein, karbonhidrat ve mineral içeriğiyle zengin bir besin kaynağı olmasının yansıra ekonomik açıdan da önem arzetmektedir. Ancak bitkiler A. hypochondriacus dahil olmak üzere yaşam süreleri boyunca tuz stresi dahil olmak üzere birçok stres faktörlerine maruz kalmakla birlikte önemli ürün kayıplarına neden olabilmektedirler. Bitkiler genom çapında çeşitli savunma ve adaptasyon yetenekleri barındırmaktadırlar. Traskripsiyon faktör genleri, streslerin yanıtı olarak bitkilerde işlev gören en fazla üyeye sahip gen familyası olarak tanımlanmaktadır. Transkripsiyon faktör ailesinin bir üyesi olan Teosinte dallı 1- Cycloidea - Proliferatif hücre (TCP) genleri tuz stresine karşı toleranslık sağlamasında önem arz etmektedirler. Bu çalışmada ilk önce TCP genleri A. hypochondriacus bitki genomunda tanımlanması ve karekterizasyonu gerçekleştirilerek RNAseq kütüphaneleri NCBI-SRA veri tabanından indirilerek TCP genlerinin tanımlanması ve karakterizasyonları gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre toplam 14 Ah-TCP geni tanımlanmış, bunların arasında bir adet tandem ve dört adet segmental duplikasyon tespit edilmiştir. Filogenetik analizi sonucunda Ah-TCP genlerinin iki sınıf altında toplandığı ve 10 adet motif içerdikleri tespit edilmiştir. İn silico gen ekspresyonu analizinde sekiz gende ifade değişikliği izlenmiş olup, bu genlerin altısında ifade seviyelerinin önemli ölçüde arttığı ve iki gende ise ifade seviyelerinin azaldığı görülmüştür. Aynı zamanda validasyon analizler kapsamında invitro koşullarında ve farklı sürelerde 200 mM tuz stresi uygulanan bitkilerde yedi farklı Ah-TCP geninde qRT-PCR analizi ve söz konusu genlerde ifade seviyelerinde artışlar izlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Despite climate changes and stress factors, meeting food demand, ensuring food security, and maintaining sufficient production require the utilization of stress-tolerant varieties or alternative crops. Amaranthus hypochondriacus is not only a rich source of protein, carbohydrates, and minerals but also holds significant economic importance. However, plants, including A. hypochondriacus, are exposed to various stress factors, such as salt stress, throughout their life cycle, leading to substantial crop losses. Plants possess diverse genome-wide defense and adaptation mechanisms. Transcription factor genes are defined as the gene family with the most members that function in response to stress in plants. One member of the transcription factor family, Teosinte branched 1-Cycloidea-Proliferating cell (TCP) genes, plays a crucial role in conferring tolerance to salt stress. In this study, TCP genes were first identified and characterized in the A. hypochondriacus genome. RNA-seq libraries were downloaded from the NCBI-SRA database, and the identification and characterization of TCP genes were conducted. The results revealed a total of 14 Ah-TCP genes, among which one tandem duplication and four segmental duplications were identified. Phylogenetic analysis indicated that Ah-TCP genes are grouped into two classes and contain 10 motifs. In silico gene expression analysis showed expression changes in eight genes, with significant upregulation in six genes and downregulation in two genes. Additionally, as part of validation analyses, in vitro experiments were conducted where plants were exposed to 200 mM salt stress for varying durations. qRT-PCR analysis of seven different Ah-TCP genes demonstrated increased expression levels under these conditions.
Benzer Tezler
- From the unionist actualité to the mass popularity: Şehbâl(1909-1914)
İttihatçı aktüaliteden kitlesel popülariteye: Şehbâl(1909-1914)
SELİM AHMETOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
TarihBoğaziçi ÜniversitesiTarih Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. YAVUZ SELİM KARAKIŞLA
- Anadolu Selçuklu Dönemi sırsız küpleri üzerine araştırma
Research on non-glazed earthenware jars in the period of Anatolian Seljuks
ÖZLEM OKATAN
- Prince Sabahaddin and his sociology
Prens Sabahaddin ve sosyolojisi
ALİ ARSLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
SosyolojiBoğaziçi ÜniversitesiSosyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MİM KEMAL BÜLENT ÖKE
- Prens Kalyanamkara ve Papamkara hikayesinin Uygurcasının söz dizimi
Syntax of D'Uygur version the story of 'Prens Kalyanamkara Paramkara
SEMRA ALYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Türk Dili ve EdebiyatıAtatürk ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Eğitimi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MUHSİNE BÖREKÇİ
- Prince Sabahattin (1878-1948)and his place in Ottoman intellectual development
Prens Sabahattin (1878-1948) ve Osmanlı entellektüel gelişimindeki yeri
PELİN HELVACI
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
Siyasal BilimlerBoğaziçi ÜniversitesiTürk Tarihi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKKI ZAFER TOPRAK