Heraclomics a user friendly local server app for scrna seq analysis
Heraclomıcs scrna seq analizi için kullanıcı dostu bir yerel sunucu uygulaması
- Tez No: 942470
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ALPER YILMAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Biology, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 91
Özet
HERACLOMICS, R programlama becerileri olmayan kullanıcıların kapsamlı tek hücreli RNA-seq analizi yapmalarını sağlamak için tasarlanmış yerel bir sunucu uygulamasıdır. Eğitim tarzı bir arayüze sahip olan HERACLOMICS, özelleştirilebilir kalite kontrol eşikleri, ayarlanabilir boyut azaltma ve 2D ve 3D UMAP ve t-SNE görselleştirmeleri tarafından desteklenen kümeleme parametreleriyle, kullanıcıları ön işleme, analiz ve görselleştirmenin her aşamasında yönlendirir. Kullanıcı tanımlı hücre grupları arasındaki esnek diferansiyel ifade analizi, gen seti zenginleştirme analiziyle birleştiğinde, biyolojik olarak etkilenen yolların belirlenmesine yardımcı olur. CITE-seq ve 10X Genomics Multiome verileri için çok modlu veri görselleştirmesi mevcuttur; bir durum kaydetme işlevi ise hesaplamalı adımların tekrarlanmasını önlemek için ilerlemeyi korur. HERACLOMICS ayrıca, işaretleyici genlere dayalı küme etiketleme, kümeler arasında gen ifadesi görselleştirme ve işlevsel ilişkileri ortaya çıkarmak için gen eş-ifade ağlarının belirlenmesi gibi daha ileri analizler için gelişmiş araçlar xii da sağlar. Gen düzenleyici ağlar transkripsiyon faktörleri ve hedef gen etkileşimleri aracılığıyla araştırılırken, yörünge analizi RNA hızı ve psödozaman kullanarak farklılaşma yollarını ortaya çıkarır. Hücre iletişimi çıkarılan ligand-reseptör etkileşimleri aracılığıyla incelenir ve farklı ifade analizi seçili hücre gruplarına özgü genleri belirler. Bu özellikler HERACLOMICS'i tek hücreli RNA-seq analizi için güçlü ve erişilebilir bir araç haline getirir ve kullanıcıların 1-2 saat içinde tam bir iş akışını tamamlamasını sağlar.
Özet (Çeviri)
HERACLOMICS is a local server app designed to empower users without R programming skills to perform comprehensive single-cell RNA-seq analysis. Featuring a tutorial-style interface, HERACLOMICS guides users through each stage of preprocessing, analysis, and visualization, with customizable quality control thresholds, adjustable dimensionality reduction, and clustering parameters supported by 2D and 3D UMAP and t-SNE visualizations. Flexible differential expression analysis between user-defined cell groups, coupled with gene set enrichment analysis, aids in identifying biologically impacted pathways. Multimodal data visualization is available for CITE-seq and 10X Genomics Multiome data, while a save-state function preserves progress to avoid repeating computational steps. HERACLOMICS also provides advanced tools for further analysis, such as cluster labeling based on marker genes, gene expression visualization across clusters, and identification of gene co-expression networks to reveal functional relationships. Gene regulatory networks are explored through transcription factors and target gene interactions, while trajectory analysis uncovers differentiation pathways using RNA velocity and pseudotime. Cell communication is examined through inferred ligand-receptor interactions, and differential expression analysis identifies genes unique to selected cell groups. These features make HERACLOMICS a powerful and accessible tool for single-cell RNA-seq analysis, enabling users to complete a full workflow within 1–2 hours.