Cloning and bioinformatic characterization of endogenous pararetrovirus sequences in diverse Glycine genome groups
Çeşitli soya genom gruplarında endojen pararetrovirüs dizilerinin klonlanması ve biyoinformatik karakterizasyonu
- Tez No: 959782
- Danışmanlar: PROF. DR. AHMET LATİF TEK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Ziraat, Genetics, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Glisin, Retrotranspozon, Bioinformatics, Glycine, Retrotransposon
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bitki genomları, genom evrimine ve esnekliğine katkıda bulunan, virüs kökenli dizileri de içeren önemli oranda transpozon dizileri barındırmaktadır. Endojen pararetrovirüsler (EPRV) çeşitli bitki türlerinde araştırılmış ve bu dizilerin genomik özellikleri, epigenetik kontrol mekanizmaları ve genomlara dağılım örüntüleri ortaya konmuştur. Bu çalışmada, Glycine cinsine ait türlerde EPRV dizileri birçok biyoinformatik analiz aracılığıyla incelenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, G. max, G. falcata, G. tomentella, G. syndetika, G. dolichocarpa, G.latifolia ve G. stenophita türlerinde toplam 4,488 EPRV dizisi tespit edilmiş ve bunlardan 148 tanesi işlevsel olabileceği düşünülen aday EPRV genomları olarak tanımlanmıştır. Ayrıca, tespit edilen bazı EPRV dizilerinin doku özelinde ifade profilleri haritalandırılmıştır. Tüm aday EPRV dizilerinin kromozomal dağılımları ideogram üzerine gösterilmiştir ve EPRV'lerin yoğunlaştığı bölgeler belirlenmiştir. Buna ek olarak, EPRV dizilerindeki korunmuş MP ve RT protein domainleri moleküler olarak klonlanmış ve karakterize edilmiştir. Glycine ve Soja alt cinsleri arasında yapılan karşılaştırmalı analizler, Florendovirus cinsine ait EPRV'lerin alt cinse özgü dağılım gösterdiğini ortaya koymuştur. Ayrıca, Glycine cinsi içerisinde öngörülen, daha önce sınıflandırılmamış ve farklı bir EPRV soyuna ait yeni bir dağılım belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Plant genomes harbor a significant proportion of transposable elements, including viral-sourced sequences that contribute to the genome evolution and plasticity. Endogenous Pararetroviruses (EPRV) were investigated in several plant species, and their genomic features, epigenetic regulations, and distribution patterns within genomes were revealed. In this study, EPRV fragments were investigated in the Glycine genus with multiple bioinformatic approaches. According to the results, a total of 4,488 EPRV sequences were detected within G. max, G. falcata, G. tomentella, G. syndetika, G. dolichocarpa, G. latifolia, and G. stenophita. In total, 148 of them were defined as putative functional EPRV genomes. Their expression profiles were mapped on the soybean genome, and all putative EPRV fragment chromosomal distributions were mapped on the ideogram. This facilitated the detection of EPRVs with elevated accumulation levels. Furthermore, the MP and RT conserved domains were molecularly cloned and characterized. Phylogenetic analyses of the Glycine and Soja subgenera suggested the subgenus-specific Florendovirus EPRV distribution. Moreover, previously unclassified, new distinct EPRV lineage distribution within the Glycine genus was determined.
Benzer Tezler
- Dört zamanlı türbaşarj direk püskürtmeli bir dizel motorunun bilgisayar ile sümülasyonu
Computer aided simulation of a fourstroke turbocharged direct-anjection diesel engine
MUSTAFA BALCI
- John Fowles as a postmodernist: An analysis of Fowles's fiction within metafictional theories
Başlık çevirisi yok
SERPİL OPPERMANN TUNÇ
Doktora
İngilizce
1987
İngiliz Dili ve EdebiyatıHacettepe Üniversitesiİngiliz Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. OYA BATUM
- Relationships within the families in D.H. Lawrence's Sons and Lovers, The Rainbow, Women in Love
Başlık çevirisi yok
ZERRİN EREN
- Büyük güçlü devre kesicilerin yapı ve problemleri
Başlık çevirisi yok
LEVENT YILDIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
1988
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiMarmara ÜniversitesiElektrik-Elektronik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NESRİN TARKAN
- Pseudomonas tomato bakterisine karşı monoklonal antikor salgılayan hibrid hücrelerin geliştirilmesi
Use of monoclonal antibodies in the generation of hybridomas which is specific to pseudomonas tomato
FATMA ŞAHİNGÖZ