Cloning and bioinformatic characterization of endogenous pararetrovirus sequences in diverse Glycine genome groups
Çeşitli soya genom gruplarında endojen pararetrovirüs dizilerinin klonlanması ve biyoinformatik karakterizasyonu
- Tez No: 959782
- Danışmanlar: PROF. DR. AHMET LATİF TEK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Ziraat, Genetics, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 130
Özet
Bitki genomları, genom evrimine ve esnekliğine katkıda bulunan, virüs kökenli dizileri de içeren önemli oranda transpozon dizileri barındırmaktadır. Endojen pararetrovirüsler (EPRV) çeşitli bitki türlerinde araştırılmış ve bu dizilerin genomik özellikleri, epigenetik kontrol mekanizmaları ve genomlara dağılım örüntüleri ortaya konmuştur. Bu çalışmada, Glycine cinsine ait türlerde EPRV dizileri birçok biyoinformatik analiz aracılığıyla incelenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, G. max, G. falcata, G. tomentella, G. syndetika, G. dolichocarpa, G.latifolia ve G. stenophita türlerinde toplam 4,488 EPRV dizisi tespit edilmiş ve bunlardan 148 tanesi işlevsel olabileceği düşünülen aday EPRV genomları olarak tanımlanmıştır. Ayrıca, tespit edilen bazı EPRV dizilerinin doku özelinde ifade profilleri haritalandırılmıştır. Tüm aday EPRV dizilerinin kromozomal dağılımları ideogram üzerine gösterilmiştir ve EPRV'lerin yoğunlaştığı bölgeler belirlenmiştir. Buna ek olarak, EPRV dizilerindeki korunmuş MP ve RT protein domainleri moleküler olarak klonlanmış ve karakterize edilmiştir. Glycine ve Soja alt cinsleri arasında yapılan karşılaştırmalı analizler, Florendovirus cinsine ait EPRV'lerin alt cinse özgü dağılım gösterdiğini ortaya koymuştur. Ayrıca, Glycine cinsi içerisinde öngörülen, daha önce sınıflandırılmamış ve farklı bir EPRV soyuna ait yeni bir dağılım belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Plant genomes harbor a significant proportion of transposable elements, including viral-sourced sequences that contribute to the genome evolution and plasticity. Endogenous Pararetroviruses (EPRV) were investigated in several plant species, and their genomic features, epigenetic regulations, and distribution patterns within genomes were revealed. In this study, EPRV fragments were investigated in the Glycine genus with multiple bioinformatic approaches. According to the results, a total of 4,488 EPRV sequences were detected within G. max, G. falcata, G. tomentella, G. syndetika, G. dolichocarpa, G. latifolia, and G. stenophita. In total, 148 of them were defined as putative functional EPRV genomes. Their expression profiles were mapped on the soybean genome, and all putative EPRV fragment chromosomal distributions were mapped on the ideogram. This facilitated the detection of EPRVs with elevated accumulation levels. Furthermore, the MP and RT conserved domains were molecularly cloned and characterized. Phylogenetic analyses of the Glycine and Soja subgenera suggested the subgenus-specific Florendovirus EPRV distribution. Moreover, previously unclassified, new distinct EPRV lineage distribution within the Glycine genus was determined.
Benzer Tezler
- Cloning and initial characterization of an estrogen responsive gene: YPEL2
Östrojen yanıt geni YPEL2'nin klonlanması ve proteinin ilkin karakterizasyonu
GİZEM GÜPÜR
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUT MUYAN
- Tetrahymena thermophila glutatyon-S-transferaz zeta geninin klonlanması, biyoinformatik ve deneysel karakterizyonu
Cloning, experimental and bioinformatic characterization of glutathion S-transferase zeta (GST-Z) gene in Tetrahymena thermophila
CEM ÖZİÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
BiyoteknolojiAnadolu ÜniversitesiBiyoteknoloji Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MUHİTTİN ARSLANYOLU
- Origanum onites L.'de mitojenler tarafından aktive edilen protein kinaz kinaz (mapkk) enzim ailesi üyelerinden birinin klonlanması ve enzimatik olarak tanımlanması
Cloning and enzymatic characterization of a mitogen-activated protein kinase kinase(mapkk) enzyme family member in Origanum onites
İSMAİL POYRAZ
Doktora
Türkçe
2007
BiyolojiAnadolu ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. EMEL SÖZEN
YRD. DOÇ. DR. MUHİTTİN ARSLANYOLU
- Kızılçam (Pinus brutia Ten.) sitokrom P450720B (CYP720b) geninin klonlanması ve karakterize edilmesi
Cloning and characterization of cytochrome P450720B (CYP720B) from Turkish red pine (Pinus brutia Ten.)
ASLI SEMİZ
- Zeytinde polen uyumunu kontrol eden aday genin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of a candidate gene associated in pollen recognation of olive
ALİ CAN KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLENDAM TÜMEN