Biopyview: A biopython-based platform for sequence analysis
Biopyview: Dizi analizi için biopython tabanlı bir platform
- Tez No: 972151
- Danışmanlar: PROF. ARZUCAN ÖZGÜR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Dizileme teknolojilerindeki ilerlemeler, dizi ve hizalama verilerini işlemek için biyoenformatik araçlarına olan talebi artırmıştır. Çoklu dizi hizalamasını destekleyen araçlar, evrimsel çalışmalar, motif keşfi ve filogenetik gibi görevler için hayati öneme sahiptir. Ancak, mevcut araçların birçoğu, sınırlı dosya formatı desteği, yetersiz anotasyon yetenekleri, az gelişmiş motif analizi ve büyük veri setlerini işleme konusundaki verimsizlik gibi sınırlamalara sahiptir. Ayrıca, karmaşık kullanıcı arayüzleri genellikle kullanılabilirliği önemli ölçüde engeller. Bu tez, Biopython üzerine inşa edilmiş, modern, kullanıcı dostu ve çoklu platform desteği sunan bir dizi analiz platformunun geliştirilmesini önermektedir. Biopython, çok yönlü ve aktif olarak geliştirilen bir biyoenformatik kütüphanesidir. Önerilen araç, dizi görüntüleme ve düzenleme, çoklu dizi hizalaması, anotasyon yönetimi, motif analizi ve filogenetik ağaç desteği gibi temel özellikleri entegre ederek mevcut yazılımlardaki önemli eksiklikleri ele almayı amaçlamaktadır. Önemli yenilikler arasında gelişmiş dosya formatı uyumluluğu, entegre bir anotasyon görüntüleyici ve düzenleyici, ileri düzey desen arama işlevselliği, büyük veri setlerini hafıza verimliliğiyle işleme ve çok büyük boyutlu dosyaları destekleyen bir indeksleme mekanizması bulunmaktadır. Mevcut araçlardaki sınırlamaları ele alarak ve Biopython'un güçlü altyapısından yararlanarak, bu çalışma biyolojik dizi analizi için ölçeklenebilir ve çok yönlü bir platform sunmaktadır. Önerilen araç, büyük ve karmaşık biyolojik veri setlerini analiz etmek ve yorumlamak isteyen araştırmacıların artan ihtiyaçlarını karşılayarak biyoenformatikte gelecekteki ilerlemelere zemin hazırlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Advancements in sequencing technologies have increased the demand for bioinformatics tools to process sequence and alignment data. Tools that support multiple sequence alignment are essential for tasks like evolutionary studies, motif discovery, and phylogenetics. However, many existing tools suffer from limitations such as restricted file format support, inadequate annotation capabilities, underdeveloped motif analysis, and inefficiency in handling large datasets. Furthermore, complex user interfaces often significantly hinder usability. This thesis proposes the development of a modern, user-friendly, and cross-platform sequence analysis platform built on Biopython, a versatile and actively maintained bioinformatics library. The tool integrates essential features such as sequence viewing and editing, multiple sequence alignment, annotation management, motif analysis, and phylogenetic tree support while addressing key gaps in existing software. Key innovations include enhanced file format compatibility, an integrated annotation viewer and editor, advanced pattern search functionality, and memory-efficient handling of large datasets and an indexing mechanism that supports working with extremely large files. By addressing limitations in existing tools and leveraging Biopython's robust framework, this work presents a scalable and versatile platform for biological sequence analysis. The proposed tool meets the growing needs of researchers in analyzing and interpreting large and complex biological datasets, paving the way for future advancements in bioinformatics.