Determining the effects of tRNA fragments in exosomes secreted by polarized microglia on neuroinflammation
Polarize mikroglialardan salinan ekzozomlarin içindeki tNRA-kökenli fragmanlarin belirlenmesi ve nöroinflamasyona etkilerinin incelenmesi
- Tez No: 997823
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞERMİN GENÇ, DOÇ. DR. KEMAL UĞUR TÜFEKCİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyoloji, Genetics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Mikroglia, ekstrasellüler vezikül (EV) aracılı hücreler arası iletişim yoluyla nöroinflamatuar yanıtları düzenlemektedir. Transfer RNA türevli küçük RNA'lar (tsRNA'lar) gen ekspresyonunun fonksiyonel düzenleyicileri olarak ortaya çıkmıştır; ancak farklı polarizasyon durumlarındaki mikroglial küçük EV'lerdeki (mEV) karakterizasyonları henüz araştırılmamıştır. Bu çalışma, insan HMC3 mikrogliasından türetilen LPS-sEV ve IL-4-sEV'lerin tsRNA kargo profillerini aydınlatmayı amaçlamıştır. RT-qPCR ile polarizasyon doğrulaması ve MISEV kılavuzlarına uygun NTA ve WB ile mEV karakterizasyonunun ardından küçük RNA dizileme gerçekleştirilmiştir. Diferansiyel ekspresyon analizi, LPS-mEV'lerde 164, IL-4-mEV'lerde 251 anlamlı düzeyde değişim ortaya koymuş olup, 37 tsRNA ortak regülasyon sergilemiştir. Yapısal olarak, i-tRF ve 3'-tRF'ler iki polarizasyon durumunda da baskın tsRNA sınıflarını oluşturmuş olup, bu durum aktivasyon uyaranından bağımsız korunmuş bir fragmantasyon hiyerarşisine işaret etmektedir. Her iki koşulda da tutarlı bir upregülasyon eğilimi gözlenmiş ve değişen tsRNA'ların yaklaşık iki bölü üçünün ekspresyon seviyelerinde artış gösterilmiştir. Dikkat çekici biçimde, kısa tsRNA'lar (17-24 nükleotid) ağırlıklı olarak downregüle olurken, uzun fragmanlar (≥29 nükleotid) her iki uyaranda da tutarlı upregülasyon sergilemiş, bu da mEV kargo kompozisyonunu yöneten uzunluğa bağlı sıralama mekanizmalarını düşündürmektedir. IL-4-mEV'ler ayrıca LPS-mEV'lere kıyasla 5' türevli türlerde seçici zenginleşme göstermiştir. Hedef gen tahmini polarizasyona özgü düzenleyici ağları ortaya koymuş; LPS-mEV-tsRNA'ları nöroinflamatuar ve akson rehberliği hedefleri açısından zenginleşirken, IL-4-mEV-tsRNA'ları anti-inflamatuar faktörlerini ve AD ile ilişkili endositik bileşenleri tercihli olarak hedeflemiştir. Bu bulgular, mikroglial polarizasyonun yapısal hiyerarşileri korurken mEV-tsRNA kompozisyonunu temel düzeyde belirlediğini ortaya koyarak, uyarana özgü nöroimmün iletişimi anlamak için moleküler bir çerçeve oluşturmaktadır.
Özet (Çeviri)
Microglia orchestrate neuroinflammatory responses through extracellular vesicle (EV)-mediated intercellular communication. Transfer RNA-derived small RNAs (tsRNAs) have emerged as functional regulators of gene expression; however, their characterization within microglia derived EVs (mEVs) across different polarization states remains unexplored. This study aimed to elucidate tsRNA cargo profiles of LPS-sEVs and IL-4-sEVs HMC3 microglia. Following polarization validation through RT-qPCR and EV characterization via NTA and WB according to MISEV guidelines, and sRNA sequencing was performed. Differential expression analysis revealed 164 significantly altered LPS-mEV-tsRNAs and 251 IL-4-mEVs-tsRNAs, with 37 commonly regulated species. Structurally, i-tRFs and 3'-tRFs constituted the dominant tsRNA classes in both polarization states, indicating a conserved fragmentation hierarchy independent of activation stimulus. Both conditions exhibited a consistent bias toward upregulation, with approximately two-thirds of altered tsRNAs showing increased expression. Notably, shorter tsRNAs (17-24 nucleotides) were predominantly downregulated, whereas longer fragments (≥29 nucleotides) demonstrated consistent upregulation across both stimuli, suggesting length-dependent sorting mechanisms governing mEV cargo composition. IL-4-mEVs additionally displayed selective enrichment of 5'-derived species compared to LPS-mEVs. Target gene prediction revealed polarization-specific regulatory networks, with LPS-mEV-tsRNAs enriched for neuroinflammatory and axon guidance targets while IL-4-mEV-tsRNAs preferentially targeted anti-inflammatory resolution factors and Alzheimer's disease-associated endocytic components. These findings demonstrate that microglial polarization fundamentally determines mEV-tsRNA composition while maintaining conserved structural hierarchies, establishing a molecular framework for understanding stimulus-specific neuroimmune communication.
Benzer Tezler
- Development of effective molecular approach for determining of the biodegradation potential of petroleum contaminated soil
Petrolle kirlenmiş toprağın biyodegradasyon potansiyelinin belirlenmesi için etkili moleküler yaklaşımının geliştirilmesi
AIYOUB SHAHI
Doktora
İngilizce
2016
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN İNCE
- Meme tümörlü köpeklerde metastazik potansiyelin, preoperatif dönemde alınan periferal kandan prognostik tümör belirleyicilerin (marker) tayini ile belirlenmesi.
Determining the metastatic potential of canine mammary tumors with prognostic tumor markers in peripheral blood, on preoperative term
ZEYNEP GÜNAY UÇMAK
Doktora
Türkçe
2016
Veteriner Hekimliğiİstanbul ÜniversitesiVeterinerlik Doğum ve Jinekolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAZIM GÜVENÇ
- Folikül sıvısı, kan ve kümülüs hücrelerinde bulunan miRNA'lar ve ilişkili proteinlerin oosit kalitesi ile gebelik gerçekleşmesi üzerine etkisi
The effects of miRNA and related proteins in follicular fluid, blood and cumulus cells to predict oocyte quality and pregnancy
MELİS AYLİN ÜNER AKMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Histoloji ve EmbriyolojiCelal Bayar ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHMUT KEMAL ÖZBİLGİN
- Mitochondrial aspartyl-tRNA synthetase (DARS2) deficiency and tissue specific consequences of defective mitochondrial translation
Başlık çevirisi yok
ŞÜKRÜ ANIL DOĞAN
- Behçet hastalarında ınterlökin-1?, ınterlökin-1ß, ınterlökin-2, ınterlökin-8 ve tümör nekrosis faktor-? gen polimorfizmlerinin belirlenmesi ve bu genlerin behçet hastalığının aktif ve inaktif fazdaki ekspresyonlarının karşılaştırılması
Determination of the interleukin-1?, interleukin-1ß, interleukin-2, interleukin-8 and tumour necrosis factor- ? genes polymorphism in behcet patients and comparison of these genes expression in active and inactive phase of the behcet?s disease
SERPİL TAHERİ