Epidermal büyüme faktörü reseptörü L858R mutasyonunun inhibisyonunda liken metabolitlerinin etkisinin hesaplamalı olarak incelenmesi
Computational investigation of the effect of lichen metabolites on the inhibition of epidermal growth factor reseptor L858R mutation
- Tez No: 1004667
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÇİĞDEM SEZER ZHMUROV
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Onkoloji, Biology, Genetics, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Epidermal büyüme faktörü, Likenler, Makromoleküler yapı, Menenjler, Moleküler kenetleme, Protein polimorfizmi, Epidermal growth factor, Lichens, Macromoleculer structure, Meninges, Molecular docking, Protein polymorphism
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Epidermal büyüme faktörü reseptörü olan EGFR, hücre siklusunda önemli bir proteindir. Özellikle hücre dışından haber alınması ve cevabın oluşturulmasına yönelik çalışır. Protein üzerinde oluşan mutasyonlar ise pek çok önemli hastalığın ortaya çıkmasına neden olur. Bu hastalıkların büyük çoğunluğu tümör olarak kendini gösterir. EGFR proteininde en sık görülen mutasyonlardan biri bir çeşit yanlış anlamlı tek nükleotid poliformizmi (SNP) olan ekson 21'deki L858R mutasyonudur. Bu mutasyonda proteinin 858.aminoasidindeki lösin değişerek arjinine dönüşmesine neden olan, lösin yapısındaki timin nükleotidinin guanin nükleotidine dönüşmesidir. Kanserli hücrelerde bu nükleotid değişimi yüksek sıklıkla görülebilir. L858R mutasyonlarının neden olduğu kanserin başında ise akciğer kanserleri gelir. Özellikle küçük hücreli olmayan akciğer kanserinin (NSCLC) oluşmasındaki nedenlerin başında L858R mutasyonu geldiği gibi bu tip kanserli hastaların çoğunda bu tip mutasyon tespiti yapılmıştır. Bu çalışmada mutant EGFR molekülüne, inhibitör olabilecek moleküllerin saptanmasına yönelik kenetlenme çalışması yapılmış olup, bunun için liken sekonder metabolitlerinden faydalanılmıştır. Liken sekonder metabolitleri 400'den fazla sayıda olurken, bu çalışma için örnek olabilmesi amacıyla 155 tane molekül seçilmiştir. Bu amaçla seçilen liken sekonder metabolitlerinden etkisi olan aktif moleküller, konformer analizleri sonrası elde edilen en kararlı yapı üzerinden yarı deneysel PM6 yöntemi ile geometri optimizasyonları gerçekleştirilmiş olup, ilgili moleküllerin kenetlenme enerjileri ve sahip oldukları fizikokimyasal özelliklerin ilişkilendirilmesi amacı ile QSAR modeli oluşturulmuştur. Optimizasyonlar ve kenetlenme işlemleri sırasıyla Spartan'14 ve Autodock Vina programlarında gerçekleştirilmiştir. Tüm çalışılan molekül türleri için yapılan hesaplamalar, fizikokimyasal parametrelerin sonuçları ve bağlanma enerjilerinin arasındaki lineer regresyon analizleri Excel programı ile gerçekleştirilmiş. Elde edilen protein-molekül arasındaki kenetlenme görüntülerinde ise BIOVIA Discovery Studio programından faydalanılmıştır.
Özet (Çeviri)
EGFR, an epidermal growth factor reseptor, is an important protein in the cell cycle. It works especially for receiving information from outside the cell and creating a response. Mutations in the protein cause the emergence of many important diseases. The vast majority of these diseases manifest themselves as tumours. One of the most common mutations in the EGFR protein is the L858R mutation in exon 21, a missense single nucleotide polymorphism (SNP). In this mutation, the leucine in the 858th amino acid of the protein changes to arginine, and the thymine nucleotide in the leucine structure changes to guanine nucleotide. This nucleotide change can be seen with high frequency in cancer cells. Lung cancers are the leading cause of cancer caused by L858R mutations. In particular, the L858R mutation is the leading cause of non-small cell lung cancer (NSCLC), and this type of mutation has been detected in most patients with this type of cancer. In this study, a docking study was also conducted to determine molecules that could be inhibitors of mutant EGFR molecules, and lichen secondary metabolites were used for this purpose. While there are more than 400 lichen secondary metabolites, 155 molecules were selected to be an example for this study. For this purpose, geometry optimizations were performed with semi-empirical PM6 method on the most stable structure obtained after conformer analysis of selected lichen secondary metabolites, and a QSAR model was created to correlate the docking energies and physicochemical properties of the relevant molecules. Optimizations and docking operations were performed in Spartan'14 and Autodock Vina programs, respectively. Calculations for all studied molecule types, results of physicochemical parameters and linear regression analyses between binding energies were performed with Excel program. BIOVIA Discovery Studio program was used in the obtained docking images between protein and molecule.
Benzer Tezler
- Küçük hücreli dışı akciğer kanserli hastaların tümör dokularında epidermal büyüme faktörü reseptörünün (EGFR) sık görülen mutasyonlarının tedaviye yanıt ve prognozla ilişkisi
The relationship between common epidermal growth factor receptor (EGFR) mutations and prognosis with response to the treatment in advanced stage non-small cell lung cancer
MUTLU DOĞAN
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2010
OnkolojiAnkara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET DEMİRKAZIK
- EGFR mutasyonu bulunduran ve bulundurmayan akciğer karsinoması olgularında morfolojik ve immünhistokimyasal özellikler
Morphological and immunohistochemical features of lung carcinoma with or without EGFR mutation
MALAHAT MUSAYEVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
PatolojiAnkara ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERPİL DİZBAY SAK
- Türk toplumunda küçük hücreli olmayan akciğer kanserli hastalarda, epidermal growth faktör reseptör genindeki en sık mutasyonların araştırılması, mRNA ekspresyon ve protein düzeyinin belirlenmesi
Investigation of the most common mutations in the Epidermal Growth Factor Receptor Gene, determination the level of mRNA and protein expression in Non-Small Cell Lung Cancer Patients in Turkish Society
ŞENER TAŞDEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
GenetikErciyes ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF ÖZKUL
- Akciğer kanser tanılı hastalarda egfr mutasyonlarının kemoteropatik ilaçlar ile yanıt ilişkilerinin ve bu mutasyonların tümör hücrelerindeki p53, PTEN, trail reseptör, FAS reseptör, survivin, Bax ve Bcl-2 ifadelerine etkilerinin araştırılması
Investigation of the response relationships of egfr mutations to chemotherapeutic drugs and the effects of these mutations on the expressions of p53, PTEN, trail receptor, FAS receptor, survivin, Bax and Bcl-2 on patients diagnosed with lung cancer
AYDIN DEMİRAY
- Epidermal büyüme faktörü aktivasyonuna neden olan EGFR vIII, E746-A750 del ve L858R mutasyonlarının biyolojik etkilerinin araştırılması
A research of biological effects of EGFR vIII, E746-A750 del and L858R mutations that caused epidermal growth factor activation
ONUR TOKGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Tıbbi BiyolojiPamukkale ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAKAN AKÇA