Çürümüş bitki materyalinden izole edilen aktinobakteri suşlarının moleküler tiplendirilmesi ve biyoteknolojik potansiyellerinin tüm genom temelli araştırılması
Molecular typing of actinobacteria strains isolated from decomposed plant material and whole genome-based investigation of their biotechnological potential
- Tez No: 1006589
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİH SARICAOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tez çalışması, mikrobiyal açıdan yeterince araştırılmamış çürümüş bitkisel materyalinden (Prunus sp. ve Quercus sp.) izole edilen aktinobakteri suşlarının tanımlanması, taksonomik konumlarının belirlenmesi ve genom temelli biyoteknolojik potansiyellerinin ortaya konulmasını amaçlamaktadır. Yaygın olarak izolasyon materyali olarak kullanılan toprak ve sediment örneklerinin ötesinde özgün mikro habitat olarak çürümüş bitki materyalinden (odun dokulardan) izole edilen 15 aktinobakteri izolatının, 16S rRNA geni dizi analizleri sonucunda Actinacidiphila, Actinomadura, Micromonospora, Nocardia, Nonomuraea, Rhodococcus ve Streptomyces olmak üzere 7 farklı cinse ait olduğu belirlenmiştir. 16S rRNA benzerlik analizleri bazı izolatların yeni tür potansiyelini ortaya koymuş olup özellikle Rhodococcus sp. OFG2 izolatı en yakın tip türüne %98,26 benzerlik göstermiş ve 1437 bazlık dizide 25 nükleotit farklılığı saptanmıştır; bu değer literatürde kabul edilen %98,7 eşik değerinin altında olup yeni tür olma özelliğini desteklemektedir. Ayrıca OFG2 izolatının yeni tür olma potansiyeli dDDH (dijital DNA DNA hibridizasyon homolojisi) verileri ile de kesinleşmiştir. Genom analizleri ise temsilci izolatların NRPS, NRPS metalofor, PKS (T1, T2, T3), terpen, lanthipeptid, lassopeptid, siderofor, ektoin ve gibi çok sayıda sekonder metabolit gen kümesine sahip olduğunu ortaya koymuştur. Sonuç olarak bu çalışma, bitki materyalinin çürüyen odun dokularında var olan aktinobakteri biyoçeşitliliğinin belirlenmesi bakımından özgünlük taşımaktadır. Hem 7 farklı cinse mensup suşların izole edilmesi hem de yeni tür olma potansiyeli taşıyan izolatların belirlenmesi farklı mikro habitatlardaki aktinobakteri zenginliğini göstermektedir. Yeni tür olma potansiyeline sahip Rhodococcus sp. OFG2 izolatının polifazik taksonomi yaklaşımları ile tanımlanmasının ardından bu çalışmayla izole edilen bir aktinobakteri suşu ülkemiz topraklarından dünya literatürüne kazandırılmış olacaktır. Yapılan genom analizleri ile sekonder metabolit gen kümelerine sahip olduğu belirlenen suşlar ise farklı çalışma alanlarında kullanılabilecek mikroorganizma stoğuna katkı sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
This thesis aims to identify, determine the taxonomic positions of, and reveal the genome-based biotechnological potential of actinobacteria strains isolated from decayed plant material (Prunus sp. and Quercus sp.), which has not been sufficiently investigated from a microbiological perspective. Fifteen actinobacteria isolates, isolated from decayed plant material (woody tissues) as a unique microhabitat beyond commonly used soil and sediment samples, were identified as belonging to seven different genera: Actinacidiphila, Actinomadura, Micromonospora, Nocardia, Nonomuraea, Rhodococcus, and Streptomyces, based on 16S rRNA gene sequence analyses. 16S rRNA similarity analyses revealed the potential of some isolates to be new species; in particular, the Rhodococcus sp. OFG2 isolate showed 98.26% similarity to its closest type species, with 25 nucleotide differences detected in a 1437-base sequence. This value is below the 98.7% threshold accepted in the literature, supporting the characteristic of being a new species. Furthermore, the potential of OFG2 isolate to be a new species has been confirmed by dDDH (digital DNA-DNA hybridization homology) data. Genome analyses revealed that representative isolates possess numerous secondary metabolite gene clusters such as NRPS, NRPS-metallophore, PKS (T1, T2, T3), terpene, lanthipeptide, lassopeptide, siderophore, ectoin, and others. In conclusion, this study is unique in determining the actinobacterial biodiversity present in decaying wood tissues of plant material. Both the isolation of strains belonging to 7 different genera and the identification of isolates with the potential to be new species demonstrate the richness of actinobacteria in different microhabitats. Rhodococcus sp. has the potential to be a new species. Following the identification of the OFG2 isolate using polyphasic taxonomy approaches, this study will introduce an actinobacteria strain isolated from our country's soil to the world literature. Strains identified through genome analysis as possessing secondary metabolite gene clusters will contribute to the microorganism stock that can be used in different research areas.
Benzer Tezler
- Güneydoğu Anadolu bölgesinde nar (Punica granatum L.) larda zararlı harnup güvesi, Ectomyelois ceratoniae Zeller (Lepidoptera: pyralidae)'nin bio-ekolojisi ve mücadelesi üzerinde araştırmalar
Studies on bio-ecology and control of the carob moth, Ectomyelois ceratoniae Zeller (Lepidoptera: Pyralidae) injurious on pomegranate (Punica granatum L.) in southeast Anatolia region
CAFER MART
- Fitaz üreticisi aspergıllus nıger izolasyonu, enzimin saflaştırılması, karakterizasyonu ve optimizasyonu
Isolation of phytase producer aspergillus niger, purification, characterization and optimization of the enzyme
SAYIM AKTÜRK
- Saklıkent Milli Parkı'nda zerkonid akarlar (Acari, Zerconidae) üzerine sistematik araştırmalar
Systematic researches on zerconid mites (Acari, Zerconidae) in Saklıkent National Park
AYŞENUR DEMİRDÖVEN
- 2002-2011 yillari arasinda hastalardan i̇zole edi̇lmi̇ş nocardia türleri̇ni̇n biyoki̇myasal ve moleküler yöntemlerle tanimlanmasi
The identification of nocardia species isolated from patients between 2002-2011 by biochemical and molecular methods.
MAHMUT CELALETTİN UNER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE GÜLŞEN HASÇELİK
- Yerli İzolat Bazı Bacillus Türleri Kullanılarak Farklı Gıda ve Tarım Atıklarından Ksilanaz Üretiminin Optimizasyonu
Optimization of Xylanase Production From Diverse Agricultural Wastes by Indigenous Isolates of Bacillus Species
FATMA GÜLER
Doktora
Türkçe
2020
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİLİZ ÖZÇELİK