Understanding the contribution of the histone variant h2a.z in the regulation of the mesenchymal to epithelial transition
Histon varyantı h2a.z'nin mezenkimalden epitelyale geçişin düzenlenmesindeki katkısının aydınlatılması
- Tez No: 1010537
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Biyoloji, Bilim ve Teknoloji, Genetics, Biology, Science and Technology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Epitel–mezenkimal plastisite (EMP), epitel hücrelerinin epitel ve mezenkimal durumlar arasında geçiş yapmasını sağlayan dinamik ve geri dönüşümlü bir süreçtir. Artan kanıtlar, epitel hücre popülasyonlarının heterojen olduğunu ve bunun EMT indükleyici sinyallere karşı farklı hücresel yanıtların ortaya çıkmasına yol açabileceğini göstermektedir. Kromatin organizasyonu ve epigenetik düzenleyici mekanizmalar bu geçişlerin kontrolünde önemli rol oynamaktadır. Ancak kromatin dinamiklerinin hücresel heterojenite ile nasıl etkileşerek EMP'yi düzenlediği henüz tam olarak anlaşılmamıştır. Bu çalışmada, hücresel heterojenitenin ve kromatin temelli düzenleyici mekanizmaların epitel plastisitesini nasıl etkilediği araştırılmıştır. Bu kapsamda özellikle histon varyantı H2A.Z-1 ve H2A.Z'nin kromatine yerleşmesini sağlayan şaperon protein YL1 üzerine odaklanılmıştır. Farklı plastisite düzeylerine sahip epitel hücre modelleri olan MCF10A, NMuMG, MDCK ve MCF7 hücre hatları kullanılarak H2A.Z-1 ve YL1 baskılanmasının epitel organizasyonu ile EMT/MET yanıtları üzerindeki etkileri incelenmiştir. H2A.Z-1'in baskılanması, MCF10A ve MDCK gibi heterojen epitel modellerinde epitel mimarisinin bozulmasına yol açarken, daha stabil epitel sistemleri olan NMuMG ve EMT'ye dirençli MCF7 hücrelerinde etki göstermemiştir. NMuMG hücrelerinde H2A.Z-1 kaybı ayrıca mezenkimal–epitel geçişi sırasında epitel özelliklerinin yeniden kazanılmasını da bozmuştur. Buna karşılık, YL1 baskılanması H2A.Z'nin kromatine yerleşmesindeki rolüyle uyumlu olarak daha geniş fenotipik değişikliklere neden olmuştur. Ayrıca MCF10A hücrelerinden elde edilen klonal popülasyonların analizi, EMT ile ilişkili gen ekspresyonunda değişkenlik olduğunu göstermiş ve epitel hücre popülasyonları içinde hücresel heterojenitenin varlığını doğrulamıştır. Bu bulgular birlikte değerlendirildiğinde, kromatin organizasyonu ve histon varyant dinamiklerinin epitel plastisitesinin düzenlenmesinde önemli rol oynadığını ve hücresel heterojenitenin epitel hücrelerinin kromatin düzenindeki değişikliklere verdiği yanıtı şekillendirdiğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Epithelial–mesenchymal plasticity is a dynamic and reversible process that enables epithelial cells to transition between epithelial and mesenchymal states. Increasing evidence indicates that epithelial cell populations are heterogeneous, which can lead to diverse responses to EMT-inducing signals. Chromatin organization and epigenetic regulatory mechanisms play important roles in controlling these transitions; however, the mechanism by which chromatin dynamics interact with cellular heterogeneity to regulate EMP remains incompletely understood. This study investigated how cellular heterogeneity and chromatin-based regulatory mechanisms influence epithelial plasticity, with particular emphasis on H2A.Z-1, a histone variant, and its associated chaperone YL1, which facilitates H2A.Z incorporation into chromatin. Epithelial cell lines with distinct plasticity signatures‚ such as MCF10A‚ NMuMG‚ MDCK cells, and MCF7 cells, were used to study the role of the depletion of H2A.Z-1 and YL1 in the epithelial organization and the process of EMT/MET․ H2A.Z-1 knockdown abrogates epithelial organization in mixed human (MCF10A) and canine (MDCK) epithelial cultures‚ but not in stable epithelial lines‚ such as the immortalized NMuMG or the EMT-resistant MCF7 breast cancer cell lines․ In NMuMG cells, loss of H2A.Z 1 also impaired the re-establishment of epithelial characteristics during mesenchymal–to epithelial transition. In contrast, YL1 depletion produced broader phenotypic alterations consistent with its role in facilitating H2A.Z incorporation into chromatin. Clonal analyses of MCF10A cells revealed variability in EMT-associated gene expression, highlighting cellular heterogeneity within epithelial populations. Together, our findings indicate that chromatin organization and histone variant dynamics contribute to the regulation of epithelial plasticity and that cellular heterogeneity influences how epithelial cells respond to changes in chromatin regulation.
Benzer Tezler
- Epıgenetıc regulatıon of epıthelıal to mesenchymal transıtıon by hıstone varıant H3.3
Epitelyalden mezenkimale geçişin H3.3 histon varyantı ile epigenetik regülasyonu
ESİN ŞEKEROĞLU
Doktora
İngilizce
2025
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ
- Tools and techniques for assessing functional relevance of genomic loci
Genomik lokasyonların fonksiyonel ilgililiklerinin değerlendirilmesi için araçlar ve teknikler
BURÇAK OTLU SARITAŞ
Doktora
İngilizce
2017
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TOLGA CAN
PROF. DR. SÜNDÜZ KELEŞ
- Elazığ yöresi dramatik - seyirlik ve temsili oyunlarının incelenmesi
Başlık çevirisi yok
SEBAHATTİN SİVRİKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Halk Bilimi (Folklor)İstanbul Teknik ÜniversitesiTürk Halk Oyunları Ana Sanat Dalı
DOÇ. FİKRET DEĞERLİ
- DNA repair in rahman syndrome
Başlık çevirisi yok
ABED ALKAREM ABU AL HAIJA
Doktora
İngilizce
2023
GenetikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAMER YAĞCI
DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ
- Leishmania RNA virüs pozitif ve negatif suşların transkriptomik analizi ile farklı ifade edilen genlerin değerlendirilmesi
Evaluation of differently expressed genes by transcriptomic analysis of Leishmania RNA virus positive and negative strains
MUHAMMED NALÇACI
Doktora
Türkçe
2024
ParazitolojiEge ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET MERMER
PROF. DR. SERAY TÖZ