Geri Dön

Filogenetik ağaç oluşturmada R programı ve CHATGPTkullanımının karşılaştırılması: Sorunlar ve çözüm önerileri

Comparison of using R and CHATGPT for phylogenetic treeconstruction: Problems and proposed solutions

PDF İndir

  1. Tez No: 1014074
  2. Yazar: ÜMMÜHAN ŞAŞ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. YUSUF KURT
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Harran Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Filogenetik analiz, canlıların evrimsel ilişkilerini ortaya koymak amacıyla kullanılan temel yöntemlerden biridir ve çoğunlukla genetik verilerin incelenmesine dayanmaktadır. Artan veri miktarı, bu analizlerin daha karmaşık ve zaman alıcı hale gelmesine neden olmakta, bu durum ise çeşitli yazılım araçlarının kullanımını zorunlu kılmaktadır. Bu çalışmada, ACE2 gen bölgesi bakımından ortak olan 15 farklı canlıya ait diziler kullanılarak, R programı ve ChatGPT 5.2 yazılımı ile filogenetik analizler gerçekleştirilmiş ve elde edilen sonuçlar karşılaştırılmıştır. Karşılaştırma kapsamında hız, verimlilik ve doğruluk ölçütleri değerlendirilmiş; özellikle doğruluk analizi, filogenetik ağaçlar arasındaki topolojik benzerliği ölçmek amacıyla Robinson-Foulds (RF) distance metriği kullanılarak nicel olarak incelenmiştir. Elde edilen bulgular, her iki yöntemin benzer topolojik sonuçlar üretebildiğini (RF = 0) göstermiştir. Bununla birlikte, R programının daha fazla kullanıcı müdahalesi gerektirdiği, ancak analiz kontrolü ve görselleştirme açısından avantaj sağladığı; ChatGPT 5.2'nin ise analiz sürecini hızlandırarak zaman tasarrufu sunduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, her iki yaklaşımın birlikte kullanımı, filogenetik analiz süreçlerinin daha hızlı, etkili ve güvenilir bir şekilde yürütülmesine katkı sağlayabilir.

Özet (Çeviri)

Phylogenetic analysis is a fundamental approach used to reveal the evolutionary relationships among organisms and is primarily based on the examination of genetic data. The rapid increase in biological data has made such analyses more complex and time-consuming, necessitating the use of advanced computational tools. In this study, phylogenetic analyses were conducted using sequences from 15 organisms sharing the ACE2 gene region, employing both the R programming environment and ChatGPT 5.2, and the results were comparatively evaluated. Within the scope of the comparison, performance was assessed in terms of speed, efficiency, and accuracy. In particular, accuracy was quantitatively evaluated by measuring the topological similarity between phylogenetic trees using the Robinson-Foulds (RF) distance metric. The findings indicated that both approaches produced topologically identical results (RF = 0). However, while the R program required greater user intervention, it provided advantages in terms of analytical control and visualization. In contrast, ChatGPT 5.2 significantly accelerated the analysis process, offering substantial time savings. In conclusion, the combined use of both approaches may contribute to conducting phylogenetic analyses in a faster, more efficient, and reliable manner.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    299338

    Türkiye'de yetişen Sideritis L. (Lamiaceae) cinsinin Hesiodia ve Burgsdorfıa seksiyonlarının ITS nrDNA ile trnl-F ve ndhf cpDNA dizileriyle moleküler sistematik analizi

    Molecular systematic analysis of the sections Hesiodia and Burgsdorfia of the genus Sideritis L. (Lamiaceae) distributed in Turkey using ITS nrDNA, trnl-F cpDNA, and ndhf cpDNA sequences

    GÜLSÜM GÖREN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyolojiBalıkesir Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. FATİH COŞKUN

  2. Tez No

    887096

    Phylogeography of the Savi's pipistrelle (Vespertilionidae, chiroptera) complex based on whole mitochondrial genome analysis

    Savi'nin cüce yarasası kompleksinin (Vespetilionidae, chiroptera) filocoğrafyasının tüm mitokondriyal genom ile analizi

    YELİZ ERGÖL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    İklim ve Deniz Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRAH ÇORAMAN

  3. Tez No

    285205

    Y-DNA haplogrupları için filogenetik ağaç oluşturma

    Phylogenetic tree construction for Y-DNA haplogroups

    ESRA RÜZGAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge Üniversitesi

    Uluslararası Bilgisayar Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. KAYHAN ERCİYEŞ

  4. Tez No

    177976

    Türkiye'de yetişen Ziziphora L. (Lamiaceae) taksonlarının moleküler sistematiği

    Molecular systematics of Ziziphora L. (Lamiaceae) taxa distributed in Turkey

    GÖRKEM DENİZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    BiyolojiBalıkesir Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLENDAM TÜMEN

    YRD. DOÇ. DR. EKREM DÜNDAR

  5. Tez No

    599836

    Fen bilimleri öğretmenlerinin biyoteknolojiye ilişkin laboratuvar deneyimlerine yenilikçi öğretim yaklaşımlarının etkisi

    The impact of innovative teaching approaches on the biotechnology related laboratory experiences of science teachers

    TUĞÇE YAĞMUR ORHAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Eğitim ve ÖğretimMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    İlköğretim Eğitimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURETTİN ŞAHİN

Geri Dön