İshalli buzağıların dışkı örneklerinde Bovine Kobuvirusların (Bkov) prevalansının moleküler olarak araştırılması
Molecular investigation of the prevalence of Bovine Kobuviruses (Bkov) in fecal samples of calves with diarrhea
- Tez No: 1015995
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SİBEL HASIRCIOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Teşhis, Diagnosis
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Burdur Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Veterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
B Bovine Kobuvirus, dünya genelinde sığır popülasyonlarında neonatal buzağı ishalleriyle ilişkilendirilen ve Picornaviridae ailesinde yer alan önemli bir yükselen patojendir. Bu doktora çalışmasında, Türkiye'deki ishalli buzağılarda BKoV'un prevalansının belirlenmesi, farklı primer setlerinin tanısal performanslarının karşılaştırılması ve virüsün 3D ile VP1 (kapsid) gen bölgeleri üzerinden moleküler karakterizasyonunun yapılması amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında, ishal semptomu gösteren 93 buzağıdan toplanan dışkı örnekleri RT-PCR yöntemiyle incelenmiştir. Örneklerde BKoV prevalansı %30,1 (28/93) olarak saptanmıştır. Pozitif örneklerin %53,5'inde Bovine Coronavirus ve %7,1'inde Bovine Viral Diarrhea Virus ile ko-enfeksiyon belirlenmiş; BKoV'un tek başına saptandığı vakalar etkenin primer patojen potansiyelini desteklemiştir. Tanısal performans analizlerinde, 3D gen bölgesinde literatür primerlerinin (%30,1), in-house primerlere (%15,1) oranla anlamlı derecede daha duyarlı olduğu (p < 0,001) saptanırken; VP1 bölgesinde primer setleri arasında istatistiksel bir fark gözlenmemiştir (p = 0,375). Moleküler analizler sonucunda, 12 adet 3D ve 20 adet VP1 gen bölgesine ait sekans verisi elde edilmiştir. 3D gen bölgesi analizlerinde saha izolatlarının nükleotid düzeyinde %91,50-%100,00 benzerlik gösterdiği ve iki ana genetik kümede toplandığı belirlenmiştir. VP1 gen bölgesi analizlerinde ise Türk izolatlarının kendi aralarında yüksek homoji sergilediği (%90,27-%100,00), ancak küresel referans suşlarla benzerliğin %76,82'ye kadar düştüğü tespit edilmiştir. Filogenetik olarak tüm Türk izolatlarının Lineage 1 içerisinde, ancak Birleşik Krallık ve Mısır suşlarından ayrılan monofiletik bir alt grup (Turkish subcluster) oluşturduğu saptanmıştır. Amino asit düzeyinde, tüm Türk izolatlarında korunan PYDASSPNAS (185-200. AA) ve VPAGTALT-I (270–280. AA) motifleri, suşlarımızın küresel ölçekteki özgün moleküler imzaları olarak tanımlanmıştır. Sonuç olarak bu çalışma; Türkiye'deki BKoV suşlarının genetik olarak ayrışmış, yüksek derecede homojen ve bölgesel olarak evrimleşmiş bir yapı sergilediğini ortaya koymuştur. Elde edilen veriler, BKoV'un Türkiye'deki moleküler epidemiyolojisine dair en kapsamlı veri setini sunmakta olup; gelecekte geliştirilecek yerel tanı kitleri ve kontrol stratejileri için kritik bir temel oluşturmaktadır.
Özet (Çeviri)
Bovine Kobuvirus is an important emerging pathogen within the Picornaviridae family, associated with neonatal calf diarrhea worldwide. In this doctoral study, it was aimed to determine the prevalence of BKoV in diarrheic calves in Turkey, compare the diagnostic performances of different primer sets, and perform molecular characterization of the virus based on the 3D and VP1 (capsid) gene regions. Within the scope of the study, fecal samples collected from 93 calves showing symptoms of diarrhea were examined using the RT-PCR method. The prevalence of BKoV was determined to be 30.1% (28/93). Co-infections with Bovine Coronavirus and Bovine Viral Diarrhea Virus were detected in 53.5% and 7.1% of the positive samples, respectively; cases where BKoV was detected alone supported the potential of the agent as a primary pathogen. In diagnostic performance analyses, literature-based primers in the 3D gene region (30.1%) were found to be significantly more sensitive (p < 0.001) than in-house primers (15.1%). Conversely, no statistical difference was observed between primer sets in the VP1 region (p = 0.375). As a result of molecular analyses, sequence data for 12 3D and 20 VP1 gene regions were obtained. 3D gene region analyses showed that field isolates exhibited 91.50%–100.00% nucleotide similarity and clustered into two main genetic groups. In VP1 gene region analyses, it was determined that Turkish isolates displayed high internal homology (90.27%–100.00%), while similarity with global reference strains dropped as low as 76.82%. Phylogenetically, all Turkish isolates were identified within Lineage 1, forming a monophyletic“Turkish subcluster”distinct from United Kingdom and Egyptian strains. At the amino acid level, the PYDASSPNAS (AA 185–200) and VPAGTALT-I (AA 270–280) motifs, which were conserved in all Turkish isolates, were defined as unique molecular signatures of these strains on a global scale. In conclusion, this study demonstrates that BKoV strains in Turkey exhibit a genetically divergent, highly homogeneous, and regionally evolved structure. The data obtained provide the most comprehensive dataset on the molecular epidemiology of BKoV in Turkey and establish a critical foundation for the development of future local diagnostic kits and control strategies.
Benzer Tezler
- Buzağıların dışkı örneklerinde bovine coronavirus (BCV), rotavirus enfeksiyonlarının loop-mediated ısothermal amlification (LAMP) metodu ve hızlı test kitleri ile karşılaştırmalı teşhisi
Comparative diagnosis of bovine coronavirus (BCV), rotavirus in faecal samples of calves by loop-mediated isothermal amlifi̇cation (LAMP) and rapid diagnostic test kits
AHMET ALTINÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Veteriner HekimliğiBurdur Mehmet Akif Ersoy ÜniversitesiVeterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SİBEL HASIRCIOĞLU
- Sivas ve ilçelerindeki neonatal buzağı ishalleri etiyolojisinin hızlı test kiti ile belirlenmesi
Determination of etiology of diarrhea in neonatal calves by rapid test in Sivas, and its districts
CANAN CANER KÜLİĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Veteriner HekimliğiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiVeterinerlik İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALPARSLAN COŞKUN
- Sığırlarda coronavirusların izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve potansiyel aşı genotiplarinin araştırılması
Isolation, molecular characterisation and investigation of potential vaccine genotypes of bovine coronaviruses
SEMAHA GÜL YILMAZ
Doktora
Türkçe
2023
Veteriner Hekimliğiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaViroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN YILMAZ
- Nevşehir yöresindeki ishalli buzağılarda Cryptosporıdıum türlerinin moleküler prevalansı ve karakterizasyonu
The molecular prevalance and characterization of Cryptosporidium spp. in calves with diarrhoea in nevsehir district
AHMET TUNCAY ŞİMŞEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Veteriner HekimliğiErciyes ÜniversitesiVeterinerlik Parazitolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULLAH İNCİ
- Buzağılarda enterik bovine coronavirus enfeksiyonlarının araştırılması ve epidemiyolojide klinik olarak sağlıklı sığırların rolü
Investigation of enteric bovine coronavirus infections in calves and the role of clinically healthy cattle in epidemiology of coronavirus infections
SİBEL HASIRCIOĞLU