Identification of specific isotype tRNA biomarkers for lung and breast cancer
Akciğer ve meme kanserinde spesifik izotip tRNA biyobelirteçlerinin belirlenmesi
- Tez No: 1017371
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ABU MUSA MD TALIMUR REZA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Transfer RNA'lar (tRNA'lar), mRNA dizilerini proteinlere aktaran temel adaptör moleküller olup, translasyon ve hücresel homeostazın sürdürülmesinde kritik rol oynamaktadır. Protein sentezindeki bu temel işlevleri uzun zamandır bilinmekle birlikte, tRNA'ların kanser progresyonundaki katkısı yakın zamana kadar büyük ölçüde göz ardı edilmiştir. Güncel bulgular, kanser hücrelerinin pro-onkojenik mRNA'ların kodon-yanlı translasyonunu desteklemek amacıyla antikodon izoakseptör tRNA'ların diferansiyel ekspresyonunu kullandığını ve bunun tümör büyümesi ile hücresel hayatta kalımı desteklemekte olduğunu göstermektedir. Bu çalışmada, akciğer kanseri hücre hatları (A549, H1299, H1975), meme kanseri hücre hatları (MCF-7, MDA-MB-231) ve normal insan endotel hücreleri (HUVEC) arasında tRNA ekspresyonu sistematik olarak profillenmektedir. Elde edilen bulgular, tRNA ekspresyonunun global bir artıştan ziyade kanser tipine özgü dinamik bir yeniden programlanma göstermekte olduğunu ortaya koymaktadır. Analizler sonucunda, tRNAGlu'nun tüm hücre hatlarında -hem meme kanseri hem akciğer kanseri hücre hatlarında hem de HUVEC normal hücrelerinde- tutarlı şekilde yüksek düzeyde eksprese edildiği belirlenmiş olup, bu durumun translasyonel ve biyolojik aktivitenin sürdürülmesi için birçok hücre tipinde ortak bir özellik olabileceğine dair işaret ettiği düşünülmektedir. Bununla birlikte, meme kanseri ile akciğer kanseri hücre hatlarını ayırt edebilecek özgül bir tRNA ekspresyon paterni saptanamamıştır. Ancak, kökeninden bağımsız olarak (meme/akciğer) adenokarsinom hücrelerinde belirgin bir tRNA ekspresyon profili tanımlanmaktadır. Adenokarsinom, salgı fonksiyonuna sahip glandüler epitel hücrelerinden köken alan bir karsinom alt tipi olarak bilinmektedir. Özellikle, tRNAPhe'nin H1975 (akciğer adenokarsinomu), MDA-MB-231 ve MCF-7 (meme adenokarsinomu) hücre hatlarında tutarlı şekilde yüksek ekspresyon paterni sergilemekte olduğu gözlemlenmektedir. Buna ek olarak, tRNAGly, tRNAHis, tRNAIle ve tRNAAla moleküllerinin de adenokarsinom için potansiyel tRNA biyobelirteç havuzunun üyeleri arasında yer alabileceğini ileri sürülmektedir. Buna karşılık, A549 ve H1299 gibi karsinom hücre hatlarının tRNA ekspresyon profillerinin normal HUVEC hücreleri ile oldukça benzer özellikler göstermekte olduğu dikkat çekmektedir. Elde edilen sonuçlar, belirli bir tRNA alt grubunun (tRNAPhe, tRNAGly, tRNAHis, tRNAIle ve tRNAAla) seçici olarak yüksek regülasyonunun, adenokarsinomun büyümesi ve sürdürülmesi için gerekli proteinlerin kodon-yanlı translasyonel gereksinimlerini karşıladığını göstermektedir. Ayrıca bu bulgular, tRNA ekspresyon profillerinin farklı kanser alt tiplerinin sınıflandırılmasında potansiyel bir araç olarak kullanılabileceği anlaşılmaktadır. Bununla birlikte, tRNA ekspresyonu ile kanser alt tipleri arasındaki ilişkinin daha derinlemesine anlaşılabilmesi için farklı kanser türleri ve hasta örneklerini içeren kapsamlı analizlerin yapılması gerektiği öngörülmektedir.
Özet (Çeviri)
Transfer RNAs (tRNAs) are essential adaptor molecules that decode mRNA sequences into proteins, playing a critical role in translation and cellular homeostasis. Although their fundamental role in protein synthesis has long been recognized, the contribution of tRNAs to cancer progression has been largely overlooked until recently. Emerging evidence indicates that cancer cells exploit differential expression of anti-codon isoacceptor tRNAs to support codon-biased translation of pro-oncogenic mRNAs, thereby promoting tumour growth and survival. In this study, we systematically profiled tRNA expression across lung cancer cell lines (A549, H1299, H1975), breast cancer cell lines (MCF-7, MDA-MB-231), and normal human endothelial cells (HUVEC). Our analysis revealed that tRNA expression is dynamically reprogrammed in a cancer-type-specific manner, rather than being globally upregulated. Besides, it was found that tRNAGlu consistently exhibited elevated expression across all cell lines, including both breast cancer cell lines, all lung cancer cell lines, and the HUVEC normal cell line, suggesting that it might be a general feature of most cell lines to have higher tRNAGlu expression to maintain translational and biological activity. We could not find any characteristic tRNA expression pattern that can differentiate between breast cancer and lung cancer cell lines. However, we have identified a distinctive pattern of tRNA expression profile in adenocarcinoma cells regardless of their origin (breast/lung). Adenocarcinoma is a subtype of carcinoma which originates from the glandular epithelial cells and is specialized for secretion. In particular, tRNAPhe showed consistent pattern of high expression in all adenocarcinoma cell lines such as H1975 (lung adenocarcinoma), and MDA-MB-231 and MCF 7 (breast adenocarcinoma). In addition, tRNAGly, tRNAHis, tRNAIle and tRNAAla appeared as potential members of tRNA biomarker pool for adenocarcinoma. In contrast, (non-adenocarcinoma) carcinoma cell lines including A549 and H1299 showed a very similar pattern of tRNA expression like the normal HUVEC cells. These results suggest that the selective upregulation of a subgroup of tRNAs (tRNAPhe, tRNAGly,tRNAHis, tRNAIle and tRNAAla) may be required to fulfill the codon-biased translational demand of specific proteins necessary for the maintenance and growth of adenocarcinoma. These findings also indicate that tRNA expression profiles could serve as a tool to categorize different cancer subtypes. However, rigorous profiling across diverse cancer types and patient samples is required to develop a deeper understanding of the relationship between tRNA expression and cancer subtypes.
Benzer Tezler
- Stage-specific binding profile of cohesin in resting and switch-activated B lymphocytes
Başlık çevirisi yok
GAMZE GÜNAL
- Discovery of peptide biomarkers for meat identification purposes using proteomic approaches
Protoemik yaklaşımlar kullanılarak et tanımlama amaçlı peptit biyobelirteçlerinin keşfi
ASLI GİZEM ADIYAMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DR. EVREN SABAN
- Proteomic approaches for the identification and quantification of clinically relevant biomarkers
Klinik önem taşıyan biyobelirteçlerin belirlenmesi ve miktar tayini için proteomik yaklaşımlar
MELTEM AŞICIOĞLU KÜÇÜK
Doktora
İngilizce
2024
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DR. MERVE ÖZTUĞ KILINÇ
- Otomotiv sektöründe QS 9000 olgusu ve plastik enjeksiyonla kalıplama kuruluşuna uygulanması
The Fact of QS 9000 in the automotive sectors and a practise in the plastic injection moulding company
AHU GÜRKAVCI DEMİRLER
- Mısır ve mısır yağındaki pestisit kalıntısının izotop tekniği ile araştırmalar
İnvestigation of pesticide residues in maize and maize oil by using radioisotope tracer techniques
MURAT İLİM
