Preeklampsi tanılı hastaların patolojik kesitlerinden in silico analiz ile spasyal transkriptomik profilleme çalışması
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 1017636
- Danışmanlar: PROF. DR. SERMET SAĞOL
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Kadın Hastalıkları ve Doğum, Obstetrics and Gynecology
- Anahtar Kelimeler: Preeklampsi, erken başlangıçlı preeklampsi, plasenta, spasyal transkriptomik, in silico analiz, Preeclampsia, early-onset preeclampsia, placenta, spatial transcriptomics, in silico analysis
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmanın amacı, preeklampsi ile ilişkili plasental moleküler örüntülerin histopatolojik doku mimarisi içindeki olası dağılımını değerlendirmek ve hematoksileneozin (H&E) boyalı plasental kesitlerden in silico olarak türetilen, erken başlangıçlı preeklampsi (EOPE) ile ilişkili bir morfolojik imzanın okunabilirliğini araştırmaktır. Çalışma niceliksel, analitik, olgu-kontrol tipinde kesitsel bir araştırma olarak planlandı. Yerel kohort, Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi arşivlerinde 2014–2026 yılları arasında doğumu gerçekleşmiş ve değerlendirmeye uygun plasental H&E kesiti bulunan 202 olgudan oluşturuldu; 75 idiyopatik preterm doğum kontrolü ve 127 preeklampsi olgusundan oluştu; preeklampsi kohortu İUGR eşlik durumuna göre 40 İUGR eşlik etmeyen EOPE ve 87 EOPE+İUGR olgusu olarak alt gruplandırıldı. Halka açık tek hücre/tek çekirdek ve spasyal transkriptomik veri setleri kullanılarak villöz plasental kompartmanda EOPE ile ilişkili moleküler imza tanımlandı, bu imzanın doku içindeki spasyal davranışı değerlendirildi ve aday genler rafine edildi. Daha sonra bu panel, rutin H&E tam-slayt görüntülerinden histolojiden tahmin edilen ifade değerleri aracılığıyla hasta düzeyinde bir yönsel EOPE morfoloji skoruna dönüştürüldü. Bu skor doğrudan ölçülmüş RNA ekspresyonu olarak değil, H&E morfolojisinden türetilmiş in silico bir morfolojik nicelik olarak yorumlandı. Tek hücre analizlerinde EOPE ile ilişkili en güçlü ve kohortlar arasında en tutarlı moleküler imza sinsityotrofoblastta yoğunlaştı; bu imza hipoksik stres, anti-anjiyojenik yanıt ve hücre iskeleti/adezyon yeniden düzenlenmesiyle ilişkili genleri içerdi. Villöz sitotrofoblastta özellikle erken farklılaşma evresinde dinamik bir bozulma gözlendi; buna karşın belirgin ve tutarlı bir hücre bileşimi kayması saptanmadı. Spasyal analizlerle aday genler, spasyal değişkenlik ve doğru hücre tipi niş lokalizasyonu açısından değerlendirilerek 104 genlik biyolojik olarak yorumlanabilir bir panele indirildi. Yerel H&E kohortunda bu panelden türetilen yönsel morfoloji skoru, preeklamptik plasentaları idiyopatik preterm kontrollerden anlamlı biçimde ayırdı (AUC=0,636; p=0,0013). Ayrım EOPE+İUGR grubunda daha belirgin bulundu (AUC=0,657; p=0,0006), ancak EOPE+İUGR ile EOPE grupları skorla güvenilir biçimde ayrılmadı. Skorun etkisi kompozisyon, gebelik haftası, takvim yılı ve boyama değişkenliği için yapılan düzeltmelerden sonra da korundu. Sonuç olarak bu çalışma, EOPE ile ilişkili plasental moleküler imzanın esas olarak villöz trofoblastta, özellikle sinsityotrofoblast merkezli işlevsel yeniden programlanma biçiminde ortaya çıktığını göstermektedir. Bu imzanın spasyal olarak yorumlanabilir 104 genlik bir panele indirgenmesi ve rutin H&E kesitlerinden mütevazı fakat dayanıklı bir morfolojik sinyal olarak okunabilmesi, histopatoloji ile moleküler patogenez arasında hipotez üretici bir köprü kurmaktadır. Bununla birlikte histolojiden tahmin edilen değerler doğrudan moleküler ölçüm yerine geçmemekte ve elde edilen skor tanısal bir sınıflandırıcıdan çok hastalıkla ilişkili morfolojik eğilim ölçütü olarak değerlendirilmelidir.
Özet (Çeviri)
The aim of this study was to evaluate the potential distribution of preeclampsiaassociated placental molecular patterns within the histopathological tissue architecture and to investigate whether an early-onset preeclampsia (EOPE)-related morphological signature could be inferred in silico from hematoxylin-eosin (H&E)-stained placental sections. This study was designed as a quantitative, analytical, case-control, cross-sectional study. The local cohort consisted of 202 cases with available and evaluable placental H&E sections from deliveries performed at Ege University Faculty of Medicine between 2014 and 2026; the cases were grouped as 75 idiopathic preterm birth controls and 127 preeclampsia cases. The preeclampsia cohort was further stratified according to the presence of IUGR into 40 EOPE cases without IUGR and 87 EOPE+IUGR cases. Publicly available single-cell/singlenucleus and spatial transcriptomic datasets were used to define an EOPE-associated molecular signature in the villous placental compartment, to evaluate the spatial behavior of this signature within the tissue, and to refine candidate genes. This panel was subsequently translated into a patient-level directional EOPE morphology score through histologyimputed expression values derived from routine H&E whole-slide images. This score was interpreted not as directly measured RNA expression, but as an in silico morphological quantity inferred from H&E morphology. Single-cell analyses demonstrated that the strongest and most consistent EOPEassociated molecular signature across cohorts was concentrated in the syncytiotrophoblast; this signature included genes related to hypoxic stress, anti-angiogenic response, and cytoskeletal/adhesion remodeling. A dynamic disturbance was observed in villous cytotrophoblasts, particularly during early differentiation, whereas no marked and consistent shift in cellular composition was detected. Spatial analyses evaluated candidate genes in terms of spatial variability and correct cell-type niche localization, resulting in a biologically interpretable 104-gene panel. In the local H&E cohort, the directional morphology score derived from this panel significantly distinguished preeclamptic placentas from idiopathic preterm controls (AUC=0.636; p=0.0013). The discrimination was stronger in the EOPE+IUGR group (AUC=0.657; p=0.0006), whereas EOPE+IUGR and EOPE groups could not be reliably separated by the score. The effect of the score persisted after adjustment for composition, gestational age, calendar year, and staining variability. In conclusion, this study demonstrates that the EOPE-associated placental molecular signature primarily emerges in the villous trophoblast, particularly as syncytiotrophoblastcentered functional reprogramming. The refinement of this signature into a spatially interpretable 104-gene panel and its detection as a modest but robust morphological signal from routine H&E sections provide a hypothesis-generating bridge between histopathology and molecular pathogenesis. However, histology-imputed values do not replace direct molecular measurements, and the resulting score should be interpreted as a diseaseassociated morphological tendency measure rather than a diagnostic classifier.
Benzer Tezler
- Sitokrom P450 2C19 (CYP2C19) genetik polimorfizmlerinin ülseratif kolit ve Crohn hastalığındaki etkileri
Effects of cytochrome P450 2C19 (CYP2C19) genetic polymorphisms in ulcerative colitis and Crohn's disease
SILA SOYLU KOÇOĞLU
Doktora
Türkçe
2023
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELİH ÖNDER BABAOĞLU
- Yenidoğan yoğun bakım biriminde izlenen erkendoğan bebeklerde bronkopulmoner displazi sıklığı ve ilişkili etmenler
Frequency and associated factors of bronchopulmonary dysplasia in preterm infants that views newborn intensive care unit
MEHMET KILIÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıKocaeli ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE ENGİN ARISOY
- Gebelik ve hipertansiyon olgularında feto-maternal doppler analizlerinin perinatal morbidite ve mortaliteyi saptamadaki rolü
Başlık çevirisi yok
TANJU DEMİRÖREN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1994
Kadın Hastalıkları ve Doğumİstanbul ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
- Hipoksik iskemik ensefalopatili hastaların uzun süreli prognozu
Long-term prognosis of patients with hypoxic ischemic encephalopathy
ÖZLEM BAYSAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıErciyes ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEFER KUMANDAŞ
- Preeklampsi ile komplike gebeliklerde plasental netrin-1, netrin-4 ve UNC5B ekspresyonunun immunohistokimyasal değerlendirilmesi
Immunohistochemical evaluation of placental netrin-1, netrin-4 and UNC5B expression in pregnancy complicated with preeclampsia
DENİZ AYDIN CEYLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Kadın Hastalıkları ve DoğumPamukkale ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CİHAN KABUKÇU
DOÇ. DR. YELİZ ARMAN KARAKAYA