SARS-COV-2 SPİKE GEN BÖLGESİ HEDEF ALINARAK YÖNLENDİRİLMİŞ EVRİM UYGULAMASI İLE MUTASYONLARIN OLUŞTURULMASI
GENERATION OF MUTATIONS BY DIRECTED EVOLUTION TARGETING THE SARS-CoV-2 SPIKE GENE REGION
- Tez No: 1018306
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜSNİYE TANSEL YALÇIN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Mikrobiyoloji, Biyoloji, Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Microbiology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tezde, SARS-CoV-2 spike proteininin Reseptör Bağlanma Bölgesi hedef alınarak mutasyonların oluşturulması amaçlanmıştır. SARS-CoV-2'ye ait viral RNA şablon olarak kullanılmıştır. Error-Prone PCR koşulları, 48 deneyden elde edilen veriler temel alınarak deney tasarımı çerçevesinde MgCl₂, MnCl₂, dNTP oranları ve PCR döngü sayısı RBD bölgesinde yaklaşık 15 baz çifti mutasyon oluşturacak şekilde teorik olarak standardize edilmiştir. Bu işlemde hata düzeltme özelliği bulunmayan bir DNA polimeraz kullanılmıştır. Bu koşullarda çoğaltılan RBD bölgesi rekombine edilerek mutant proteinler üretilmiş, saflaştırılmış ve ACE2 bağlanma kapasiteleri rekabetçi plak testleriyle değerlendirilmiştir. Bazı mutantların yaban tipe göre daha yüksek bağlanma gösterdiği, IgG testlerinde ise bazı mutasyonların antikor bağlanmasını azalttığı belirlenmiştir. Üç boyutlu protein modellerinde mutasyonların konumları analiz edilerek ACE2 etkileşimini güçlendiren veya immün yanıttan kaçışa katkı sağlayan amino asit değişiklikleri saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
In this thesis, mutations were generated by targeting the Receptor Binding Domain of the SARS-CoV-2 spike protein. Viral RNA obtained from SARS-CoV-2 was used as the template for amplification. Error-Prone PCR conditions were established based on data derived from 48 experimental assays, and within the framework of experimental design, MgCl₂, MnCl₂, and dNTP concentrations as well as the number of PCR cycles were theoretically standardized to induce approximately 15 base pair mutations within the RBD region. A DNA polymerase lacking proofreading activity was employed throughout the amplification process. Under these conditions, the amplified RBD fragments were recombined to generate mutant proteins, which were subsequently purified and assessed for their ACE2 binding capacities using competitive plaque assays. Several mutants exhibited increased binding compared to the wild type protein, while IgG binding assays demonstrated that specific mutations resulted in reduced antibody recognition. Three dimensional protein models were used to analyze the spatial distribution of mutations, enabling the identification of amino acid substitutions that enhanced ACE2 interaction or contributed to immune escape.
Benzer Tezler
- The effect of SARS-CoV-2 and PM2.5 on viral entry mechanisms and inflammatory changes in primary nasal epithelial cells, and the role of the ubiquitin conjugating system
SARS-CoV-2 ve PM2.5'in primer nazal epitel hücrelerindeki viral giriş mekanizmaları ve inflamatuvar değişiklikler üzerindeki etkisi ve ubikitin konjugasyon sisteminin rolü
HADI RAJABI
- SARS-CoV-2 virüsü spike proteininin genomik analizi
Genomic analysis of SARS-CoV-2 virus spike protein
ELİF GÜLSÜM TORUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEZBAN TÜLAY YALÇINKAYA
- İnsan adenoviral vektör aracılı SARS-COV-2 spike gen naklinin pandemik koronavirüs hastalığına karşı (COVID-19) gelişen hücresel ve hümoral bağışıklık yanıtının belirlenmesi
Identification of the cellular and humoral immune responses elicited against COVID-19 through the transfer of the SARS-COV-2 spike gene via a human adenoviral vector
FULYA ERENDOR CİHAN
Doktora
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH ŞANLIOĞLU
- SARS-COV-2 spike proteininin evrimsel yollarının değişebilirlik haritaları ile tahmini
Predicting the evolutionary pathways of the SARS-COV-2 spike protein by mutability landscapes
RABİA KAŞIKCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyoteknolojiTobb Ekonomi ve Teknoloji ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ERSİN EMRE ÖREN
- SARS-CoV-2 nötralizasyon antikor testlerinde kullanılmak üzere pseudovirüslerin üretimi
Production of pseudovirus for use in SARS-CoV-2 neutralization antibody tests
ZEHRA KÖSEOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyolojiİnönü ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEVAL CİNG YILDIRIM
