SARS-CoV-2 nötralizasyon antikor testlerinde kullanılmak üzere pseudovirüslerin üretimi
Production of pseudovirus for use in SARS-CoV-2 neutralization antibody tests
- Tez No: 808600
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SEVAL CİNG YILDIRIM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: COVID-19, SARS-CoV-2, pseudovirüs, başak proteini, nötralize edici antikorlar, COVID-19, SARS-CoV-2, pseudovirus, spike protein, neutralizing antibodies
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İnönü Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
SARS-CoV-2, nötralize edici antikorların ana hedefi olan Spike proteinini kullanarak hücrelere girmektedir. Bu nedenle, antikorların ve serumların Spike aracılı viral enfeksiyonu nasıl etkilediğini ölçen analizler, bağışıklığı incelemek için önemlidir. SARS-CoV-2, biyogüvenlik düzeyi 3 olan bir virüs olduğundan, bu tür testleri güvenli bir şekilde yapmanın yolu, biyogüvenlik düzeyi 2 olan viral partikülleri Spike ile pseudotiplendirmektir. Bu tür pseudotiplemeler artık tek döngülü lentiviral, retroviral ve VSV partikülleri için tanımlanmıştır. Ancak bu işlemlerde kullanılan reaktifler ve protokoller geliştirilmelidir. Bu çalışmada nötralizan antikor testlerinde kullanılmak üzere, BSL-2 laboratuvarlarında gerçekleştirilen, HEK293T hücre hattının transfeksiyon prosedürü kullanılarak, insan bağışıklık yetmezliği virüsü çekirdeği (HIV-1), GFP proteini raportörlü ve SARS-CoV-2'nin spike (S) proteinini içeren pseudovirüsler üretilmiştir. Stab plazmid kültürlerinden plazmidlerinden izolasyonu, kompetent bakteri hücrelere transformasyonu ve izole edilen pDNA'ların transfeksiyon için özelleştirilmiş hücre hattı olan HEK293T'ye transfeksiyonu ile pseudovirüsler oluşturulmuştur. Üçlü plazmid transfeksiyonunda, Plazmid #39196 (pHIV-Luc-ZsGreen), plazmid #12263 (pCMV-delta R8.2) ve plazmid #149543 (pGBW-m4137384) kullanılmıştır. Pseudotiplemenin başarısı, pHIV-Luc-ZsGreen plazmidinin GFP için gen kodlamasını entegre ettiğinden, GFP ışıması ile değerlendirilmiştir. Transfeksiyonun 48. Saatinde GFP ışımaları hücre hattında tespit edilmiştir. Aşı uygulamalarından sonra yapılan nötralizan antikor testlerinde kullanılmak üzere güvenli ve kolay elde edilebilir bir yöntemle pseudovirüsler üretilebilmiştir.
Özet (Çeviri)
SARS-CoV-2 enters cells using the Spike protein, which is the target of neutralizing antibodies. Therefore, the assays that measure how antibodies affects Spike-mediated viral infection are important for studying immunity. Since SARS-CoV-2 is a biosafety level 3 virus, the safe way to perform such tests is to Spike pseudotyping biosafety level 2 viral particles. Such pseudo-typing has now been defined for single-cycle lentiviral, retroviral, and VSV particles. However, the reagents and protocols used in these procedures must be developed. In this study, pseudoviruses containing human immunodeficiency virus core (HIV-1), GFP protein reporter and spike (S) protein of SARS-CoV-2; using the transfection procedure of the HEK293T cell line, were produced in BSL-2 laboratories for use in neutralizing antibody tests. Pseudoviruses were generated by isolation of plasmids from stable plasmid cultures, transformation into competent bacterial cells, and transfection of isolated pDNAs into HEK293T, a specialized cell line for transfection. Plasmid #39196 (pHIV-Luc-ZsGreen), plasmid #12263 (pCMV-delta R8.2) and plasmid #149543 (pGBW-m4137384) were used in triple plasmid transfection. The success of pseudotyping was assessed by GFP irradiation, as the pHIV-Luc-ZsGreen plasmid integrates the gene coding for GFP. GFP irradiation was detected in the cell line at 48 hours of transfection. Pseudoviruses could be produced with a safe and easily obtainable method to be used in neutralizing antibody tests performed after vaccine administration.
Benzer Tezler
- Development of a pseudovirus-based assay for analysis of neutralizing activity against SARS-CoV-2
SARS-CoV-2'ye karşı nötralizan aktivitenin analizi için psödovirus tabanlı test geliştirilmesi
CEVRİYE PAMUKCU
Doktora
İngilizce
2021
Allerji ve İmmünolojiSabancı ÜniversitesiMühendislik ve Doğa Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER
DR. ÖĞR. ÜYESİ TOLGA SÜTLÜ
- COVİD-19 geçiren hastalarda anti-SARS-Cov-2 antikor düzeylerinin elısa ve virüs nötralizasyon testi ile değerlendirilmesi
Evaluation of anti-SARS-CoV-2 antibody levels in patients with COVİD-19 by elisa and virus neutralization test
MEHMET İLKER TOSUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM KİRİŞCİ
- Effect of BNT162b2 and CoronaVac boosters on humoral immunity of individuals previously fully vaccinated with CoronaVac against SARS-CoV-2: A longitudinal study
CoronaVac ile SARS-CoV-2'ye karşı tam olarak aşılanmış bireylerde BNT162b2 ve CoronaVac hatırlatıcı dozlarının hümoral bağışıklık üzerindeki etkisi: Boylamsal bir çalışma
ZEYNEP ECE KULOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Allerji ve İmmünolojiKoç Üniversitesiİmmünoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FÜSUN CAN
- COVİD-19 aşısı sonrası antikor yanıt izlemi, elecsys anti-SARS-COV-2 S testi ile nötralizasyon testinin karşılaştırılması
Antibody response monitoring after COVID-19 vaccine, comparison of elecsys anti-SARS-COV-2 s test and neutralization test
ZEYNEP ATALAY ALTINKAYNAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İMRAN HASANOĞLU
- COVID-19 hastalarında sars COV-2 virüs saçılımı ve nötralizan antikor düzeyleri
Shedding of SARS COV-2 virus in COVID-19 patients and neutralizing antibody levels
TUĞBA AYHANCİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiSakarya ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ