Biyolojik kökenli makromoleküllerin istatistiksel fizik kullanılarak modellenmesi ile evrensel kritik üstlerin hesaplanması
Calculation of universal critical exponents by modelling biological origin macromolecules using statistical physics
- Tez No: 1019589
- Danışmanlar: PROF. DR. GÖRKEM OYLUMLUOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Protein katlanması, protein yanlış katlanmasından kaynaklanan hastalıkların anlaşılmasında büyük öneme sahip en önemli biyolojik süreçlerden biridir. Bu çalışmada, Protein katlanma sürecini, klasik teorilerin bir ekstansif ve non-ekstansif istatistiksel mekanikleri kullanan Genelleştirilmiş İstatistiksel Termodinamik kavramları çerçevesinde ele alıyoruz. Protein katlanma sürecinin ardışık bir süreç olduğunu temsil etmek için yeterli olan fermuar modeli, sıcaklığı ve atomik düzeydeki özgül protein-su etkileşimlerini de kapsayacak şekilde genişletilmiştir. Bu çalışma ayrıca, q-parametresinin uygulanmasının protein katlanmasını non-ekstansif bir süreç olarak daha iyi karakterize etmeye yardımcı olduğunu ve deneysel sonuçlarla daha uyumlu bir model sağladığını göstermektedir. Bu nedenle, klasik termodinamik yaklaşımını bir adım daha ileriye götürerek, kooperatif protein stabilitesini ve protein katlanma/katlanmama etkileşimlerini açıklamak faydalıdır. Ayrıca, bu çalışmada elde edilen sonuçlar, ortam değiştirildiğinde bir proteinin stabilitesine dair daha iyi bir tahmin sunmakta olup, Alzheimer ve Parkinson hastalıkları gibi protein yanlış katlanmasıyla ilişkilendirilen hastalıkların tedavi stratejilerinin geliştirilmesinde faydalı olabilir.
Özet (Çeviri)
Protein folding is one of the most important biological processes that has huge implications in the understanding of diseases that are caused due to protein misfolding. In this study, we discuss the protein folding process using the concepts of Generalized Statistical Thermodynamics which is an extension of the classical theories that uses non-extensive statistical mechanics. The zipper model which is sufficient to represent the fact that protein folding is a sequential process is extended in order to include temperature as well as specific protein-water interactions at the atomic level. This work also demonstrates that the application of the q-parameter helps in better characterization of protein folding as a non-extensive process and also provides a better fit with the experimental results. Therefore, going a step further and expanding the classical thermodynamic approach to explain cooperative protein stability and protein folding/unfolding interactions is useful. Furthermore, the results obtained in this study offer a better estimate of the protein stability of a protein when the environment is altered, and may be useful in the development of therapeutic strategies for diseases that are associated with protein misfolding including Alzheimer's and Parkinson's diseases.
Benzer Tezler
- Predicting novel small inhibitors of SARS-CoV-2: Targeting SARS-CoV-2 spike protein, human ACE2 protein and SARS-CoV-2 NsP16 via molecular docking
SARS-CoV-2 için yeni küçük inhibitör moleküllerin tahmini: Moleküler yanaştırma yöntemiyle SARS-CoV-2 spike proteini, insan ACE2 proteini ve SARS-CoV-2 NsP16 hedeflenmesi
ONUR ÖZER
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. MERT GÜR
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY
- Biyolojik kökenli insektisitlerin ergin öncesi dönemlerdeki yumurta parazitoiti trichogramma evanescens westwood (Hymenoptera: trichogrammatidae)'in bazı biyolojik özellikleri ve işlevsel tepkisi üzerine etkileri
Effects of biorational insecticides on some biological features and functional response of the egg parasitoid trichogramma evanescens westwood (Hymenoptera: trichogrammatidae) exposed at differen pre-imaginal stages
DEVRAN ÖZAYDIN
- Gemi kökenli petrol kirliliğinin biyolojik yöntemlerle giderilmesi
Biological degredation of petroleum pollution origined from ships
CEREN BİLGİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiDeniz Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA YONSEL
- İnsan kökenli biyolojik materyaller üzerinde araştırma ve etik
Research on human biological matrials and ethics
AHMET YÜKSEL
Doktora
Türkçe
2010
Deontoloji ve Tıp TarihiMarmara ÜniversitesiDeontoloji Ana Bilim Dalı
PROF. ŞEFİK GÖRKEY
- İnsan kökenli biyolojik maddeler üzerindeki hakkın hukuki niteliği ve bu maddelerin hukuki işlemlere konu edilmesi
The legal aspects of the rights on biological materials of human origin and their treatment in legal transactions
ARİF BARIŞ ÖZBİLEN