Tüm ekzom dizileme ve klinik ekzom dizileme yapılanhastalarda ikincil bulguların retrospektif olarak taranması
Retrospective screening of secondary findings in patients whounderwent whole exome sequencing and clinical exome sequencing
- Tez No: 1023346
- Danışmanlar: PROF. DR. SEVİLHAN ARTAN
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Eskişehir Osmangazi Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Tüm ekzom dizileme (WES) ve klinik ekzom dizileme (CES) gibi geniş kapsamlı testler, hastanın başvuru endikasyonundan bağımsız olarak tıbbi açıdan eyleme geçirilebilir varyantların saptanmasını mümkün kılmıştır. Amerikan Tıbbi Genetik ve Genomik Koleji (ACMG), bu tür ikincil bulguların (secondary findings, SF) raporlanması için 84 gen içeren güncel listeyi (SF v3.3) yayımlamıştır. Bu çalışmanın amacı, Türk popülasyonunda ACMG SF v3.3 genlerinde saptanan patojenik/olası patojenik (P/LP) varyantların sıklığını ve dağılımını belirlemektir. Çalışmaya 2022–2026 yılları arasında WES veya CES yapılmış 3.516 ardışık postnatal hasta dahil edildi (2.389 WES, 1.127 CES; medyan yaş 28,3 yıl). Veriler 84 SF v3.3 geni yönünden taranmış; varyantlar ACMG/AMP 2015 kriterleri ile ClinGen SVI ve VCEP önerilerine göre sınıflandırılmıştır. Saptama oranları üç katmanda hesaplandı: bildirilebilir SF %2,56 (90/3.516; %95 GA: 2,09– 3,14); klinik anlamlı bulguların tamamıyla %3,92 (138/3.516); otozomal resesif taşıyıcılık eklendiğinde %6,68 (235/3.516). Bildirilebilir SF sıklığı başvuru endikasyonundan bağımsızdı (Fisher Monte Carlo p=0,266). Klinik anlamlı bulguların %63,8'i kardiyovasküler kategoriden kaynaklanmış olup LDLR hem primer hem sekonder bulgular açısından en yüksek yoğunluğa sahip gendi. Akraba evliliği bilgisi bulunan alt-grupta biallelik otozomal resesif bulgu sıklığı, akraba evliliği bildirilmeyen olgulara kıyasla anlamlı biçimde yüksekti (Fisher tam testi p=0,0061). On novel varyant ile Türk popülasyonu için aday kurucu varyantlar (BTD c.38_44delinsTCC, FBN1 p.Arg485Cys, LDLR c.1747C>T) saptanmıştır. İkincil bulgu sıklığının başvuru endikasyonundan bağımsız olduğunu gösteren bu çalışma, WES/CES analizlerine eşlik eden sistematik ikincil bulgu taramasının endikasyondan bağımsız bir politika olarak uygulanmasını desteklemekte ve Türk popülasyonu için özgün bir referans veri seti sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Broad-coverage tests such as whole exome sequencing (WES) and clinical exome sequencing (CES) can detect medically actionable variants independent of the referral indication. The American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) has published an 84-gene list (SF v3.3) for reporting such secondary findings (SF). This study aimed to determine the frequency and distribution of pathogenic/likely pathogenic (P/LP) variants in the ACMG SF v3.3 genes in the Turkish population. A total of 3,516 consecutive postnatal patients who underwent WES or CES between 2022 and 2026 at Eskişehir Osmangazi University Faculty of Medicine were included (2,389 WES, 1,127 CES; median age 28.3 years). Data were screened for the 84 SF v3.3 genes, and variants were classified per the 2015 ACMG/AMP criteria with current ClinGen SVI and VCEP recommendations. Detection rates were calculated at three tiers: reportable SF 2.56% (90/3,516; 95% CI: 2.09–3.14); 3.92% (138/3,516) including all clinically significant findings; and 6.68% (235/3,516) when autosomal recessive carrier status was added. Reportable SF frequency was independent of the referral indication (Fisher Monte Carlo p=0.266). Of the clinically significant findings, 63.8% were cardiovascular, and LDLR was the gene with the highest variant density for both primary and secondary findings. In the subgroup with available consanguinity data, biallelic autosomal recessive findings were significantly more frequent than in cases without reported consanguinity (Fisher exact test p=0.0061). Ten novel variants and candidate founder variants for the Turkish population (BTD c.38_44delinsTCC, FBN1 p.Arg485Cys, LDLR c.1747C>T) were identified. By showing that SF frequency is independent of the referral indication, this study supports systematic secondary-finding screening accompanying WES/CES as an indication-independent policy and provides an original reference dataset for the Turkish population.
Benzer Tezler
- Disease gene identification using linkage and exome analyses
Bağlantı ve ekzom analizleri kullanarak hastalık geni keşfi
İLKER KARACAN
Doktora
İngilizce
2019
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Nörogenetik hastalıklarda ekzom dizileme analizi ile aday genlerin belirlenmesi ve zebrafish modellerinin oluşturulması
Identification of candidate genes in neurogenetic disorders by whole exome sequencing and modeling in zebrafish
AYŞEGÜL OZANTÜRK
- Türkiye'de ailesel multipl miyelom hastalarının tespiti ve ailesel yatkınlığa sebep olan genetik varyantların araştırılması
Detection of familial multiple myeloma cases and investigation of predisposing genetic variants in turkey
ERMAN AKKUŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
HematolojiAnkara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL BEKSAÇ
- Okuloaurikulovertebral spektrum etyolojisinde genetik nedenlerin araştırılması
Investigation of genetic causes in oculoauriculovertebral spectrum etiology
NAZ GÜLERAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
GenetikHacettepe ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ALİKAŞİFOĞLU
- Primer immün yetmezlik tanısında genetik yöntemlerin yeri ve önemi
Genetic methods' importance and place in the diagnosis of primary immune deficiency
DOĞAN KAYMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıAnkara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAMİLE AYDAN İKİNCİOĞULLARI