İskelet kası hücrelerinde Desmin'in nükleer protein ortaklarının araştırılması
Investigation of nuclear protein partners of Desmin in skeletal muscle cells
- Tez No: 1024881
- Danışmanlar: PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Desmin, kas hücrelerinde miyofibrillerin hizalanması ve kuvvet iletiminde görev yapan tip III ara filament proteinidir. Çekirdekte de bulunabilmesi, yapısal görevlerinin yanı sıra çekirdek içi süreçlerde rol alabileceğini düşündürmektedir. Bu tez çalışmasında, Desmin'in iskelet kası hücrelerindeki nükleer etkileşim ağının ve kromatin organizasyonuyla olası ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. İnsan LHCN-M2 ve fare C2C12 hücreleri; RNA dizileme veri analizi, polimeraz zincir reaksiyonu, hücresel fraksiyonlama, Western blot, immün çöktürme ve kütle spektrometrisi yöntemleriyle incelenmiştir. Desmin'in Nkx2.5 ve SMYD1 ile ilişkisini araştıran hedefe yönelik yaklaşımların sınırlı kalması üzerine çalışma, nükleer Desmin etkileşim ağının proteomik olarak belirlenmesine yönlendirilmiştir. Desmin'in nükleer fraksiyonda bulunduğu ve nükleer protein ortaklarıyla birlikte çöktürüldüğü doğrulanmıştır. İmmün çöktürme–kütle spektrometrisi analizinde Desmin 47,5 kat, Vimentin ise 159 kat zenginleşmiştir. Aday proteinler; log₂FC, istatistiksel anlamlılık, peptit-spektrum eşleşmesi, özgün peptit sayısı, IP/IgG oranı ve bağımsız veri setlerinden elde edilen kanıtları birleştiren birleşik skorla değerlendirilmiş; TMPO, RANBP2, HNRNPU, NUP153, DDX5 ve EEF1A1 doğrulama için önceliklendirilmiştir. Karşılıklı IP–WB analizlerinde TMPO ve DDX5'in Desmin ile birlikte çöktürülmesi, aynı protein komplekslerinde bulunabileceklerini desteklemiştir. Adayların nükleer zarf, nükleer por kompleksi ve RNA metabolizmasıyla ilişkili olması, Desmin'in çekirdek içi protein ağlarına katılabileceğini düşündürmektedir. RNaz A uygulaması sonrasında anlamlı değişim saptanmamış; ancak EEF1A1 ve HNRNPA2B1'de RNA aracılı ilişki olasılığıyla uyumlu azalma eğilimleri gözlenmiştir. Sonuç olarak bu çalışma, Desmin'in nükleer etkileşim ağını ortaya koymuş; nükleer mimari, nükleositoplazmik taşınma ve RNA ilişkili protein ağlarındaki olası rolünü destekleyen bulgular sağlamıştır.
Özet (Çeviri)
Desmin is a type III intermediate filament protein involved in myofibrillar alignment and force transmission in muscle cells. Its presence in the nucleus suggests that it may participate in intranuclear processes in addition to its structural functions. This thesis aimed to characterize the nuclear interaction network of Desmin in skeletal muscle cells and investigate its potential association with chromatin organization. Human LHCN-M2 and mouse C2C12 cells were analyzed using RNA-sequencing data analysis, polymerase chain reaction, cellular fractionation, Western blotting, immunoprecipitation, and mass spectrometry. Because targeted approaches investigating the associations of Desmin with Nkx2.5 and SMYD1 yielded limited results, the study was redirected toward proteomic characterization of the nuclear Desmin interaction network. Desmin was confirmed to be present in the nuclear fraction and to co-precipitate with nuclear protein partners. In immunoprecipitation–mass spectrometry analysis, Desmin and Vimentin were enriched 47.5-fold and 159-fold, respectively. Candidate proteins were evaluated using a composite score integrating log₂FC, statistical significance, peptide-spectrum matches, unique peptide count, IP/IgG ratio, and evidence from independent datasets; TMPO, RANBP2, HNRNPU, NUP153, DDX5, and EEF1A1 were prioritized. Reciprocal IP–WB analyses demonstrated the co-precipitation of TMPO and DDX5 with Desmin, supporting their possible presence within the same protein complexes. The association of these candidates with the nuclear envelope, nuclear pore complex, and RNA metabolism suggests that Desmin may participate in intranuclear protein networks. RNase A treatment produced no statistically significant changes; however, EEF1A1 and HNRNPA2B1 showed decreasing trends consistent with possible RNA-mediated associations. Overall, this study characterized the nuclear interaction network of Desmin and provided evidence supporting its association with nuclear architecture, nucleocytoplasmic transport, and RNA-related protein networks.
Benzer Tezler
- İskelet kas hücrelerinde Desmin'in MyoD ve Myogenin proteinlerinin kararlılığı üzerindeki etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of Desmin on the protein stability of MyoD and Myogenin in skeletal muscle cells
IQRA MAJOKA
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER
- Investigation of mechanoregulatory role of desmin protein
Investigation of mechanoregulatory role of desmin protein
NİLÜFER DÜZ
Doktora
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER
- In vitro skeletal muscle model development through co-culture of cells
İn vitro iskelet kas modelinin ortak-kültür aracılığıyla geliştirilmesi
AYŞE BURCU ERTAN
Doktora
İngilizce
2017
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. FATMA NEŞE KÖK
PROF. DR. GAMZE KÖSE
- Fonksiyonel doku mühendisliği yöntemi ile iskelet kası geliştirilmesinde yağ kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin kullanılması
Use of adipose derived mesenchymal stem cells in functional skeletal muscle tissue engineering
EMRE ERGENE
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PINAR HURİ
- Fare miyoblast hücre hattında KLF5 geninin farklılaşma sürecine etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of KLF5 gene on differentiation in mouse myoblast cell line
UĞUR AKPULAT
Doktora
Türkçe
2014
Moleküler TıpHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YUSUF ÇETİN KOCAEFE