Geri Dön

Isolation, characterization and phylogenetic analysis of some new oxalotrophic bacteria

Bazı yeni oksalotrofik bakterilerin izolasyonu, karekterizasyonu ve filogenetik analizi

  1. Tez No: 103757
  2. Yazar: NURETTİN ŞAHİN
  3. Danışmanlar: PROF.DR. İSA GÖKLER
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Oksalat bakterileri, oksalotrof, oksalat, nümerik taksonomi, Bakteri izolasyonu, Bakteriler, Numerik taksonomi, Oksalatlar, Oxalate-bacteria, oxalotrophic, oxalate, numerical taxonomy, Bacterial isolation, Bacteria, Numeric taxonomy, Oxalates
  7. Yıl: 2001
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: Eğitim Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Ortaöğretim Fen ve Matematik Alanlar Eğitimi Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

vn ÖZET Bazı Yeni Oksalotr ofik Bakterilerin İzolasyonu, Kar akterizasyonu ve Filogenetik Analizi Oksalatı tek karbon ve enerji kaynağı olarak kullanabilen bakteriler (oksalotrof) oksalat bakterileri olarak tanımlanır. Oksalat bakterileri homojen bir taxonomik grup oluşturmamakla birlikte, iyi tanımlanmış bir fizyolojik grup oluşturur. Toprak, rizosfer ve bitkilerin petiol/ gövde doku özsuyundan zenginleştirme tekniği kullanılarak izole edilen mezofilik, aerobik 14 oxalotrofik bakterinin taxonomisi nümerik olarak incelendi. Oksalat bakterilerinin üç referans susu; [Pseudomonas] oxalaticus DSM 1105T, Methylobacterium extorquens DSM 1337T ve [Pseudomonas] sp. NEU 98 çalışmaya dahil edildi. îzolatlar 95 morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal testle karakterize edildi. Tüm izolatlar Gram-negatif, oksidaz ve katalaz pozitiftir ve büyüme faktörlerine gereksinim duymaz. Oksalata ek olarak bazı suşlar methanol ve/veya formatta büyür. Büyüme için ortalama sıcaklık 30 °C'dir ve bazı suşlar 42 °C de büyüyebilir. Yeni izolatlar, referans suşlar veya önceden bildirilen oksalotrofik bakteriler arasındaki taksonomik benzerlik Sokal & Michener (SSM) ve Jaccard (Sj) katsayıları kullanılarak analiz edildi. Ağırlıksız çift grup metodu ve ortalama logaritması (UPGMA) kullanılarak fenogram gösterildi. Oksalotrofik suşlar % 70- 86 benzerlik düzeyinde 5 büyük ve iki tek-üyeli grup oluşturdu. Nümerik taksonomiye dayanılarak izolatlar üç fenotipik grup içinde ayrıldı; M. extorquens'e bağlı pembe-pigmentli suşlar, Xanthobacter autotrophicus ve [Pseudomonas] sp. YOx benzeri san-pigmentli suşlar ve Azospirillum. Ancylobacter, Burkholderia ve Pseudomonas genuslanna yakın heterojenik, pigmentsiz suşlar. Fenotipik verilerin nümerik analizi san pigmentli ve pigmentsiz grup içindeki bazı suşların yeni bir türün temsilcisi olabileceğini gösterdi. Oksalotrof bakterilerin üç susunun filogenetik yeri 16S rRNA gen (rDNA) sekansı ile belirlendi. Filogenetik analizler ; DSM 1105T, NEU 98 ve NS01 suşlannın sırasıyla Ralstonia. Janthinobacterium /Burkholderia ve Azospirillum genuslanna yerleştirilebileceğini gösterdi.

Özet (Çeviri)

VI ABSTRACT Isolation, Characterization and Phylogenetic Analysis of Some New Oxalotrophic Bacteria The bacteria, which are capable of using oxalate as a sole carbon and energy source (oxalotrophic), describes as“oxalate-bacteria”. Oxalotrophic bacteria are not constitute a homogeneous taxonomic group, however constitute a well- defined physiological group. Taxonomy of 14 mesophilic, aerobic oxalotrophic bacteria isolated by enrichment culture technique from soil, rhizosphere, and juice of petiole/ stem tissue of plants were numerically investigated. Three reference strains of oxalate bacteria; [Pseudomonas] oxalaticus DSM 1105T, Methylobacterium extorquens DSM 1337T and [Pseudomonas] sp. NEU 98 were included in the study. Isolates were characterized with 95 morphological, biochemical and physiological tests. All isolates were Gram-negative, oxidase and catalase positive and no growth factors required. In addition to oxalate some of the strains grows on methanol and/or formate. The mean temperature for growth was 30 °C and some strains could grow at 42 °C. The taxonomic similarities among isolates, reference strains or previously reported oxalotrophic bacteria were analysed by using the Sokal & Michener (SSM) and Jaccard (Sj) Coefficients. The phenogram was presented with the unweighted pair group method with averages (UPGMA) algorithm. The oxalotrophic strains formed five major and two single-member clusters at the 70- 86% similarity level. Based on the numerical taxonomy isolates were separated into three phenotypic groups. Pink-pigmented strains belonging to M. extorquens, yellow- pigmented strains most similar to [Pseudomonas] sp. YOx and Xanthobacter autotrophicus and heterogeneous non-pigmented strains closely related to genera Azospirillum, Ancylobacter. Burkholderia and Pseudomonas. Numerical analysis of phenotypic data indicated that some strains of the yellow-pigmented and non-pigmented clusters might represent a new species. The phylogenetic position of three strains of oxalotrophic bacteria was determined by 16S rRNA gene (rDNA) sequence analysis. Phylogenetic analysis showed that DSM 1105T, NEU 98 and NS01 could be assigned to the genera Ralstonia. Janthinobacterium/Burkholderia lineage and Azospirillum, respectively.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    995033

    Effect of extreme conditions on enzyme profiles:cytochrome P450 systems as a case study

    Ekstrem koşulların enzim profilleri üzerindekietkisi: sitokrom P450 sistemleri

    HANDE MUMCU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2026

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

  2. Tez No

    905347

    Kenevir bitkisi bakteriyel endofitlerinin izolasyonu, karakterizasyonu ve bazı insan patojenlerine karşı etkileri

    Isolation, characterization of cannabis plant bacterial endophytes and their effects against some human pathogens

    MELAK KAMAL HUSSEIN HUSSEIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM ÖZKOÇ

  3. Tez No

    920801

    Kayseri ve yöresinde baklagil topraklarından bitki gelişimini teşvik edici özellikte bakterilerin izolasyonu, tanımlanması, moleküler karakterizasyonu ve bazı sebzelerde uygulanması

    Isolation, identification, molecular characterization of bacteria that promote plant development from legume soils in Kayseri and its region and application on some vegetables

    EMEL ÜNLÜ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    ZiraatErciyes Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALİT YETİŞİR

    PROF. DR. SEMİH YILMAZ

  4. Tez No

    799292

    Şanlıurfa bölgesindeki evcil kanatlılardan mycoplasma gallisepticum izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu

    Isolation and molecular characterization of mycoplasma gallisepticum from domestic poultry in Şanliurfa region

    AYFER GÜLLÜ YÜCETEPE

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Veteriner HekimliğiHarran Üniversitesi

    Veterinerlik Mikrobiyolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OKTAY KESKİN

  5. Tez No

    778776

    Kars şeker fabrikasındaki bakterilerin çeşitliliğin tanımlanması, karakterizasyonu ve hidrolaz enzim üretebilme potansiyelerinin belirlenmesi

    Determination of bacterial diversity, characterization and production potentials of hydrolase enzymes in Kars sugar factory

    ÜNAL ALKAŞİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MikrobiyolojiKafkas Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ORHAN ULUÇAY

Geri Dön