Packing regularities in folded proteins
Katlanmış proteinlerde rezidü yerleşme düzeni
- Tez No: 112163
- Danışmanlar: DOÇ.DR. TÜRKAN HALİLOĞLU, PROF.DR. İVET BAHAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2001
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 57
Özet
ÖZET KATLANMIŞ PROTEİNLERDE REZİDÜ YERLEŞME DÜZENİ Latis modeller proteinlerin konformasyon uzayını azaltma amacıyla sıklıkla kullanılır. Protein yapıları çeşitli latislere latisin koordinasyon sayısı arttıkça artan bir doğrulukta örülebilir. Proteinlerin modellenmesi amacı ile çeşitli latis geometrileri uygun olduğu halde, katlanmış yapılardaki rezidülerin belirli bir yerleşme düzenim seçip seçmediği konusunda henüz bir bilgi bulunmamaktadır. Bu tezde, rezidülerin proteinlere özgü düzenli bir yerleşme eğilimi olduğu ortaya çıkarılmıştır. Bu sonuç Protein Bilgi Bankası'ndan alınan protein yapılarındaki rezidü topluluklarının optimal olarak üst üste çakıştırılmasıyla elde edilmiştir. Bu düzen, proteinlerin üçüncül yapılarının düşük çözünürlüklü uzayda (rezidü başına tek bir nokta) incelenmesi ile anlaşılmaktadır. Buna göre rezidüler tamamlanmamış ve deformasyona uğramış yüzey merkezli kübik bir yerleşmeyi tercih etmektedir. Yüzey merkezli kübik yerleşme aynı büyüklükteki kürelerin en yoğun yerleşmesidir. Bu çalışmada bulunan yerleşme düzeni, proteinlerin molekül içi yoğunluğunu arttırma eğiliminden kaynaklanmaktadır ve rezidü tipine göre küçük farklılıklar göstermektedir. Hem çözücüye temas eden, hem de tamamen proteinin içine gömülmüş olan rezidülerin - en uç örnekler - komşulukları da bu proteinlere özgü genel yerleşme düzenine yakın benzerlik göstermektedir. Rezidüler arasındaki farklılık, doldurulan (ya da çözücü için boş bırakılan) koordinasyon merkezlerinin sayılan şeklindedir. Çözücüye temas eden yüzey rezidüleri için bile aynı yerleşme düzeni geçerlidir. Sonuç olarak rezidülerin çevresindeki çözücüye ayrılan hacim ihmal edildiği takdirde, proteinin yüzeyi dahil olmak üzere tüm bölgelerinde aynı oranda muntazam ve yoğun bir yerleşme düzeni bulunduğu anlaşılmıştır.
Özet (Çeviri)
IV ABSTRACT PACKING REGULARITIES IN FOLDED PROTEINS Using lattice models of proteins is a common method to reduce conformational space. Protein structures can be satisfactorily threaded onto several such lattices, the accuracy of the fit increasing with the coordination number of the lattice. Despite the suitability of various lattice geometries, the optimal packing geometry of residues in folded structures, or the generic preference for regular packing, if any, remains unclear. In this thesis, a degree of intrinsic regularity in residue packing is revealed upon optimal superimposition of clusters of residues from Protein Data Bank structures. This regularity can be identified as an incomplete distorted face-centered cubic packing, i.e. the closest packing of identical spheres, emerging when the tertiary structure is observed at a coarse grained (single-site-per-residue) scale. It is apparently favored by the drive for maximizing packing density, and shows little variation with specific amino acid type. Both the extreme cases of solvent-exposed and completely buried residue neighborhoods approximate this generic packing, their only difference being in the number (and not the type) of coordination sites that are occupied (or left void for solvent occupancy). Interestingly, these sites are not staggered even for the solvent-exposed residues on the surface and it is concluded that all residues, even those at the protein surface are densely packed. The packing density is approximately uniform when the volume of solvent surrounding the residues is excluded.
Benzer Tezler
- Özünde düzensiz yapılı proteinler arasından seçilen bir grup proteinin rezidülerinin yerleşme özelliklerinin hesaplamalı yöntemlerle incelenmesi
Computational investigation of the extent of regularities in residue packing in a representative group of intrinsically disordered proteins
RASİM MURAT AYDINKAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyoistatistikNamık Kemal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EVREN CABİ
- Packing and entrainer effects on supercritical carbon dioxide fractionation of origanum oil
Kekik yağının kritik üstü karbon dioksit ortamında ayrıştırılmasında dolgu maddesi ve yardımcı çözücünün etkileri
HALİM KUBAT
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖNER HORTAÇSU
- Ambalaj işletmelerinde muhasebe organizasyonu
Accounti̇ng organi̇zati̇on i̇n the packagi̇ng busi̇ness
MEHMET ERAY
- Taklit ve esinlenme ambalajın tüketici kararları üzerindeki etkisi ve Karaman'da bir uygulama
Imitation and inspiration packaging impact on consumer decisions and applicaion in Karaman
MUSTAFA KAZAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
İşletmeKaramanoğlu Mehmetbey Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT ÖZ
- Gıda ürünleri ambalajının tüketicilerin satın alma davranışları üzerine etkisi (Ankara ili Mamak ilçesi örneği )
Packing food products consumer purchasing behavior influence on (A case study of Ankara Mamak)
BAHAR TEKE
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
ZiraatGaziosmanpaşa ÜniversitesiTarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HAYRİYE SİBEL GÜLSE BAL