Geri Dön

Structure prediction A. thaliana G protein alpha subunit using bioinformatics tools based on sequence alignments

Dizi eşleşmelerine bağlı biyoinformatik araçlar kullanılarak A. thaliana G protein alfa alt biriminin yapısının belirlenmesi

  1. Tez No: 128510
  2. Yazar: MERT ŞAHİN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ZEHRA SAYERS, YRD. DOÇ. DR. UĞUR SEZERMAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2002
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 98

Özet

ÖZET Bitki G-proteinlerinin keşfedilmeleri ve tanımlanmaları memeli sistemlerdeki proteinlerle olan dizi benzerliklerine dayanmaktadır. Bitkiler üzerinde yapılan mutasyon çalışmaları bu proteinlerin işlevleri ile olası sinyal iletim mekanizmalarını ortaya çıkarmıştır (Fujisawa Y et al, 2001). Bu tezde, A. thaliana G protein a alt biriminin (GPAI) detaylı dizi analizleri ile fare transdusin a alt birimiyle (PDB kod: lgg2) karşılaştırmaları verilmektedir. GPAI proteininin diğer bitki G protein a alt birimleriyle olan eşleştirmeleri yüksek oranda benzerlikler göstermektedir. Aynı analizler A. thaliana B ve y alt birimleri içinde gerçekleştirilmiştir. Dizi analizlerinin sonuçları ikincil yapı belirleme çalışmalarında ve GPAI proteinin 3 boyutlu modelinin oluşturulmasında kullanılmıştır, ikincil yapı belirleme çalışmaları B ve y alt birimleri içinde gerçekleştirilmiştir. Model hesaplamaları dizi eşleştirmelerine, ikincil yapı belirleme çalışmalarına ve yapısı bilinen fare transdusin a alt birimine dayanmakta olup Insight II programının içinde yer alan MODELLER modülü kullanılarak yapılmıştır. ERRAT kullanılarak yapılan kontrol edilen modellerin en iyisinin %76 oranında doğru olduğu belirlenmiştir. Bu modelin doğruluğu yapı içerisindeki değişken bölgelerin optimize edilmesi ile arttırılabilir. GPAI proteinin yapısının deneysel olarak belirlenebilmesi için rekombinan protein ekspresyon çalışmaları sürmektedir.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT Identification and characterization of plant G-proteins are mainly based on sequence homology with their mammalian counterparts. Studies with mutant plants have confirmed the assigned functional roles of these proteins and possible signaling pathways involving G-proteins (Fujisawa Y et al, 2001). The work presented in this thesis, reports detailed sequence alignment analyses of A. thaliana G-protein a subunit (GPA1) with its mammalian counterpart rat transducin a subunit (PDB entry lgg2). Alignment of GPA1 with the other known Ga sequences, from plants, reveal a high degree of homology. Same analyses are extended to A. thaliana B and y subunits. Results of sequence analyses were used as a basis for secondary structure prediction and for modeling 3D structure of GPA1. Secondary structure prediction was carried out for p and y subunits as well. Modeling calculations were based on the sequence alignment, secondary structure prediction, known structure of rat transducin a subunit, and carried out using the MODELLER module within insightll program. The best model predicted 76% correct folding within confidence limits determined using ERRAT. The accuracy of this model can be improved with further optimization of the loop regions. Further work is in progress for over-expression of recombinant GPA1 so that the structure can also be determined experimentally.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    488356

    Investigation of structural properties of heterotrimeric G-proteins γ subunits in plants

    Bitkilerdeki heterotrimerik G proteinlerinin gama alt birimlerinin yapısal özelliklerinin araştırılması

    BİHTER AVŞAR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyofizikSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEHRA SAYERS

  2. Tez No

    351866

    Cloning of AtBOR4 gene to Medicago sativa L. (Leguminosa-Fabecea) to generate boron tolerant plant cultivar

    AtBOR4 geninin bora karşı dirençli Medicago sativa L. geliştirilmesi amaçlı klonlanması

    HÜSEYİN TOMBULOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyolojiFatih Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. M.SERDAL SAKÇALI

    YRD. DOÇ. DR. FAHRİ AKBAŞ

  3. Tez No

    735765

    Şeftali (Prunus persica L.) transkripsiyon faktörü genlerinin karakterizasyonu, gen-spesifik markör dizaynı ve türler arası transfer analizleri

    Characterization of peach (Prunus persica L.) transcription factor genes, gene-spesific marker design and interspesific transferability analyses

    CANSU YÜRÜKÇÜ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyoteknolojiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE ÖZGÜR UNCU

  4. Tez No

    780849

    Şiddetli kuraklık koşullarının Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. bitkisinin morfolojik ve anatomik özellikleri ile beta-karbonik anhidraz gen ifadesi üzerine etkilerinin incelenmesi

    Investigation of the effects of severe drought conditions on morphological and anatomical characteristics and beta-carbonic anhydrase gene expression of Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.

    OĞUZHAN KURT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiMersin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RIZA BİNZET

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SERTAN ÇEVİK

  5. Tez No

    413406

    First-principles Crystal Structure Prediction: A method development and its application to hydrogen storage materials

    Ab initio Kristal Yapı Tahmini: Metot geliştirme ve hidrojen depolama malzemelerine uygulanması

    ENGİN AYBEY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ADEM TEKİN

Geri Dön