Structure prediction A. thaliana G protein alpha subunit using bioinformatics tools based on sequence alignments
Dizi eşleşmelerine bağlı biyoinformatik araçlar kullanılarak A. thaliana G protein alfa alt biriminin yapısının belirlenmesi
- Tez No: 128510
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ZEHRA SAYERS, YRD. DOÇ. DR. UĞUR SEZERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2002
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
ÖZET Bitki G-proteinlerinin keşfedilmeleri ve tanımlanmaları memeli sistemlerdeki proteinlerle olan dizi benzerliklerine dayanmaktadır. Bitkiler üzerinde yapılan mutasyon çalışmaları bu proteinlerin işlevleri ile olası sinyal iletim mekanizmalarını ortaya çıkarmıştır (Fujisawa Y et al, 2001). Bu tezde, A. thaliana G protein a alt biriminin (GPAI) detaylı dizi analizleri ile fare transdusin a alt birimiyle (PDB kod: lgg2) karşılaştırmaları verilmektedir. GPAI proteininin diğer bitki G protein a alt birimleriyle olan eşleştirmeleri yüksek oranda benzerlikler göstermektedir. Aynı analizler A. thaliana B ve y alt birimleri içinde gerçekleştirilmiştir. Dizi analizlerinin sonuçları ikincil yapı belirleme çalışmalarında ve GPAI proteinin 3 boyutlu modelinin oluşturulmasında kullanılmıştır, ikincil yapı belirleme çalışmaları B ve y alt birimleri içinde gerçekleştirilmiştir. Model hesaplamaları dizi eşleştirmelerine, ikincil yapı belirleme çalışmalarına ve yapısı bilinen fare transdusin a alt birimine dayanmakta olup Insight II programının içinde yer alan MODELLER modülü kullanılarak yapılmıştır. ERRAT kullanılarak yapılan kontrol edilen modellerin en iyisinin %76 oranında doğru olduğu belirlenmiştir. Bu modelin doğruluğu yapı içerisindeki değişken bölgelerin optimize edilmesi ile arttırılabilir. GPAI proteinin yapısının deneysel olarak belirlenebilmesi için rekombinan protein ekspresyon çalışmaları sürmektedir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Identification and characterization of plant G-proteins are mainly based on sequence homology with their mammalian counterparts. Studies with mutant plants have confirmed the assigned functional roles of these proteins and possible signaling pathways involving G-proteins (Fujisawa Y et al, 2001). The work presented in this thesis, reports detailed sequence alignment analyses of A. thaliana G-protein a subunit (GPA1) with its mammalian counterpart rat transducin a subunit (PDB entry lgg2). Alignment of GPA1 with the other known Ga sequences, from plants, reveal a high degree of homology. Same analyses are extended to A. thaliana B and y subunits. Results of sequence analyses were used as a basis for secondary structure prediction and for modeling 3D structure of GPA1. Secondary structure prediction was carried out for p and y subunits as well. Modeling calculations were based on the sequence alignment, secondary structure prediction, known structure of rat transducin a subunit, and carried out using the MODELLER module within insightll program. The best model predicted 76% correct folding within confidence limits determined using ERRAT. The accuracy of this model can be improved with further optimization of the loop regions. Further work is in progress for over-expression of recombinant GPA1 so that the structure can also be determined experimentally.
Benzer Tezler
- Investigation of structural properties of heterotrimeric G-proteins γ subunits in plants
Bitkilerdeki heterotrimerik G proteinlerinin gama alt birimlerinin yapısal özelliklerinin araştırılması
BİHTER AVŞAR
Doktora
İngilizce
2017
BiyofizikSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA SAYERS
- Cloning of AtBOR4 gene to Medicago sativa L. (Leguminosa-Fabecea) to generate boron tolerant plant cultivar
AtBOR4 geninin bora karşı dirençli Medicago sativa L. geliştirilmesi amaçlı klonlanması
HÜSEYİN TOMBULOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyolojiFatih ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. M.SERDAL SAKÇALI
YRD. DOÇ. DR. FAHRİ AKBAŞ
- Şeftali (Prunus persica L.) transkripsiyon faktörü genlerinin karakterizasyonu, gen-spesifik markör dizaynı ve türler arası transfer analizleri
Characterization of peach (Prunus persica L.) transcription factor genes, gene-spesific marker design and interspesific transferability analyses
CANSU YÜRÜKÇÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ÖZGÜR UNCU
- Şiddetli kuraklık koşullarının Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. bitkisinin morfolojik ve anatomik özellikleri ile beta-karbonik anhidraz gen ifadesi üzerine etkilerinin incelenmesi
Investigation of the effects of severe drought conditions on morphological and anatomical characteristics and beta-carbonic anhydrase gene expression of Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.
OĞUZHAN KURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiMersin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RIZA BİNZET
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERTAN ÇEVİK
- First-principles Crystal Structure Prediction: A method development and its application to hydrogen storage materials
Ab initio Kristal Yapı Tahmini: Metot geliştirme ve hidrojen depolama malzemelerine uygulanması
ENGİN AYBEY
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ADEM TEKİN