Analysis of genetic network using graph matching
Genetik ağların öznitelikli çizge eşleme kullanılarak çözümlemesi
- Tez No: 129385
- Danışmanlar: PROF. DR. FİKRET GÜRGEN, YRD. DOÇ. DR. UĞUR SEZERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Tıbbi Biyoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2002
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 101
Özet
ÖZET GENETİK AĞLARIN ÖZNITELIKLİ ÇIZGE EŞLEME KULLANILARAK ÇÖZÜMLEMESİ Bioinformatik, fazla miktardaki biyolojik verilerin işlenmesi ve sonuçlara ulaşılabilmesi için örüntü algılama ve veri madenciliği alanlarının istatiksel ve hesaplanabilir yöntemlerini kullanır. Bu tezde yapılan çalışma, genler arasındaki etkileşimleri bir çizge ile modellemek ve de bu çizgelerin farklı canlılar arasında ne derece uyumlu olduğunu incelemektir. İki çizge arasındaki eşlemeden sonra açıkta kalan düğüm ve bağlantıların henüz keşfedilmemiş bağlantıların, genlerin ya da proteinlerin varlığına işaret edeceği düşüncesinden hareketle, gen ürünlerinin işlevlerini tanımlamak hedeflenmiştir. Bu tezde gen ağlarının özellikleri incelenip uygun bir çizge eşleme algoritması geliştirilmiş ve gerçeklenmiştir. Ağ, gen ve proteinler için hazırlanmış ikili etkileşim tablolarından modellenmiştir. Diğer bir çok karmaşık ağlar gibi, genetik ağların da ölçeklenemez özellikler gösterdiği saptanmıştır. Ölçeklenemez ağların ayırt edici özelliklerinden yararlanarak arama uzayını sınırlayan bir çizge esleme aracı geliştirilmiştir. Esleme ölçütleri ve değerlendirme için kullanılan buluşsal yöntemler eslemeye çalıştığımız ağların kendilerine özgü bağlanırlık dağılımından, kümeleşmiş yapısından, düğümler arası ortalama uzaklığın kısa olmasından ve az sayıda bağlantıya sahip olmasından faydalanır. Çizge esleme uygulaması girdi olarak etkileşim listelerini alır ve çizgeleri oluşturur. Çıktı olarak eşleştirilmiş düğümler listesi üretilir. Eslemenin uyuşmayan bölümleri de bildirilir. Geliştirilen yardımcı uygulamalar ölçeklenemezliği test eden program ile nükleotid dizisi hizalamayı sağlayan araçtır.
Özet (Çeviri)
IV ABSTRACT ANALYSIS OF GENETIC NETWORKS USING ATTRIBUTED GRAPH MATCHING Bioinformatics adopts statistical and computational methods from the pattern recognition and data mining disciplines to process the immense biological data and derive conclusions. The work done in this thesis is modeling the interaction of genes as a graph and examining how compatible these graphs are among different organisms. The motivation was that the missing nodes and links of the mapping between the graphs indicate the existence of unidentified genes, proteins or interactions, which might lead to the assignment of functions to the gene products. In this thesis, the properties of genetic networks are explored and a suitable graph matching algorithm is developed and implemented. The network is modeled from the pairwise interaction tables for genes or proteins. Like many other complex networks, these networks are shown to exhibit scale-free characteristics. A search-based graph matching tool is developed which exploits the distinguishing properties of scale-free networks when limiting the search space. The matching criteria and evaluation heuristics are based on the characteristic connectivity distribution, cliquish structure, short diameter and sparseness of the networks at hand. The graph matching application takes the list of interactions as input and constructs the graphs. The list of matching nodes is produced as output. The missing parts of the mapping are also reported. The auxiliary applications developed are a tester for scale-free behavior and a nucleotide sequence alignment tool.
Benzer Tezler
- Mobil batarya enerji depolama sistemleri kullanılarak dağıtım sistemi işletiminin iyileştirilmesi ve sistem üzerindeki etkilerinin analizi
Improvement of distribution system operating using mobile battery energy storage systems and analysis of its effects on the system
OĞUZHAN KARAHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektrik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA BAĞRIYANIK
- Network topology and dynamic data analysis in Saccharomyces cerevisiae
Ağ ilingesi ve Saccharomyces cerevisiae'de devingen veri analizi
MUHAMMED ERKAN KARABEKMEZ
Doktora
İngilizce
2016
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BETÜL KIRDAR
- Multitask learning of gene risk for autism spectrum disorder and intellectual disability
Otizm spektrum bozukluğu ve zeka geriliği için çok görevli gen risk öğrenimi
İLAYDA BEYRELİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ABDULLAH ERCÜMENT ÇİÇEK
- Karmaşık ağlardaki modül yapılarının ve anlamlı alt-ağların tespiti
Detection of module structures and significant sub-networks in complex networks
YILMAZ ATAY
Doktora
Türkçe
2018
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSelçuk ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİFE KODAZ
- Energy aware endurance framework for mission critical aerial networks
Güdümlü havasal ağlar için enerji farkında endürans modeli
YUSUF ÖZÇEVİK
Doktora
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BERK CANBERK