Batı Akdeniz bölgesinde zeytin ağaçlarında görülen Pseudomonas savastanoi pv. Savastanoi'nin neden olduğu bakteriyal dal kanseri hastalığının yayılışı, etmenin moleküler tanısı, izolatlarının elde edilmesi ve moleküler karakterizasyonu
The Distribution molecular identification and characterization of the strains of Pseudomonas savastanoi pv. Savastanoi, a causal agent of olive knot disease on live trees in Western Mediterranean region
- Tez No: 133009
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HÜSEYİN BASIM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Bakteriyel hastalıklar, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi, Zeytin ağacı, Bacterial diseases, Polymerase chain reaction, Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi, Olive tree
- Yıl: 2002
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET ATI AKDENİZ BÖLGESİNDE ZEYTİN AĞAÇLARINDA GÖRÜLEN Pseudomonas savastanoi pv. savastanoP NİN NEDEN ÖLDÜĞÜ BAKTERİYAL DAL KANSERİ HASTALIĞININ YAYDLIŞL ETMENİN MOLEKÜLER TANESL İZOLATLARININ ELDE EDİLMESİ VE MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONÜ ASÜ ERSOY Yüksek Lisans Tezi, Bitki Koruma Anabilim Dalı Ocak 2002, 72 sayla Bu çalışmayla ülkemizde önemli bir tarım ürünü olan zeytin bitkisinde en önemli bakteriyal hastalık olan zeytin dal kanseri hastalığına neden olan Pseudomonas savastanoi pv. savastanof nin mikrobiyolojik açıdan ilk defa detaylı olarak tanımlaması yapılmıştır. Batı Akdeniz Bölgesinde özellikle zeytin bitkisinin yetiştirilmesi bakımından oldukça yüksek potansiyale sahip olan Antalya ili ve ilçelerine (Manavgat, Serik, Aksu, Kaş, Kale, Döşemealtı) yapılan sörveyler ile hastalık yayılış oram belirlenmiştir. Yapılan sörveyler sırasında toplanan hastalıklı bitki materyallerinden hastalık etmeni bakterinin izolasyonu için yarı seçici besi ortamları olan PVF1, King's B ve NSA (Nutrient Sakkaroz Agar) besi ortamları kullanılmış ve 27°C'de inkübasyona bırakılarak P. s. savastanof ye ait koloniler elde edilmiştir. Hastalık etmeninin tanısı ile ilgili olarak NSA ortamında levan oluşumu, oksidaz test, patates testi, arginine dihydrolaz testi ve tütünde hipersensitif reaksiyon testini içeren LOP AT testleri uygulanmıştır. Biyokimyasal testlerle tanısı yapılan hastalık etmeninin patojen|sitesi zeytin bitkisi üzerinde test edilmiştir. Elde edilen bakteriyal izolatlann moleküler düzeyde kesin tanıları ilk defa bu çalışmada dizayn edilen primerler (PSS 1: 5'-TGG GGT GCT ACT TGT ACC GGA -3', PSS 2: 5'-CCG TGT ACT ACG TTC AGC GAG -3', PSS 3: 5'- CAG GAC TTC AGA ACCAC GT -3', PSS 4: 5'- CGG TCG ATG ATG TAG AGC AT -3') kullanılarak sağlanmıştır, u primerler bakterinin patojenisitesi ile ilgili olan IAA (indole-3-acetic acid) ve sitokinin sntezinde görev alan genleri, sırasıyla iaaL (PSS3 ve PSS4) ve ptz (PSS1 ve PSS2) ailerinin nükleotid dizilişlerinden dizayn edilmiştir. Bu çalışmada geliştirilen PCR Sntemiyle patojen bakterinin moleküler olarak kesin tanısı hem P. s. savastanol den elde edilen total genomik DNA' dan hem de direk hücreden sağlanmıştır. Patojenin moleküler karakterizasyonunda bakterinin plazmid içerikleri alkaline lizis öntemi ile tespit edilmiştir. Bunun yanında yine patojen bakterinin moleküler karakterizasyonunda Rep-PCR tekniği ile patojen bakterinin Batı Akdeniz Bölgesinden jplanan izolatlan arasındaki farklılıklar genomik düzeyde ortaya çıkarılmıştır. kNAHTAR KELİMELER: Zeytin, Zeytin Dal Kanseri, P.s. savastanol, PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) JÜRİ Doç. Dr. Hüseyin BASIM (Danışman) Prof. Dr. Oktay YEĞEN Doç. Dr. Hatice ÖZAKTAN
Özet (Çeviri)
ABSTRACT THE DISTRIBUTION, MOLECULAR IDENTIFICATION AND CHARACTERIZATION OF THE STRAINS OF Pseudomtmas savastanoi pv. «ivastanoi, A CAUSAL AGENT OF OLIVE KNOT DISEASE ON OLIVE TREES IN WESTERN MEDITERRANEAN REGION ASU ERSOY M. S. in Plant Protection January, 2002, 72 Pages In this study, Pseudomonas savastanoi pv. savastano, olive knot pathogen, the most nportant bacterial disease of olive plants, an important agricultural product İn Turkey, was ientified and characterized in detail for the first time. The distribution of the olive knot disease in Antalya province was determined by urveying the presence of the disease of the potentially olive growing areas of Manavgat, »erik, Aksu, Kaş, Kale, Döşemealtı. LOP AT tests including levan formation in the NSA medium, oxidase test, potato test, xginine dihydrolase test and hypersensitive reaction test in tobaco plant were firstly applied or identification of the pathogenic bacteria, isolated from the diseased olive plants. Both »iochemical and pathogenicity tests were also applied for the identification of the pathogenic »acterium. The primers, PSS1: 5'- TGG GGT GCT ACT TGT ACC GGA -3', PSS2: 5'-CCG TGT ACT ACG TTC AGC GAG -3', PSS3: 5'- CAG GAC TTC AGA ACC CAC GT-3', PSS4: 5'- CGG TCG ATG ATG TAG AGC AT-3', designed in this study, were used for nolecular and certain identification of pathogenic bacterium. The primers were designed from he DNA sequences coding the ptz (PSS1 and PSS2) and iaaL (PSS3 and PSS4) genes.esponsible for cytokinin and IAA (indole-3 -acetic acid) production. Using the primers will lelp to develop a new detection techniques of the pathogenic bacterium by PCR. mAC GT -3', PSS 4: 5'- CGG TCG ATG ATG TAG AGC AT -3') kullanılarak sağlanmıştır, u primerler bakterinin patojenisitesi ile ilgili olan IAA (indole-3-acetic acid) ve sitokinin sntezinde görev alan genleri, sırasıyla iaaL (PSS3 ve PSS4) ve ptz (PSS1 ve PSS2) ailerinin nükleotid dizilişlerinden dizayn edilmiştir. Bu çalışmada geliştirilen PCR Sntemiyle patojen bakterinin moleküler olarak kesin tanısı hem P. s. savastanol den elde edilen total genomik DNA' dan hem de direk hücreden sağlanmıştır. Patojenin moleküler karakterizasyonunda bakterinin plazmid içerikleri alkaline lizis öntemi ile tespit edilmiştir. Bunun yanında yine patojen bakterinin moleküler karakterizasyonunda Rep-PCR tekniği ile patojen bakterinin Batı Akdeniz Bölgesinden jplanan izolatlan arasındaki farklılıklar genomik düzeyde ortaya çıkarılmıştır. kNAHTAR KELİMELER: Zeytin, Zeytin Dal Kanseri, P.s. savastanol, PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) JÜRİ Doç. Dr. Hüseyin BASIM (Danışman) Prof. Dr. Oktay YE?EN Doç. Dr. Hatice ÖZAKTAN
Benzer Tezler
- İzmir'de Mustafa Kemal Bulvarı'nın peyzaj mimarlığı açısından etüdü ve peyzaj projesi
Başlık çevirisi yok
ENGİN ALPARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Peyzaj MimarlığıEge ÜniversitesiPeyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÜMİT ERDEM
- Polüsyonun bazı bitki hormonları içeriğine etkileri üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
TACETTİN ÇİMEN
- 5 Cl Pu-Be nötron kaynağı kullanarak aktivasyon analizi ile analizi mümkün olan elementlerin dedeksiyon limitlerinin tespiti
Investigation of the possibility in analysis of elements by activation analysis and determination of detection limits of proposed elements using a 5 Cl Pu-Be neutron source
İSMET ÇELENK