Geri Dön

Neon-A script-based software framework for qerying cellular pathways

Neon-hücresel yatakları sorgulamak için betik tabanlı bir yazılım çerçeve programı

  1. Tez No: 139281
  2. Yazar: GÜRKAN NİŞANCI
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ATTİLA GÜRSOY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: NEON, PATİKA projesi, hücresel yolak, veri ambarı, betik dili kullanarak sorgulama, çerçeve programı, Java, Jython, fonksiyon tabanlı hesaplama. iv, NEON, the PATİKA project, cellular pathway, database, query through scripting, framework, Java, Jython, computing with function. m
  7. Yıl: 2003
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 78

Özet

ÖZET NEON - HÜCRESEL YOLAKLARI SORGULAMAK İÇİN BETİK TABANLI BİR YAZILIM ÇERÇEVE PROGRAMI Gürkan Nişancı Bilgisayar Mühendisliği, Yüksek Lisans Tez Yöneticisi: Yard. Doç. Dr. Attila Gürsoy Ocak, 2003 Hücresel yolak kısaca hücre içerisinde olan olayların gözle okunabilir şekilde soyutlanması olarak tanımlanabilir. PATİKA projesindeki amacımız bol miktar daki hücresel yolak bilgisini ınodellemek ve merkezi bir veri tabanında saklamaktı. Bilimsel veri ambarlarında karşılaşılan ortak bir problem veri içerisindeki çok değerli gizli ilişkilerin kaybedilmesi riskidir. Eğer hücresel yolak bilgilerini incele mek için gerekli sorgu araçları kullanıcılara sağlanamazsa, yeni bilgiler verebilecek bu gizli ilişkiler farkedilemeyebilir. Bu yüzden PATİKA kullanıcılarının sorgu lama sırasında ihtiyaç duyacakları form tabanlı görsel sorgu araçları yapılmıştır. Fakat görsel sorgu araçları var olan sorguların değiştirilebilmesini yada yeni sorgu tiplerinin tanımlanmasını sağlayacak kadar esnek değildir. Aynı zamanda sorguların güçlü bir şekilde ifade edilememesi, kullanıcıları sorgu tanımlamaları sırasında kısıtlamaktadır. Bu tezde PATİKA projesi için geliştirilmiş, yolak verisini bir betik dili kulla narak sorgulayan, gelişmiş bir sorgulama çerçeve programı NEON'u öneriyoruz. NEON, çok bilinen bir betik dili olan Jython'un PATİKA projesiyle entegre bir yazılım ortamı sağlayabilmesi için Java ve Jython'un kaynaşmasıyla oluşacak sis temlerden yararlanır. Çerçeve programı kullanıcılara kendi yazacakları betiklerle veri ambarının istedikleri kısımlarını incelemelerine olanak sağlayacak şekilde es nek tasarlanmıştır. PATİKA sisteminde yapılan testler sonucunda metodolojinin yolak veri tabanında başarıyla çalıştığı ve hücresel yolakların PATİKA ile anal izinde önemli ilerlemelere yol açtığı gözlemlenmiştir.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT NEON - A SCRIPT-BASED SOFTWARE FRAMEWORK FOR QUERYING CELLULAR PATHWAYS Gürkan Nişancı M.S. in Computer Engineering Supervisor: Assist. Prof. Dr. Attila Gürsoy January, 2003 A cellular pathway can be defined briefly as a readable abstraction of events by human happening in the cell. With the PATİKA project, our aim was to model and store vast amount of cellular pathway data in a centralized database. A common problem of every scientific database is the risk of losing highly valuable hidden relations in the data. If appropriate query tools can not be provided to users for analyzing pathway data, these hidden relations can not be detected, which may infer new information. For that reason form-based visual query tools are built to provide querying facility that will be needed by PATİKA users. How ever, queries made with visual tools are not flexible enough to let users modify the existing queries or define new queries to execute on the PATİKA database. Also lack of powerful expression with these tools restricts the users while defining queries. In this thesis we propose an advanced query framework, NEON, which is developed for the PATİKA project for querying cellular pathways by using and extending a scripting language. It utilises a novel integration of the well-known Jython scripting language with the PATİKA project to provide a software en vironment where systems can be developed in a seamless mixture of Java and Jython. The framework is designed flexible enough to enable users analyze any part of the PATİKA database by writing their own query scripts. According to the tests done on the PATİKA system, querying through scripting methodol ogy works fine on our pathway database and more effective analysis of cellular pathways through PATİKA seems to be facilitated.

Benzer Tezler

  1. Değişen üretim-tüketim ilişkileri bağlamında alışveriş merkezlerinin anlamsal ve mekansal dönüşümüne eleştirel bir bakış

    A critical approach to the meaning and spatial transformation of shopping malls, in the context of changing production and comsumption patters in our century

    TÜLİN VURAL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATİLLA YÜCEL

  2. Pressure, gas ratio and operation voltage optimization of a helium-neon laser

    Helyum-neon lazerde; Basınç, gaz oranı ve çalışma voltajı optimizasyonu

    HULUSİ BİROL BİLGİLİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2005

    Fizik ve Fizik MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AKİF ESENDEMİR

  3. The use of laser scanning in the preparation of computerized skin pigmentation and topographic maps

    Derideki renk degişimlerinin ve topografik haritaların bilgisayar yardımı ile oluşturulmasında laser taramasının kullanılması

    GÖKHAN MERT KORAL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1994

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. MEHMET MELEK

  4. Investigation of multisensory behavioral control in zebrafish during target tracking

    Zebra balıklarının hedef izleme sırasında çok duyulu davranışsal kontrolünün incelenmesi

    ORHUN KOÇ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiHacettepe Üniversitesi

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İSMAİL UYANIK

  5. He-Ne laserinin yapımı

    Başlık çevirisi yok

    AKİF ÖZBAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1986

    Fizik ve Fizik MühendisliğiGazi Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ATİLLA ÖZMEN