Neon-A script-based software framework for qerying cellular pathways
Neon-hücresel yatakları sorgulamak için betik tabanlı bir yazılım çerçeve programı
- Tez No: 139281
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: NEON, PATİKA projesi, hücresel yolak, veri ambarı, betik dili kullanarak sorgulama, çerçeve programı, Java, Jython, fonksiyon tabanlı hesaplama. iv, NEON, the PATİKA project, cellular pathway, database, query through scripting, framework, Java, Jython, computing with function. m
- Yıl: 2003
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET NEON - HÜCRESEL YOLAKLARI SORGULAMAK İÇİN BETİK TABANLI BİR YAZILIM ÇERÇEVE PROGRAMI Gürkan Nişancı Bilgisayar Mühendisliği, Yüksek Lisans Tez Yöneticisi: Yard. Doç. Dr. Attila Gürsoy Ocak, 2003 Hücresel yolak kısaca hücre içerisinde olan olayların gözle okunabilir şekilde soyutlanması olarak tanımlanabilir. PATİKA projesindeki amacımız bol miktar daki hücresel yolak bilgisini ınodellemek ve merkezi bir veri tabanında saklamaktı. Bilimsel veri ambarlarında karşılaşılan ortak bir problem veri içerisindeki çok değerli gizli ilişkilerin kaybedilmesi riskidir. Eğer hücresel yolak bilgilerini incele mek için gerekli sorgu araçları kullanıcılara sağlanamazsa, yeni bilgiler verebilecek bu gizli ilişkiler farkedilemeyebilir. Bu yüzden PATİKA kullanıcılarının sorgu lama sırasında ihtiyaç duyacakları form tabanlı görsel sorgu araçları yapılmıştır. Fakat görsel sorgu araçları var olan sorguların değiştirilebilmesini yada yeni sorgu tiplerinin tanımlanmasını sağlayacak kadar esnek değildir. Aynı zamanda sorguların güçlü bir şekilde ifade edilememesi, kullanıcıları sorgu tanımlamaları sırasında kısıtlamaktadır. Bu tezde PATİKA projesi için geliştirilmiş, yolak verisini bir betik dili kulla narak sorgulayan, gelişmiş bir sorgulama çerçeve programı NEON'u öneriyoruz. NEON, çok bilinen bir betik dili olan Jython'un PATİKA projesiyle entegre bir yazılım ortamı sağlayabilmesi için Java ve Jython'un kaynaşmasıyla oluşacak sis temlerden yararlanır. Çerçeve programı kullanıcılara kendi yazacakları betiklerle veri ambarının istedikleri kısımlarını incelemelerine olanak sağlayacak şekilde es nek tasarlanmıştır. PATİKA sisteminde yapılan testler sonucunda metodolojinin yolak veri tabanında başarıyla çalıştığı ve hücresel yolakların PATİKA ile anal izinde önemli ilerlemelere yol açtığı gözlemlenmiştir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT NEON - A SCRIPT-BASED SOFTWARE FRAMEWORK FOR QUERYING CELLULAR PATHWAYS Gürkan Nişancı M.S. in Computer Engineering Supervisor: Assist. Prof. Dr. Attila Gürsoy January, 2003 A cellular pathway can be defined briefly as a readable abstraction of events by human happening in the cell. With the PATİKA project, our aim was to model and store vast amount of cellular pathway data in a centralized database. A common problem of every scientific database is the risk of losing highly valuable hidden relations in the data. If appropriate query tools can not be provided to users for analyzing pathway data, these hidden relations can not be detected, which may infer new information. For that reason form-based visual query tools are built to provide querying facility that will be needed by PATİKA users. How ever, queries made with visual tools are not flexible enough to let users modify the existing queries or define new queries to execute on the PATİKA database. Also lack of powerful expression with these tools restricts the users while defining queries. In this thesis we propose an advanced query framework, NEON, which is developed for the PATİKA project for querying cellular pathways by using and extending a scripting language. It utilises a novel integration of the well-known Jython scripting language with the PATİKA project to provide a software en vironment where systems can be developed in a seamless mixture of Java and Jython. The framework is designed flexible enough to enable users analyze any part of the PATİKA database by writing their own query scripts. According to the tests done on the PATİKA system, querying through scripting methodol ogy works fine on our pathway database and more effective analysis of cellular pathways through PATİKA seems to be facilitated.
Benzer Tezler
- Avmlerin fijital deneyim merkezlerine dönüşümü ve artırılmış gerçeklik tabanlı bir oyunlaştırılmış ortam önerisi:“Forus”
The transformation of the malls to the phygital experience centers and as a gamification framework for ar based phygital retail:“Forus”
ÇAĞIL ÖZALP
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiBilişim Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEMA ALAÇAM
- A web-based decision support system for class-teacher timetabling problem
Sınıf-öğretmen çizelgeleme problemi için web tabanlı karar desteksistemi
AHMET ŞAHİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Şehir ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HATİCE TEKİNER MOĞULKOÇ
- Exploring the factors that affect game production process in casual mobile games
Basit mobil oyunlarda oyun üretim sürecini etkileyen faktörlerin araştırılması
YAVUZ SELİM YAYLA
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiOyun ve Etkileşim Teknolojileri Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. AHMET GÜN
- İki boyutlu sıralı tarama verilerinin işlenmesi ile elde edilen mekanik modellerdeki farklılıkların görüntü işlem prosedürleri kapsamında incelenmesi
Investigation of differences in mechanical models obtained by processing of 2d serial scanning data in the scope of image processing procedures
FİLİZ ALTINTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyomühendislikCelal Bayar Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. B. GÜLTEKİN SINIR
- Çeşitli kalem mürekkeplerinin fiziksel, kimyasal ve biyolojik koşullarda moleküler dönüşümlerinin incelenmesi
Examination of molecular transformations of various pen inks under physical, chemical and biological conditions
FATMA ÇAVUŞ YONAR