Alu insertion polymorphisms in Anatolian Turks
Anadolu Türkleri'nde alu ara-ilave polimorfizimleri
- Tez No: 143161
- Danışmanlar: PROF. DR. TOGAN İNCİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Alu ara-ilave polimorfizmleri, Anadolu, komşu birleştirme ağacı, temel öğeler analizi, ayrışım fonksiyonu analizi, Fst, heterozigotluk ve merkezden uzaklık, Alu insertion polymorphisms, Anatolia, neighbor joining tree, principal component analysis, discriminant function analysis, Fst, heterozygosity vs. distance from centroid
- Yıl: 2003
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyolojik Bilimler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 116
Özet
Bu çalışmada on otozomal Alu ara-ilave polimorfizimleri (ACE, APO, A25, B65, Dİ, FXHIB, HS4.32, HS4.69, PV92 and TPA25) Anadolu'dan birbiri ile akraba olmayan yaklaşık 100 bireyde incelenmiştir. Alu ara-ilave polimorfizimlerinin insan evrimi çalışmalarında, diğer nükleer DNA polimorfizimlerine kıyasla birçok avantajı vardır. On Alu ilavelerinin Anadolu'daki frekansları hesaplanmış ve hepsi de Hardy- Weinberg (H-W) dengesinde bulunmuştur (p>0.05). Bu çalışmanın sonuçlarını daha önce dünya çapında yapılan çalışmaların sonuçlan ile birleştirerek, her populasyon çifti arasındaki genetik uzaklık (Nei'nin Da) hesaplanmış ve komşu birleştirme ağaçları çizilmiştir. Genel olarak, coğrafi olarak yakın populasyonlann genetik olarak da benzer olduğu görülmüştür. Temel öğeler analizi uygulandığında Anadolu'nun Avrupa grubunda olduğu bulunmuştur. Bu analiz sonucunda, FXIIIB, PV92 ve ACE değişkenlerinin populasyonlar arası varyasyonu açıklamada en çok katkısı olan değişkenler oldukları sonucu ortaya çıkmıştır. Ek olarak, ayrışım fonksiyonu analizi sonucunda ise, populasyon grupları için en ayırt edici genetik işaretlerin PV92, Dİ, ACE ve HS4.32 oldukları görülmüştür. Anadolu ve verisi mevcut olan bazı populasyonlar arasında ikili Fst değerleri hesaplanmıştır. Sonuç olarak, isviçre ve Fransız Akadyan populasyonları ve Anadolu arasında istatistiksel olarak anlamsız değerler elde edilmiştir. Son olarak, heterozigotluk ve merkezden uzaklık grafiği çizildiğinde, Anadolu ve Hindistan-Hindu populasyonlarının heterozigotluk değerlerinin Harpending ve Ward (1982) modeline göre beklenen değerler oldukları gözlenmiştir.
Özet (Çeviri)
In the present study; ten autosomal human-specific Alu insertion polymorphisms; ACE, APO, A25, B65, Dl, FXHIB, HS4.32, HS4.69, PV92 and TPA25 were analyzed in approximately 100 unrelated individuals from Anatolia. Alu insertion polymorphisms offer several advantages over other nuclear DNA polymorphisms for human evolution studies. The frequencies of the ten biallelic Alu insertions in Anatolians were calculated and all systems were found to be in Hardy-Weinberg equilibrium (p>0.05). By combining the results of this study with results of previous studies done on worldwide populations, the genetic distance (Nei's Da) between each pair of inpopulations was calculated and neighbor joining trees were constructed. In general, geographically closer populations were found to be also genetically similar. Principal component analysis (PCA) was performed and Anatolia was found to be in the European cluster. As a result of PCA; it was concluded that FXIIIB, PV92 and ACE were the variables contributing the most to the explanation of the variation between the populations. Additionally; canonical variates analysis (CVA) concluded that the most discriminative markers for the groups of populations were PV92, Dl, ACE and HS4.32. Pair-wise Fst values were also calculated between Anatolians and some of the populations for which the data was available. It was concluded that, Anatolians have non-significant pair-wise Fst values with Swiss and French Acadian populations. Lastly, heterozygosity vs. distance from centroid graph was constructed and it was found that Anatolians and India-Hindu had exactly the expected heterozygosity value predicted by the model of Harpending and Ward (1982).
Benzer Tezler
- 9-bp deletion, alu insertion and microsatellite polymorphisms in Anatolia and Central Asian Turks
Anadolu'da ve Orta Asya Türklerinde 9-bç kaybı (deletion), alu ara-ilave (insertion) ve mikrosatelit polimorfizmleri
SERAL İÇENER
Yüksek Lisans
İngilizce
2001
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Alu insertion polymorphisms in Anatolia
Anadolu'da alu insersiyon polimorfizmleri
FİLİZ ÖZBAŞ GERÇEKER
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyolojik Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İNCİ TOGAN
- An extended study on the Alu insertion polymorphisms in Anatolian human population
Anadolu insan topluluğunda Alu-Ara ilave çeşitliliği üzerine genişletilmiş çalışma
CERAN ŞEKERYAPAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2005
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. İNCİ TOGAN
- Genetic study of the progesterone receptor for infertile in Iraqi women
Iraklı kısır kadınlar için progesteron reseptörünün genetik çalışması
ALAA ALI LAFTA AL-ASADI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGÜR KUZUKIRAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ WAFAA SABRİ MAHOOD
- Pulmoner embolide ACE gen polimorfizmi sıklığı
The frequency of ACE gen polymorhism in pulmonary embolism
BUKET ALTINOK
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NEJAT AKAR