Prediction of protein subcellular localization based on primary sequence date
Birincil dizi veri temelli protein hücre içi yer belirleme tahmini
- Tez No: 143593
- Danışmanlar: DOÇ. DR. VOLKAN ATALAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: hücre içi yer belirleme, protein sıralama, kümelendirme, sınıflandırma, subcellular localization, protein sorting, clustering, classification
- Yıl: 2003
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 72
Özet
Proteinlerin işlevlerinin belirlenmesinde hücre içi yer belirleme çok önemlidir. Bu çalışmada, ökaryotik canlılarda, amino asit sırası kullanılarak amino asit birincil dizi içeriği temelli, protein hücre içi yer belirlenmesi için, P2SL adında, yeni bir sistem tasarlanmıştır. Tahmin yaklaşımı, öz düzenlemeli haritalara dayananarak verilen bir sınıfta her protein için, en yaygın motifleri bulmak ve bunları,öznitelik olarak kullanarak çok katmanlı perseptronların yardımıyla sınıflandırmaktır. Bu yaklaşım dizi uzunluğundan bağımsız bir sınıflandırmaya izin vermektedir. Bunlara ek ve daha önemlisi, kabul edilebilir nokta muta- syon (PAM) değiştirme matrisi temelli, biyolojik işlevi muhafaza eden, yeni bir kodlama planı kullanımı tarif edilmektedir. Dört sınıflı bir problemde, sis temin istatistiksel test sonuçları sunulmaktadır. P2SL, benzer çalışmalardan biraz daha yüksek tahmin doğruluğuna ulaşmıştır.
Özet (Çeviri)
Subcellular localization is crucial for determining the functions of proteins. A system called prediction of protein subcellular localization (P2SL) that predicts the subcellular localization of proteins in eukaryotic organisms based on the amino acid content of primary sequences using amino acid order is designed. The approach for prediction is to find the most frequent motifs for each pro tein in a given class based on clustering via self organizing maps and then to use these most frequent motifs as features for classification by the help of multi layer perceptrons. This approach allows a classification independent of the length of the sequence. In addition to these, the use of a new encod ing scheme is described for the amino acids that conserves biological function based on point of accepted mutations (PAM) substitution matrix. The statistical test results of the system is presented on a four class problem. P2SL achieves slightly higher prediction accuracy than the similar studies.
Benzer Tezler
- Prediction of protein subcellular localization using global protein sequence feature
Evrensel protein dizi özelliğinin kullanılarak protein hücresel sınıflandırılmasının tahmini
BURÇİN BOZKURT
Yüksek Lisans
İngilizce
2003
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VOLKAN ATALAY
- Computational prediction of protein subcellular localization and function
Protein içi hücre içi konum ve fonksiyonlarının işlemsel yöntemlerle tahmini
MUTLU DOĞRUEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2002
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSabancı ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
- Multi-view subcellular localization prediction of human proteins
İnsan proteinlerinin çoklu görünüm yoluyla hücre içi yerleşimlerinin tahmini
GÖKHAN ÖZSARI
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET VOLKAN ATALAY
- A classification system for the problem of protein subcellular localization
Proteinlerin hücre içi yerleşimlerini bulmak için bir sınıflandırma sistemi
GÖKÇEN ALAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VOLKAN ATALAY
YRD. DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Pattern search in pathogenic bacterial proteins for localization and secretory systems
Patojenik bakteriyel proteinlerde salgı sistemleri için örüntüler aranması
ORHAN ÖZCAN
Doktora
İngilizce
2015
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
DOÇ. DR. TOLGA CAN