Batı Akdeniz bölgesinde domates bakteriyel öz nekrozu hastalığında sebep olan Pseudomonas corrugata ve Pseudomanos mediterranea izolatlarının elde edilmesi, multiplex-PCR ve real time PCR (RT-PCR) ile hızlı tanıları
Obtaining and rapid identification of Pseudomonas corrugate and Pseudomonas mediterranea isolates, causal agents of tomato pith necrosis disease in western mediterranean region by multiplex-PCR and real-time PRC
- Tez No: 169835
- Danışmanlar: DOÇ.DR. HÜSEYİN BASIM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Domates, Domates öz nekrozu, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas mediterranea, Multiplex-PCR, Tomato, tomato phh necrosis, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas mediterranea, Multiplex-PCR
- Yıl: 2005
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET BATI AKDENİZ BÖLGESİNDE DOMATES BAKTERİYEL ÖZ NEKROZU HASTALIĞINA SEBEP OLAN Pseudomonas corrugata ve Pseudomonas mediterranea İZOLATLARININ ELDE EDİLMESİ, MULTIPLEX-PCR VE REAL TIME PCR (RT-PCR) İLE HIZLI TANILARI SAFİNAZ YILMAZ Yüksek Lisans Tezi, Bitki Koruma Anabilim Dalı Danışman: Doç. Dr. Hüseyin BASIM Eylül 2005, 54 sayfa Batı Akdeniz Bölgesinde önemli bir tarım ürünü olan domates bitkisinde ciddi ekonomik kayıplara yol açan domates öz nekrozu hastalığına sebep olan Pseudomonas corrugata ve Pseudomonas mediterranea' nm izolatları elde edilmiş. Multiplex-PCR ve Real- Time PCR yöntemleriyle kesin ve hızlı tanıları gerçekleştirilmiştir. Batı Akdeniz Bölgesinde domates yetiştiriciliği bakımından önemli bir potansiyele sahip olan Antalya ili ve çevresine (Aksu, Serik, Manavgat, Alanya, Gazipaşa, Finike ve Kumluca) yapılan sörveylerle öz nekrozu hastalığı simptomları gösteren domates bitki materyalleri toplanmıştır. Hastalıklı bitki materyallerinden bakterilerin izolasyonlarında Nutrient Agar (NA) ve King's B besi ortamları kullanılmış ve 27 °C de 3-5 gün inkübasyona bırakılarak bakteriyel koloniler elde edilmiştir. Hastalık etmeni bakterilerin tanısı, Nutrient Sakkaroz Agar (NSA) ortamında levan oluşumu, oksidaz testi, patates testi, arginini dihidrolaz testi ve tütünde hypersensitif reaksiyon testini içeren LOPAT testleri uygulanmıştır. Biyokimyasal testlerle tanısı yapılan hastalık etmenlerinin patojenisite testleri sağlıklı domates bitkileri kullanılarak yapılmıştır.Pseudomonas corrugata izolatlarının kesin tanılan PC5-I ve PC5-II primerleri, Pseudomonas mediterranea izolatlarının kesin tanılan ise PC1-I ve PCI-II primerleri kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemiyle yapılmıştır. P. corrugata ve P. meditteraned' nm hızlı tanılan Multiplex-PCR ve Real-Time PCR teknikleriyle yapılmıştır. Bu çalışmada geliştirilen Multiplex-PCR ve Real-Time-PCR yöntemleriyle patojen bakterilerin moleküler tanılan, hem direkt P. corrugata ve P. mediterranea hücrelerinden hem de hastalıklı bitki dokularından sağlanmıştır. Optimizasyon çalışmalan sonucunda elde edilen Real-Time PCR yöntemiyle P. corrugata ve P. Mediterranea'nın moleküler düzeyde tespitleri sırasıyla 1.8x1 02 hücre/ml ve 1.6x1 02 hücre/ml hassasiyette ve çok kısa sürede (30-45 dakika) yapılabilmiştir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT OBTAINING AND RAPID IDENTIFICATION OF Pseudomonas corrugata and Pseudomonas mediterranea ISOLATES, CAUSAL AGENTS OF TOMATO PITH NECROSIS DISEASE IN WESTERN MEDITERRANEAN REGION BY MULTIPLEX-PCR AND REAL-TIME PCR SAFINAZ YILMAZ M.S. In Plant Protection Adviser: Doç. Dr. Hüseyin BASIM September 2005, 54 Pages Pseudomonas corrugata and Pseudomonas mediterranea isolates, causal agents of tomato pith necrosis disease causing serious economical yield losses on tomato, an important agricultural product in Western Mediterranean Region were obtained and their certain and rapid identification were done by Multiplex-PCR and Real-Time PCR. Tomato plant materials showing pith necrosis symptoms were collected by- surveying to Antalya province and surrounding areas (Aksu, Serik, Manavgat, Alanya, Gazipaşa, Finike ve Kumluca) having an important potential in terms of tomato production in Western Mediterranean Region. Nutrient Agar (NA) and King's B culture media were used for the bacterial isolations from the diseased plant materials, and the bacterial colonies were obtained by incubating at 27 °C for 3-5 days. The identification of the bacteria were done by performing LOPAT tests including levan occurrence on NSA medium, oxidase test, potato test, arginine dihydrolaze test and HIhypersensitive reaction test on tobacco plant. Pathogenicity tests were done by using heafry tomato plants. Polymerase Chain Reaction (PCR) using primers, PC5-I/PC5-H and PCI-I/PCMI were used for certain identification of P. corrugata and P. mediterrane, respectively. Rapid identifications of P. corrugata and P. mediterranea were done by Multipfex- PCR and Real-Time PCR techniques. P. corrugata and P. mediterranea were rapidly identified from both direct cells and diseased plant tissues by using the methods developed in this study. Molecular identifications of P. corrugata and P. mediterranea were done in the sensitivity of a 1.8xl02 cell/ml and 1.6xt02 cell/ml, respectively, and very short time period (30-45 min.) by optimized Real-Time PCR method.
Benzer Tezler
- İzmir'de Mustafa Kemal Bulvarı'nın peyzaj mimarlığı açısından etüdü ve peyzaj projesi
Başlık çevirisi yok
ENGİN ALPARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Peyzaj MimarlığıEge ÜniversitesiPeyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÜMİT ERDEM
- Polüsyonun bazı bitki hormonları içeriğine etkileri üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
TACETTİN ÇİMEN
- 5 Cl Pu-Be nötron kaynağı kullanarak aktivasyon analizi ile analizi mümkün olan elementlerin dedeksiyon limitlerinin tespiti
Investigation of the possibility in analysis of elements by activation analysis and determination of detection limits of proposed elements using a 5 Cl Pu-Be neutron source
İSMET ÇELENK