Türkiye'deki yerli sığır ırklarının mikrosatellit DNA markırlarla genetik karakterizasyonu
The genetic characterization of Turkish native cattle breeds using micrisatellite DNA markers
- Tez No: 169975
- Danışmanlar: PROF.DR. NUMAN ÖZCAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Zooloji, Zoology
- Anahtar Kelimeler: Mikrosatellit, genetik karakterizasyon, Türk yerli sığır ırkları, soyağacı, F-istatistiği, Microsatellite, genetic characterization, Turkish native cattle breeds, phylogeny, F-statistics II
- Yıl: 2005
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
oz DOKTORA TEZİ TÜRKİYE'DEKİ YERLİ SIĞIR IRKLARININ MİKROSATELLİT DNA MARKTRLARLA GENETİK KARAKTERİZASYONU Adem ALTINALAN ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ZOOTEKNİ ANABİLİM DALI Danışman : Prof. Dr. Numan ÖZCAN Yıl : 2005, Sayfa: 175 Jüri :Prof Dr. Numan ÖZCAN Prof. Dr. Kemal ÖZKÜTÜK Prof. Dr. Mehmet TOPAKTAŞ Prof. Dr. Yüksel BEK Prof. Dr. Zeynel CEBECİ Bu çalışmanın amacı, sığıra özel 26 adet mikrosatellit markın kullanarak, dört Türk yerli sığır ırkı ve bir kültür sığır ırkı arasındaki genetik ilişkileri kurmak ve sahip oldukları genetik varyasyonu ortaya koymaktır. Bu nedenle Yerli Kara (YK), Boz Irk (BI), Güney Sarı-Kırmızısı Kilis (GSK) ve Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK) yerli sığırlar ile kültür sığır ırkı Siyah Alaca (SA) (kontrol) popülasyonlarından toplam 113 farklı DNA örneği popülasyon içi ve popülasyonlar arası genetik çeşitlilik indekslerini tahmin etmek üzere genotiplendirilmiştir. Ortalama allel sayılan YK'da 12.12, Bl'ta 13.27, GSK'da 11.65, DAK'ta 12.77 ve SA'da 11.04 olarak belirlenmiştir. Tüm lokuslar ve popülasyonlar için gözlenen ortalama heterozigotluk ile genetik çeşitlilik düzeyleri, sırasıyla 0,45(±0,26) ve 0,87(±0,059) olarak hesaplanmıştır. Ortalama akrabalı yetiştirme katsayısı (Fıs) ve standart hatası da Jackknife işlemi ile 0,497(±0,046) olarak belirlenmiştir. Mikrosatellit lokusları için Hardy- Weinberg dengesinden sapma heteroj enliği, ne lokuslar içi popülasyonlar arası, ne de popülasyon içi lokuslar arası bir farklılık göstermemiştir. Yaklaşık 5000'lik permütasyon testi ile elde edilen popülasyonlar arası standardize varyans değerleri (Fst) sıfırdan önemli bir şekilde farklı bulunmuştur (p<0,001). Komşu birleştirme soyağaçları ve faktöriyel birleştirme analizi ile Anadolu ırkları birlikte özgün küme oluşturmuşlardır. YK ve GSK ırkları birbirlerine yakın belirlenirken, SA ırkı ise BI ve DAK hariç diğer ırklardan oldukça farklı bir konumda yer almıştır. Irklar arasındaki genetik farklılıklar, kendi coğrafik ve tarihi geçmişleri ile uyumlu bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT PhD THESIS THE GENETIC CHARACTERIZATION OF TURKISH NATIVE CATTLE BREEDS USING MICRISATELLITE DNA MARKERS Adem ALTINALAN DEPARTMENT OF ANIMAL SCIENCE INSTITUTE OF NATURAL AND APPLIED SCIENCES ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ Supervisor : Prof. Dr. Numan ÖZCAN Year : 2005, Pages: 175 Jury : Prof. Dr. Numan ÖZCAN Prof. Dr. Kemal ÖZKÜTÜK Prof. Dr. Mehmet TOPAKTAŞ Prof. Dr. Yüksel BEK Prof. Dr. Zeynel CEBECİ The aim of the present study was to assess the genetic variation and establish the relationship among the four Turkish indigenous cattle breeds and one exotic breed using 26 bovine-specific microsatellite markers. A total 113 unrelated DNA samples from Anatolian Black (ABİ), Turkish Grey (TGy), South Anatolian Red Kilis (SARKi), East Anatolian Red (EAR) and Holstein (His) (control) breeds of cattle were genotyped to estimate within and between breed genetic diversity indices. The estimated mean allelic diversity was 12.12, 13.27, 11.65, 12.77, and 11.04 in ABİ, TGy, SARKi, EAR and His respectively. The average observed heterozygosity and gene diversity over all loci was 0,45(±0,26) and 0,87(±0,059) respectively. The average of inbreeding coefficient (Fıs) was also 0,497 Jackknifing over all loci. Heterogeneity of deviations from Hardy- Weinberg equilibrium for the microsatellites showed no differences for among loci within population as compared with among population within loci. All Fst values between pairs of breeds were significantly different from zero (p<0,001) after 5000 permutation test. Neighbour- Joining trees and FCA (Factorial Correspondence of Analysis) showed that Anatolian breeds tend to cluster together. ABİ and SARKi breeds were closely related, whereas the His was highly differentiated from all breeds except TGy and EAR breeds. The genetic differences among breeds were in accordance with their geographical and historical origuis.
Benzer Tezler
- Türkiye'de yetiştirilen yerli ve kültür sığır ırklarının genetik yapılarının mikrosatelitler ile incelenmesi
An investigation on genetic structure of native and cultural cattle breeds in Turkey by using microsatellite markers
EMEL ÖZKAN
- Türkiye'de yetiştirilen yerli sığır ve siyah alaca sığır ırklarında Brachyspina sendromu ve kolesterol eksikliği genetik kusurlarının belirlenmesi
Determination of Brachyspina syndrome and cholesterol deficiency as a genetic disorders in cattle populations reared in Turkey
KÜBRA BEDİR DİBIÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
ZiraatAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN MEYDAN
- Türkiye'de kültür, melez ve yerli sığır ırklarına ait süt verimlerinin çok değişkenli varyans analizi (MANOVA) ile incelenmesi
Investigation of milk yield from cultural, cross-bred and native cattle breeds in Turkey by multivariate analysis of variance (MANOVA)
GAMZE AZAK
- Yerli kara sığır ırkında hastalıklara direnç ilişkili lokusların moleküler genetik analizi
Molecular genetic analysis of loci associated with resistance to diseases in anatolian black cattle
FERİT CAN YAZDIÇ
Doktora
Türkçe
2017
GenetikKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SAİT EKİNCİ
- Doğu Anadolu Kırmızısı, Güney Anadolu Kırmızısı ve Boz ırk sığırlarda büyüme hormonu reseptör geni polimorfizmlerinin belirlenmesi
Determination of growth hormone receptor gene polymorphisms in East Anatolian Red cattle, South Anatolian Red cattle and Turkish Grey cattle
IRAZ AKIŞ
Doktora
Türkçe
2009
Biyokimyaİstanbul ÜniversitesiVeterinerlik Biyokimyası Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET MENGİ