Geri Dön

Cloning of the Scytalidium thermophilum bifunctional catalase/phenol oxidase gene and expression in Aspergillus sojae

Scytalidium thermophilum çift aktiviteli katalaz/fenoloksidaz geninin klonlanması ve Aspergillus sojae'de heterolog ifadesi

PDF İndir

  1. Tez No: 177578
  2. Yazar: HATİCE ÖZLEM ERÇİN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. UFUK BAKIR, PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2008
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 126

Özet

Scytalidium thermophilum, termofilik bir küf olup yemeklik mantar olan Agaricus bisporus'un üretilmesinde verimi artırıcı önemli bir role sahiptir. Laboratuvarımızda daha önce yapılan çalışmalara göre, Scytalidium thermophilum diğer fenol oksidazlarda görülmeyen bazı farklı özelliklere sahip yeni bir hücre dışı fenol oksidaz (STEP) üretmektedir. Daha sonra yapılan çalışmalar sonucunda, S. thermophilum hücre dışı fenol oksidaz enziminin aslında bir katalaz olduğu, bunun yanında da fenol oksidaz aktivitesine sahip olduğu belirlenmiştir.Bu çalışmada, daha sonra yapılacak olan yönlendirilmiş mutasyon çalışmaları için Scytalidium thermophilum çift aktiviteli katalaz/fenol oksidaz enzimini kodlayan genin klonlanması ve Aspergillus sojae' de heterolog olarak üretimi amaçlanmıştır. Scytalidium thermophilum katalaz geni ilk olarak E.coli XL1 Blue MRF' e klonlanmış, daha sonra Aspergillus sojae ATCC11906' de heterolog olarak ifade edilmiştir. Bu amaçla, sinyal peptit ve pro-peptit bölgesini dışarıda bırakacak şekilde, genin başından ve sonundan tasarlanan spesifik primerler vasıtasıyla katalaz geninin amplifikasyonu gerçekleştirilmiştir. Elde edilen parçalar E.coli XL1 Blue MRF'e klonlanmış ve klonlanan gen catpo olarak adlandırılmıştır. Dizilim analizi sonucunda, catpo geninin kodladığı amino asit dizilimindeki 10 amino asidin, daha önce Novo Nordisk tarafından klonlanmış olan Scytalidium katalaz geninin kodladığı amino asit diziliminden farklı olduğu belirlenmiştir. Daha sonra, 681 amino asitten oluşan olgun proteini kodlayan catpo geni, pAN52-4 ekspresyon vektörlerine aktarılmış ve elde edilen rekombinant plazmidin Aspergillus sojae ATCC11906 suşuna transformasyonu gerçekleştirilmiştir. Aspergillus niger glukoamilaz geninin sinyal peptit bölgesi altına takılan catpo geninin, Aspergillus nidulans gliseraldehit-3-fosfat dehidrogenaz promotörü kontrolünde heterolog ekpresyonu tanımlanmıştır. Aspergillus sojae transformantlarında katalaz aktivitesi 13206 U/g değerine ulaşmıştır, fakat bu değer gen donörü olan Scytalidium thermophilum'un katalaz aktivitesinden daha düşüktür.

Özet (Çeviri)

Scytalidium thermophilum is a thermophilic fungus with an important role in the composting process of mushroom cultivation. An extracellular phenol oxidase of Scytalidium thermophilum (STEP) with novel features was previously studied in our laboratory. This enzyme later turned out to be a catalase having phenol oxidase activity.The aim of this study was to clone Scytalidium thermophilum bifunctional catalase/phenol oxidase encoding gene and express the gene in Aspergillus sojae for future site directed mutagenesis studies. Scytalidium thermophilum catalase gene was first cloned into E. coli XL1 Blue MRF? and then heterologously expressed in Aspergillus sojae ATCC11906. For that aim, the catalase gene was amplified using specific primers, excluding the signal and pro-peptide coding regions and amplified fragment was then cloned into E.coli XL1 Blue MRF? and sequenced. It was observed that the cloned gene, named as catpo, was 10 amino acids different from the amino acid sequence of the S.thermophilum catalase gene formerly cloned by Novo Nordisk. The catpo gene encoding a mature protein of 681 amino acids was then ligated onto expression vector pAN52-4 and the recombinant plasmid was transformed into Aspergillus sojae ATCC11906. Heterologous expression was observed under the control of the glyceraldehydes 3-phosphate dehydrogenese promoter of Aspergillus nidulans and the secretion signal of the glucoamylase gene of Aspergillus niger. Catalase activity of the transformants reached at a level of 13206 U/g at the end of the fourth day of cultivation. However, this is still lower than the catalase activity of the gene donor strain of Scytalidium thermophilum.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    255456

    Functional and structural analysis of catalase-phenol oxidase from Scytalidium thermophilum

    Scytalidium thermophilum katalaz-fenol oksidazının fonksiyonel ve yapısal analizi

    YONCA YÜZÜGÜLLÜ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİCHAEL J. MCPHERSON

    PROF. DR. ZÜMRÜT B. ÖGEL

  2. Tez No

    166993

    PCR cloning and heterologous expression of scytalidium thermophilum laccase gene in aspergillus sojae

    Scytalidium thermophilum lakkaz geninin PCR tekniği ile klonlanması ve Aspergillus Sojae'de heterolog ekspresyonu

    GÜLDEN KOÇLAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2005

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖĞEL

    PROF. DR. UFUK BAKIR

  3. Tez No

    411987

    Klon ve normal sığır embriyo plasentalarında insülin benzeri büyüme faktör-ı (IGF-I), vasküler endotelyal büyüme faktör (VEGF) ve nöronal hücre adhezyon molekül (NCAM) ekspresyonun immunositokimyasal ve moleküler tekniklerle incelenmesi

    Evaluation of expression of insulin-like growth factor-i (IGF-I), vascular endothelial growth factor (VEGF) and neuronal cell adhesion molecule (NCAM) by immunocytochemical and molecular techniques in cloned and normal bovine placentas

    FATİH KARAKAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyoteknolojiKocaeli Üniversitesi

    Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKKI DALÇIK

    PROF. DR. SEZEN ARAT

  4. Tez No

    420044

    Leishmania donovanı yüzey gp63 geninin klonlanması ve IL-12 ile formülasyonu

    Cloning of the leishmania donovani surface gp63 gene and formulation with IL-12

    ARZUV CHARYYEVA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    ParazitolojiErciyes Üniversitesi

    Parazitoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜLEYMAN YAZAR

  5. Tez No

    942080

    Kırmızı floresan protein geninin klonlanması ve Cereibacter sphaeroides O.U.001'de ekspresyonu

    Cloning of the red fluorescent protein gene and its expression in Cereibacter sphaeroides O.U.001

    AYŞENUR ALTINKAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    GenetikNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÖKHAN KARS

Geri Dön