Geri Dön

Tatlısu balıklarında hemorajik septisemiye neden olan Aeromonas hydrophila'nın 16S rDNA RFLP ve RAPD analizleri ile identifikasyonu

The identification of Aeromonas hydrophila associated with hemorraghic septicemia in freshwater fish by 16S rDNA RFLP and RAPD analysis

  1. Tez No: 178123
  2. Yazar: ESRA FATMA DENİZCİ
  3. Danışmanlar: PROF.DR. GÜLŞEN TİMUR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Su Ürünleri, Aquatic Products
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 80

Özet

Bu çalısma, tatlısu balıklarında hemorajik septisemiye neden olan Aeromonas hydrophila'nın teshisinde kullanılan ve fazla zaman alıcı klasik bakteriyolojik teshis yöntemleri yerine, hızlı ve duyarlı olan moleküler teshis metotlarından 16S rDNA restriksiyon fragment uzunluk polimorfizm (RFLP) ve rastgele çogaltılmıs polimorfik DNA (RAPD) analizlerinin kullanılması ve bu suretle hastalıgın çok daha kısa bir sürede teshis edilebilmesi amacı ile yürütülmüstür. Bu amaçla, gökkusagı alabalıgından ve çesitli akvaryum balıklarından izole edilen 12 adet Aeromonas hydrophila susunun önce konvensiyonel bakteriyolojik yöntemler ile identifikasyonu yapılmıstır. ncelenen balıklarda vücudun yan yüzeylerinde, agız içinde, yüzgeç diplerinde hemoraji, vücut üzerinde ülseratif hemorajik lezyonlar, solungaçlarda solgunluk, viseral organlarda hemoraji ve dalakta hipertrofi gibi hareketli aeromonad septisemiye özgü klinik ve otopsi bulguları gözlenmistir. Daha sonra, yurt dısından getirilen referans sus ve izole edilen Aeromonas hydrophila suslarından Roche DNA izolasyon kiti kullanılarak DNA izole edilmistir. 16S rDNA RFLP (Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizm) analizi için özgün primerler kullanılarak öncelikle PCR reaksiyonu gerçeklestirilmistir. DNA'nın restriksiyon endonükleazları ile kesimi için; elde edilen amplifikasyon ürünleri üzerine AluI ve MboI restriksiyon endonükleazları eklenerek 37°C`de 3 saat inkübe edilmistir. Aeromonas hydrophila suslarının RAPD (Rastgele Çogaltılmıs Polimorfik DNA) analizi 3 farklı primer kullanılarak gerçeklestirilmistir. Restriksiyon enzim reaksiyon karısımı ve RAPD çogaltım ürünleri %2,5'lük agaroz jel elektroforezinde yürütülmüstür. Elektroforez sonrasında, agaroz jel etidyum bromür ile boyanarak UV transilluminator altında incelenmistir. Bütün susların aynı RFLP profilleri gösterdigi tespit edilerek, suslar Aeromonas hydrophila olarak identifiye edilmistir. Aeromonas hydrophila suslarının RAPD profilleri ise suslar arasında farklılık göstermistir. Bu bulgular Aeromonas hydrophila susları arasındaki genetik çesitliligi ortaya çıkarmıstır.

Özet (Çeviri)

The aim of this study was to identify Aeromonas hydrophila associated with hemorraghic septicemia in freshwater fish by rapid and sensitive 16S rDNA RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) and RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) analysis instead of time-consuming conventional bacteriological methods. For this purpose, 12 Aeromonas hydrophila strains isolated from diseased cultured rainbow trout and various aquarium fish were identified by conventional bacteriologic methods. The majority of the fish that examined had haemorrhages on the body surface, in the mouth and at the base of fins, pale gills, enlarged spleen and haemorrhages in the visceral organs. DNA of isolated Aeromonas hydrophila strains and referance strain was extracted by using DNA Purification Kit (Roche Inc.) according to the manufacturer?s protocol. PCR for 16S rDNA RFLP analysis was performed by using specific primers. Enzymatic digestion were performed by incubating the amplication products with MboI and AluI at 37ºC for 3 hours. The RAPD analysis of Aeromonas hydrophila strains were performed using three primers. Aliquot of restriction reaction mixture and amplified RAPD DNA fragments were electrophoresed on a 2,5% agarose gel. After electrophoresis, gels were stained with ethidium bromide, examined and photographed under a UV transilluminator. All strains showed the same RFLP pattern and identified as Aeromonas hydrophila. On the other hand, the RAPD profiles of Aeromonas hydrophila differed between isolates. This findings reveal genetic variety in Aeromonas hydrophila strains

Benzer Tezler

  1. Viral hemorajik septisemi virusunun (vhsv) fenotipik karakterinin virulans üzerine etkisinin araştırılması

    Research of the viral hemorrhagic septisemia virus (vhsv) phenotypic characteristics effect on virulence

    YASEMİN ÇİÇEK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Veteriner HekimliğiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Viroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HARUN ALBAYRAK

  2. Nil tilapyalarında (oreochromis niloticus) deneysel aeromonas hydrophila enfeksiyonundaki (bakteriyel hemorajik septisemi) patolojik bulgular

    Pathological findings in nile tilapia (oreochromis niloticus)experimentally infected by aeromonas hydrophila (bacterial haemorrhagic septicaemia)

    BANU YARDIMCI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    PatolojiAnkara Üniversitesi

    Patoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. YILMAZ AYDIN

  3. Ege bölgesinde kültürü yapılan deniz balıklarından izole edilen lıstonella anguıllarum (Vıbrıo anguıllarum)izolatlarının patojenite durumunun multiplex pcr yöntemiyle araştırılması

    Investigation of the pathogenicity status of the listonella anguillarum (Vibrio anguillarum) isolates from marine fish cultured in the aegean region with multiplex pcr

    MERİÇ LÜTFİ AVSEVER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    GenetikEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CEMAL ÜN

  4. Ankara yöresindeki tatlısu balıklarında görülen helmint enfeksiyonları

    Infection of helminths in freshwater fish seen in the region of Ankara

    SİBEL ERKUL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Parazitoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET DOĞANAY

  5. Sapanca bölgesindeki derelerde balık parazitlerinin belirlenmesi

    Determination of fish parasites in Sapanca district rivers

    EBRU YAZICI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Su Ürünleriİstanbul Üniversitesi

    Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET AKMIRZA