Tatlısu balıklarında hemorajik septisemiye neden olan Aeromonas hydrophila'nın 16S rDNA RFLP ve RAPD analizleri ile identifikasyonu
The identification of Aeromonas hydrophila associated with hemorraghic septicemia in freshwater fish by 16S rDNA RFLP and RAPD analysis
- Tez No: 178123
- Danışmanlar: PROF.DR. GÜLŞEN TİMUR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Su Ürünleri, Aquatic Products
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Bu çalısma, tatlısu balıklarında hemorajik septisemiye neden olan Aeromonas hydrophila'nın teshisinde kullanılan ve fazla zaman alıcı klasik bakteriyolojik teshis yöntemleri yerine, hızlı ve duyarlı olan moleküler teshis metotlarından 16S rDNA restriksiyon fragment uzunluk polimorfizm (RFLP) ve rastgele çogaltılmıs polimorfik DNA (RAPD) analizlerinin kullanılması ve bu suretle hastalıgın çok daha kısa bir sürede teshis edilebilmesi amacı ile yürütülmüstür. Bu amaçla, gökkusagı alabalıgından ve çesitli akvaryum balıklarından izole edilen 12 adet Aeromonas hydrophila susunun önce konvensiyonel bakteriyolojik yöntemler ile identifikasyonu yapılmıstır. ncelenen balıklarda vücudun yan yüzeylerinde, agız içinde, yüzgeç diplerinde hemoraji, vücut üzerinde ülseratif hemorajik lezyonlar, solungaçlarda solgunluk, viseral organlarda hemoraji ve dalakta hipertrofi gibi hareketli aeromonad septisemiye özgü klinik ve otopsi bulguları gözlenmistir. Daha sonra, yurt dısından getirilen referans sus ve izole edilen Aeromonas hydrophila suslarından Roche DNA izolasyon kiti kullanılarak DNA izole edilmistir. 16S rDNA RFLP (Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizm) analizi için özgün primerler kullanılarak öncelikle PCR reaksiyonu gerçeklestirilmistir. DNA'nın restriksiyon endonükleazları ile kesimi için; elde edilen amplifikasyon ürünleri üzerine AluI ve MboI restriksiyon endonükleazları eklenerek 37°C`de 3 saat inkübe edilmistir. Aeromonas hydrophila suslarının RAPD (Rastgele Çogaltılmıs Polimorfik DNA) analizi 3 farklı primer kullanılarak gerçeklestirilmistir. Restriksiyon enzim reaksiyon karısımı ve RAPD çogaltım ürünleri %2,5'lük agaroz jel elektroforezinde yürütülmüstür. Elektroforez sonrasında, agaroz jel etidyum bromür ile boyanarak UV transilluminator altında incelenmistir. Bütün susların aynı RFLP profilleri gösterdigi tespit edilerek, suslar Aeromonas hydrophila olarak identifiye edilmistir. Aeromonas hydrophila suslarının RAPD profilleri ise suslar arasında farklılık göstermistir. Bu bulgular Aeromonas hydrophila susları arasındaki genetik çesitliligi ortaya çıkarmıstır.
Özet (Çeviri)
The aim of this study was to identify Aeromonas hydrophila associated with hemorraghic septicemia in freshwater fish by rapid and sensitive 16S rDNA RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) and RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) analysis instead of time-consuming conventional bacteriological methods. For this purpose, 12 Aeromonas hydrophila strains isolated from diseased cultured rainbow trout and various aquarium fish were identified by conventional bacteriologic methods. The majority of the fish that examined had haemorrhages on the body surface, in the mouth and at the base of fins, pale gills, enlarged spleen and haemorrhages in the visceral organs. DNA of isolated Aeromonas hydrophila strains and referance strain was extracted by using DNA Purification Kit (Roche Inc.) according to the manufacturer?s protocol. PCR for 16S rDNA RFLP analysis was performed by using specific primers. Enzymatic digestion were performed by incubating the amplication products with MboI and AluI at 37ºC for 3 hours. The RAPD analysis of Aeromonas hydrophila strains were performed using three primers. Aliquot of restriction reaction mixture and amplified RAPD DNA fragments were electrophoresed on a 2,5% agarose gel. After electrophoresis, gels were stained with ethidium bromide, examined and photographed under a UV transilluminator. All strains showed the same RFLP pattern and identified as Aeromonas hydrophila. On the other hand, the RAPD profiles of Aeromonas hydrophila differed between isolates. This findings reveal genetic variety in Aeromonas hydrophila strains
Benzer Tezler
- Viral hemorajik septisemi virusunun (vhsv) fenotipik karakterinin virulans üzerine etkisinin araştırılması
Research of the viral hemorrhagic septisemia virus (vhsv) phenotypic characteristics effect on virulence
YASEMİN ÇİÇEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Veteriner HekimliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiViroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HARUN ALBAYRAK
- Nil tilapyalarında (oreochromis niloticus) deneysel aeromonas hydrophila enfeksiyonundaki (bakteriyel hemorajik septisemi) patolojik bulgular
Pathological findings in nile tilapia (oreochromis niloticus)experimentally infected by aeromonas hydrophila (bacterial haemorrhagic septicaemia)
BANU YARDIMCI
- Ege bölgesinde kültürü yapılan deniz balıklarından izole edilen lıstonella anguıllarum (Vıbrıo anguıllarum)izolatlarının patojenite durumunun multiplex pcr yöntemiyle araştırılması
Investigation of the pathogenicity status of the listonella anguillarum (Vibrio anguillarum) isolates from marine fish cultured in the aegean region with multiplex pcr
MERİÇ LÜTFİ AVSEVER
- Ankara yöresindeki tatlısu balıklarında görülen helmint enfeksiyonları
Infection of helminths in freshwater fish seen in the region of Ankara
SİBEL ERKUL
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiParazitoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET DOĞANAY
- Sapanca bölgesindeki derelerde balık parazitlerinin belirlenmesi
Determination of fish parasites in Sapanca district rivers
EBRU YAZICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Su Ürünleriİstanbul ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET AKMIRZA